Посещений:
Малая ГТФаза Ran

Функция

The small GTPase Ran: interpreting the signs
B Booth Quimby and Mary Dasso
Current Opinion in Cell Biology 2003, 15:338–344

The small GTPase Ran has roles in nuclear transport, mitotic spindle assembly and nuclear envelope assembly. During the past three years, it has become clear that many of these processes rely on conserved molecular mechanisms involving Ran–GTP-binding proteins of the importin-b superfamily. Moreover, recent experimental evidence has documented the distribution of Ran-GTP within cells and supported the notion that Ran plays a central role in the spatial and temporal organization of the eukaryotic cell.

Обзор Mary Dasso "The Ran GTPase: Theme and Variations" из Current Biology, Vol. 12, R502–R508, July 23, 2002 в виде pdf-файла находится ЗДЕСЬ

Подобно др. членам семейства Ras, Ran обладает медленно внутренне присущей скоростью гидролиза ГТФ и нуклеотидных обменов, реакций энзиматически катализируемых in vivo. Ran GTPase-activating protein (RanGAP) локализуется в интерфазной цитоплазме [1-3], а фактор Ran нуклеотидных обменов RCC1 связан с хроматином [4,5]. Следовательно, Ran является ГТФ-связанной в цитоплазме во время интерфазы и ГТФ-связанной в ядре. Во время митозов Ran-GTP генерируется на хромосомах, образуя поле Ran-GTP вокруг митотических хромосом. Хотя несколько линий доказательств подкрепляют модель, согласно которой градиенты Ran-GTP интерпретируются, чтобы пространственно организовывать клетки, однако, недавние исследования указывают также на то, что роль Ran в клетках более сложна и в дизайне и в регуляции.

Ran-GTP distribution


Нуклеотидные обмены Ran происходят в ассоциации с хроматином. RCC1 соединяется с хроматином посредством гистонов H2A и H2B, обусловливая умеренное двукратное стимулирование обменной активности RCC1 [6]. Ran также соединяется с хроматином [7], и посредством RCC1 и посредством RCC1-независимых взаимодействий с гистонами H3 и H4 [8]. И Ran-GTP и Ran-GDP, по-видимому, соединяются подобным способом. Хотя функциональные последствия взаимодействий Ran-гистоны не полностью раскрыты, однако, ясно, что эти взаимодействия служат для дальнейшей концентрации Ran в тесной близи от хромосом.
RanGAP локализуется в цитоплазме у дрожжей и существенная фракция RanGAP локализуется на цитозольной стороне ядерных пор у метазоа [9]. Во время открытых митозов у высших эукариот RanGAP ассоциирует с митотическим веретеном [10,11] и её локализация чётко регулируется с помощью пост-транскрипционных модификаций и межбелковых взаимодействий. Цитозольный Ran-binding protein 1 (RanBP1) способствует гидролизу нуклеотидов Ran-GTP [9]. RanBP1 соединяется с Ran-GTP посредством хорошо охарактеризованного Ran-binding domain (RanBD), и он увеличивает скорость RanGAP1-обусловленного гидролиза нуклеотидов на пордок величин in vitro [12]. RanBP1 является существенным in vivo [13], т.к. он необходим для гидролиза нуклеотидов Ran-GTP, связанной с рецепторами ядерного транспорта [14].
Локализация регуляторов Ran предсказывает, что Ran-GTP д. обнаруживаться на высоких уровнях вблизи хромосом и на низких уровнях в остальных частях, особенно в интерфазном цитозоле. При FRET донорские и акцепторные флюорофоры локализуются в тесной близи др. к др. В этих условиях возбуждение донорских флюорофоров ведет не к их типичной эмиссии, а к переносу энергии на акцепторные флюорофоры. Этот энергетический перенос м.б.



Рис. 1. FRET analysis of the Ran–GTP gradient in mitosis. (a) The YRC biosensor uses the RBD of yeast Yrb1p fused to YFP and CFP (at its amino and carboxyl terminus, respectively). FRET between the YFP and CFP moieties is lost with Ran–GTP addition. Elevated levels of Ran–GTP from chromatin-bound RCC1 cause depression of FRET for this sensor near mitotic chromosomes [15]. (b) The YIC biosensor comprises the IBB domain of importin-a fused to YFP and CFP (at its amino and carboxyl terminus, respectively). This sensor gains FRET through binding of Ran–GTP to importin-b. Elevated levels of Ran–GTP near mitotic chromosomes cause enhanced FRET for this sensor [15].

