Коллаген типа VI является гетеродимерной молекулой, состоящей из 3-х полипептидных цепей α1(VI) , α2(VI) и α3(VI), он формирует внеклеточную сеть микрофибрилл, которые взаимодействуют с базальными мембранами, фибриллярными коллагенами и другими компонентами ВКМ, а также с рецепторами клеточной поверности. Для формирования стабильной микрофибиллярной коллагеновой сети необходимо подедерживать соотношение 1:1:1 этих 3-х цепей. Это соотноешение нарушается при трисомии 21 . В нативном состоянии коллаген VI типа участвует в клеточной адгезии и миграции благодаря взаимодействию с семейством интегриновых рецепторов или с NG2 протеогликаном.

Во время развития атриовентрикулярные (AV) эндокардиальные подушки формируют зрелые створки клапанов и мембранозную перегородку сердца. Некоторые белки ВКМ экспрессируются в развивающихся AV эндокардиальных подушках. Гены, кодирующие α1 и α2 цепи коллагена типа VI, располагаются на хромосоме 21 человека в области, критической для трисомии 21. Это указывает на то, что цепи α1(VI) и α2(VI)коллагена типа VI важны для нормального морфогенеза AV клапанов. Было установлено, что экспрессия в сердце транскриптов α1(VI), α2(VI), и α3(VI) коллагена VI начинается на 11-11.5 день развития мыши. Выявлен скоординированный паттерн экспрессии в AV клапанах для каждого типа цепи коллагена типа VI с 11.5 дня развития и в течение неонатального периода. Иммуногистохимически подтверждена концентрация коллагена типа VI в эндокардиальных подушках с самой ранней стадии развития клапанов и в течение всего неонатального периода. Паттерн экспрессии VI коллагена в развивающемся AV канале согласуется с паттерном миграции и пролиферации мезенхимных клеток в ткань подушек. С 14-го дня развития низкий уровень экспрессии цепей коллагена VI выявляется в миокардиальном интерстиции, эпикарде, аорте и легочных сосудах. (Klewer et al.,1998)