Врожденная иммунная система абсолютно необходима для защиты хозяина, она ведет к воспалительным заболеваниям. Этот контроль обеспечивается частично цитокинами, которые секретируются макрофагами. Иммунная регуляция является чрезвычайно сложной и может быть лучше изучена с помощью системных подходов (т.е. с использованием компьютерных инструментов для предсказания регуляторных сетей, возникающих из наборов глобальных высокопродуктивных данных). Здесь был использован кластерный анализ доступных наборов транскриптомных данных, от макрофагов. активированных с помощью Toll-like receptor (TLR), чтобы идентифицировать важную группу генов, которая, по-видимому, регулируется с помощью activating transcription factor 3 (ATF3), члена семейства CREB/ATF транскрипционных факторов. Анализ сетей предсказал. что ATF3 является частью транскрипционного комплекса, который содержит также членов семейства nuclear factor (NF)-κB. Анализ промоторов предполагаемого кластера генов, регулируемого с помощью ATF3, продемонстрировало избыточную репрезентацию тесно противопоставленных ATF3 и NF-κB сайтов связывания, которые были верифицированы с помощью иммунопреципитации и гибридизации с ДНК микромассивом. Этот кластер включает важные цитокины, такие как interleukin (IL)-6 и IL-12b. ATF3 и Rel (компонент NF-κB), как было установлено, соединяются с регуляторными областями этих генов gckt активации макрофагов. Кинетическая модель экспрессии мРНК Il6 n Il12b как функция связывания промоторов ATF3 и NF-κB предсказывает, что что ATF3 является негативным регулятором транскрипции Il6 и Il12b и эта гипотеза была подтверждена с использованием Atf3-нулевых мышей. ATF3, по-видимому, ингибирует транскрипцию Il6 и Il12b путем изменения структуры хроматина, ограничивая тем самым доступ транскрипционным факторам. Т.к. ATF3 сам индуцируется с помощью липополисахарида, то возможно. что он регулирует TLR-стимулируемую воспалительную реакцию как часть негативной петли обратной связи.