заметен благодаря флюоресценции характерных для акцепторов длин волн, обеспечивая характерный спектр эмиссии возбуждения для этой пары флюорофоров. Т.к. эффективность FRET сильно зависит от удаленности флюорофоров, поэтому эта техника м. использоваться для непосредственного измерения изменений в межбелковых взаимодействиях или изменений конформаций белков. Kalab et al. [15] применяли FRET непосредственно для визуализации распределения Ran-GTP в экстрактах яиц Xenopus, используя два разных сенсора (Рис. 1). Первый сенсор (YRC [YFP-RanBD-CFP]) использует RanBD из RanBP1, слитого с yellow fluorescent protein (YFP) на его N-конце и cyan fluorescent protein (CFP) на его С-конце. YRC химеры демонстрируют FRET в отсутствие Ran-GTP и теряют FRET в присутствии Ran-GTP. Второй сенсор (YIC [YFP-IBB-CFP]) отслеживает высвобождение груза jn рецептора ядерного транспорта importin-β, используя рецептор связывающий домен (IBB) от importin-α грузового адапторного белка, слитого его N-конца с YFP, а С-конца с CFP.
Сходные эксперименты показали также, что существуют чрезмерные различия концентраций Ran-GTP между ядром и цитоплазмой во время интерфазы. Plafker and Macara [16] недавно использовали альтернативный FRET сенсор (RGA [Ran-GFP-Alexa546]), состоящий из Alexa546-меченного Ran, слитого своим С-терминальным концом с green fluorescent protein. RGA сенсор показал снижение FRET, когда комплексовался с RanBP1 или транспортными рецепторами. Неожиданно, RGA FRET выявил существенное образование цитозольных комплексов, состоящих из importin-β, RanBP1 ab GDP-связанного Ran. Это согласуется с тем, что Ran-GDP формирует четвертичный комплекс с RanBP1 и importin-β, тогда как он не соединяется ни с одним из белков в отдельности [17]. Степень, с которой такие комплексы м. вносить вклад в измерения FRET в экспериментах с YRC неясна. Обилие RanBP1-Ran-GDP-importin-β комплексов м. также влиять на уровень свободных цитозольных Ran-GDP и осложнять подсчёты в зависимости от того, как Ran рециклирует между ядром и цитозолем во время интерфазы [16].

Interpreting Ran-GTP


Nuclear transport


Роль Ran в ядерном трафике изучена довольно хорошо [9]. Ran-GTP соединяется с importin-β-семейством транспортных рецепторов и регулирует их ассоциацию с грузами (Рис. 2). Поляризованное ядерно-цитоплазматическое распределение Ran–GTP



Рис.2. The asymmetric distribution of Ran–GTP regulates the formation of transport complexes. Import receptors (importins, left) form complexes with their cargo in the cytosol and transit across the NPC. In the nucleus, Ran–GTP binds to the importins and causes cargo release. Importins return to the cytosol in association with Ran–GTP. In the cytosol, Ran–GTP is hydrolyzed to Ran–GDP, promoting complex disassembly. Export receptors (exportins, right) bind to Ran–GTP and their export cargo in the nucleus. These complexes dissociate after transit through the NPC and Ran–GTP hydrolysis.

