Обнаружение, что РНК м. регулировать экспрессию генов очень важное открытие последних лет. Также как и RNAi, PTGS у растений и quelling у
, имеются stRNAs, которые регулируют время онтогенеза. Открытие у
предпопределило членов группы small RNAs, которая тепеть обозначена как microRNAs (miRNAs). Обычно miRNAs являются ~22 nt длиной и отщепляются от более крупных (~70 nt) предшественников, которые характеризуются ствол-петля (stem-loop) структурой. Семейство генов miRNA присутствует как у растений, так и в геноме животных. Bartel с коллегами использовали компьютерный геномный подход для идентификации miRNAs, которые законсервированы у позвоночных. Их компьютерная процедура (MiRscan) предсказала, что геномы позвоночных содержат 200–255 miRNA генов, представляющих почти 1% предсказанных генов у человека.
MiRscan — идентифицирует эволюционно законсервированные stem-loop предшественники. Внутри каждого потенциального предшественника программа сканирует участки в 21 nt, чтобы наити наиболее сходные с оригинальными miRNAs червей. Авт. сравнивали геномы человека, мыши и
Fugu rubripes и идентифицировали ~15,000 stem-loop сегментов у человека. Все они приходились на участки вне кодирующих белки областей и были, по крайней мере частично, законсервированы у мышей и
Fugu. MiRscan уменьшил это количество до 188, но чувствительность метода говорит о том, что это число м. соответствовать 74% от всех генов miRNA, следовательно, максимальное количество м.б. равным 255.
Учитывая, что некоторые miRNA локусы уже известны и что MiRscan идентифицировал 107 новых кандидатов, Lim
et al. подчеркивают, что не более чем ~40 новых miRNA локусов еще м.б. открыто у человека. Эти подсчеты зависят от аккуратности предсказаний MiRscan, авт. предполагают выявить этих кандидатов. Исходя из того, что некоторые из них близко родственны с ранее клонированными miRNAs, ттгда как др. м.б. обнаружены в библиотеке кДНК рыбок данио, которая была специально сконструирована, чтобы содержать miRNAs и siRNAs. Несмотря на это, Lim
et al. обратились к 55 кандидатам, которые не были верифицированы — или потому что они были ложно позитивными или просто потому. что уровни их экспрессии были слишком низки. Итак, авт. подсчитали значения минимальной специфичности , учитывая чувствительность экспериментов на рыбках данио и неполноту генома, предположительно равным 200 как нижнюю границу для общего числа генов miRNA у человека.
Хотя MiRscan был 'тренирован' на miRNAs червей, он оказался способным идентифицировать большинство аналогов у позвночных, указывая тем самым, что хотя большинство miRNA последовательностей не было законсервировано, некоторе общие свойства miRNAs и у их предшественников имеются. Авт. проводят также параллели между семействами белок кодирующих и miRNA генов: miRNA гены составляют около 1% предполагаемых генов в геноме человека, эта пропорция сходна с др. семействами регуляторных генов. Т.к. miRNA гены отсутствуют у дрожжей Lim et al. прелдполагают, что они участвуют в регуляции клеточной дифференцировки и формирования онтогенетических паттернов. Это верно и для тех, некоторых из miRNAs, которые уже известны; без сомнения, функции будут установлены для вновь идентифицированных miRNAs генов.
