DNA topoisomerase II (Topo II) существенна для предупреждения спутывания двунитчатой ДНК во время таких процессов как репликация, рекомбинация и транскрипция. Она также ассоциирует с хромосоами в митозе, но её роль в регуляции динамики митотических хромосом трактуреся по-разному. William Earnshaw, Mar Carmena и др. изучали эффект нокдауна (knocking down) Topo II с помощью RNA interference у Drosophila в клетках S2 (см. p. 4715). Они подтвердили, что Topo II необходима для разделения сестринских хроматид. Она не нужна для сборки кинетохор, но, по-видимому, участвует в конденсации хромосом - хромосомы в клетках, находящихся в нокдауне, значительно менее кондесированы, чем должны. Наиболее интеречным эффектом от нокдауна Topo II, оказалось то, что хромосомы располагаются в метафазную пластинку: их плечи часто выдвигаются в направлении полюсов веретен, тогда как кинетохоры остаются в пластинке. Это указывает на то, что Topo II обладает ранее неизвестной функцией в динамике хромосом и м. даже отделять ДНК от др. молекул, с которыми она оказывается спутанной.