во время интерфазы ведёт к векторному транспорту через nuclear pore complex (NPC). Import-рецепторы соединяются со своим грузом в цитозоле. После вступления в ядро импортируемый груз высвобождается благодаря связыванию рецепторов с Ran-GTP. Напротив, export-рецепторы формируют комплексы с грузом и Ran-GTP в ядре. После прохождения через NPC, происходит RanGAP-обусловленный гидролиз, приводящий в результате к диссоциации экспортируемых комплексов. И импортирующие и экспортирующие рецепторы, покинув ядро, комплексуются с Ran-GTP. Следовательно, ядерные Ran-GTP д. регенерироваться благодяря действию nuclear transport factor 2 (NTF2), который импортирует Ran-GDP в ядро, делая возможными RCC1-обусловленные нуклеотидные обмены и пополнение Ran-GTP [18].
В основе этой простой схемы возможны вариации механизмов, с помощью которых транспортные рецепторы используют Ran при доставке груза в и из ядра. Во-первых, нет разумных причин, почему бы любой определенный рецептор не мог бы участвовать и в импорте и в экспорте. В самом деле, двунаправленные транспортёры известны и у дрожжей [19] и в клетках млекопитающих [20]. Во-вторых, рецепторы поставляемые с помощью Ran-GTP м.б. условными в зависимости от событий, которые происходят в ядре, такие как сборка груза в макромолекулярные комплексы. Напр., рецептор Mtr10 импортирует РНК челночного белка Npl3 в ядро, где и Ran-GTP и РНК необходимы для смещения Npl3 из Mtr10 [21]. Сходным образом высвобождение TATA-связывающего белка (TBP) от импортирующего его рецептора, Kap114, стимулируется с помощью ДНК, содержащей TBP сайты связывания [22]. Эти наблюдения указывают на то, что импортирующие рецепторы м. контролировать внутриядерный таргетинг или функцию грузовых белков до их ассоциации с внутриядерными партнёрами.
Наконец, акцессорные белки м. часто регулировать погрузку груза. Напр., RanBD-содержащий белок RanBP3 соединяется с Crm1 транспортным рецептором и ингибирует связывание ненагруженных Crm1 с NPC [23]. Далее RanBP3 увеличивает сродство Crm1 и к Ran-GTP и к nuclear export sequences (NESs)[24]. Таким способом RanBP3 координирует эффективную погрузку грузов, связывание Ran-GTP и ядерную транслокацию. Сходным, но ещё более сложным способом Npap60/Nup50 действуют как кофактор для importin-α/β ядерного импорта [25]. Более того, компьютерное моделирование показало, что свободных Ran-GTP внутри клеток д.б. на порядок величин меньше, чем необходимо для бесцельного связывания Ran с импортирующими рецепторами [26]. Это указывает на то, что сложные пути погрузки нуждаются в дополнительных белках in vivo.

Spindle assembly


Эксперименты с экстрактами яиц Xenopus продемонстрировали, что Ran регулирует полимеризацию микротрубочек способом, который не зависит от её роли в ядерном транспорте [27]. Было высказано предположение, что высокие локальные концентрации Ran-GTP вблизи хроматина стабилизируют микротрубочки вблизи митотических хромосом. В согласии с этой идеей и то, что микротубулярные моторные акцессорные белки TPX2 и NuMA были идентифицированы как возможные нижестоящие мишени для Ran регуляции [28-30]. Importin-α/β соединяется с обоими белками. Предполагается, что связывание importin-α/β ингибирует TPX2 и NuMA, но что такое ингибирование м. отсутствовать вблизи хромосом благодаря увеличению локальной концентрации Ran-GTP, делающее возможным локальное увеличение их активности. Интересно, что, TPX2 , как недавно было показано, регулирует таргетинг Aurora A киназы в веретено [31].Фосфорилирование с помощью Aurora A активирует микротубулярный моторный белок Eg5 [32], который, как было установлено, является непрямой мишенью для Ran при сборке веретена [33].
Две групп использовали RNA interference (RNAi) у Caenorhabditis elegans, чтобы разрушить путь Ran [34,35]. Эмбрионы, лишенные Ran, RCC1 или RanGAP образуют биполярные веретена, но обнаруживают неправильное расположение хромосом и неправильное расхождение с хроматином, оказывающимся отсоединённым от микротрубочек веретена [34,35]. Эти результаты важны из-за своего сходства фенотипов, полученных при нарушении как обменов нуклеотидов Ran, так и при путей гидролиза нуклеотидов, в частности эти результаты предсказывают, что нарушение этих двух путей д. давать противоположные результаты. Наиболее заметное различие между результатами эти х двух групп это то, что хотя Bamba et al. [34] и наблюдали сходные фенотипы для деплеции RanGAP и RCC1, но Askjaer et al. [35] обнаруживали только временные нарушения веретена после элиминации RCC1. Всё это подтверждает мнение, что Ran необходима для сборки веретена, и что как нуклеотидный обмен, таки и гидролиз необходимы для собственно прикрепления к веретену in vivo.
Недавние наблюдения также показали, что контроль Ran внутри митотического веретена д.б. чрезвычайно сложным (Рис. 3). Как было предсказано и сегодня подтверждено RCC1 ассоциирует с митотическими хромосомами [36,37]. RanGAP



Рис. 3. Organization of Ran regulators in mitosis. Near chromosomes, RCC1 generates Ran-GTP that in turn regulates microtubule dynamics. At kinetochores and on spindles, RanGAP mediates Ran-GTP hydrolysis.

локализуется в веретёнах позвоночных [10,38], растений [11] и мух [36]. Хотя путь Ran довольно хорошо законсервирован у всех видов эукариот, но механизмы RanGAP таргетинга, по-видимому, отличаются между царствами, т.к. RanGAP таргетинг скорее всего обеспечивается с помощью дивергентных последовательностей dyr каталитической области. У позвоночных С-терминальный домен модифицирован с помощью ковалентной конъюгации с малым ubiquitin-родственным белком, называемым SUMO-1, ведущих к его ассоциации как с порами во время интерфазы [2,38], так и с веретеном во время митозов [10]. Напротив. этот домен отсутствует у растений, а отдельный N-терминальный WPP (white prepupal locus) домен обеспечивает ассоциацию растительного RanGAP с растительной nuclear envelope (NE) [39]. При почковании и делении дрожжевые RanGAP белки не обладают ни N-, ни С-терминальными расширениями и отсутствуют доказательства того, что RanGAP целенаправленно находит NPC или веретено у любого организма, который испытывает закрытые митозы.
Имеется существенная концентрация Ran на митотических кинетохорах у C. elegans [34] и RanGAP ассоциирует с кинетохорами митотических клеток млекопитающих[10], указывая тем самым, что кинетохоры являются местами активного гидролиза ГТФ во время митозов. Это важно. Во-первых, управление нуклеотидного гидролиза в этом месте должно менять общую структуру любого распределения Ran-GTP на митотическом веретене и таким образом контролировать высвобождение регуляторов веретена посредством механизма, представленного выше. Во-вторых, потенциал для гидролиза ГТФ на кинетохорах особенно интригующий, учитывая, что прикрепление кинетохор наиболее вероятный затрагиваемый аспект сборки веретена у RNAi-обработанных эмбрионов C. elegans. Это м. указывать на то, что Ran-GTP гидролиз оказывает специфическое и прямое действие в этом месте. Наконец, т.к. механизм ядерного транспорта, кажется очень сходным у разных видов [9], то дивергенция механизмов, используемых для локализации и контроля RanGAP, также как и дивергенция у некоторых членов RanBD белков [40], м. указывать на то, что митотическая роль Ran более текуча в эволюции и адаптируется в соответствии с драматически отличающимися стилями жизни и механизмами делений в клетках грибов, матазоа и растений.

Nuclear envelope assembly


Ran необходима для сборки NE in vitro [41,42], а мембраны NE не способны ассоциировать с хроматином во время постмитотической сборки ядер у эмбрионов C. elegans, истощенных в отношении Ran или её регуляторов [34,35]. Черви, истощенные по importin-α или importin-β , обнаруживают сходные дефекты в формировании NE [34,35]. Кусочки, покрытые Ran или importin-β рекрутируются мембранами NE в экстрактах яиц Xenopus и формируют структуры, которые напомирнают NEs [42,43]. И нуклеотидные обмены с помощью RCC1 и гидролиз с помощью RanGAP необходимы для сборки NE[44].
В отличие от роли Ran-GTP в процессах, рассмотренных выше, роль Ran в сборке NE, по-видимому, зависит от привлечения importin-β скорее, чем от высвобождения груза от этого рецептора. Cпособность importin-β-покрытых кусочков индуцировать сборку NE теряется благодаря мутациям, которые снижают сродство importin-β к нуклеопоринам или к Ran-GTP, но не благодаря мутациям, которые нарушают взаимодействия с importin-α [43]. В нормальных условиях Ran соединяется с хроматином с низким сродством с помощью гистонов H3 и H4 [8]. Предполагается, что ассоциированная с хроматином Ran-GTP рекрутирует importin-β, который затем соединяется с нуклеопоринами, чтобы начать сборку ядерной оболочки .

Conclusions


Current models suggest that high levels of Ran–GTP generated by its chromatin-bound exchange factor serve to organize numerous processes with respect to the location of chromosomes. However, we are only beginning to understand how generation and utilization of Ran–GTP are spatially directed. Intriguing interspecies differences could further point the way toward understanding the evolution of this pathway to conform to the cellular dynamics and environmental requirements for different organisms.
Сайт создан в системе uCoz