Сравнение списков SPRI-510 и SUGEN-518 выявило 474 общих протеин киназ (см. additional file). Из 44 SUGEN-специфических киназ, 32 были aPKs; др. 8 aPKs идентифицированы SUGEN, из ABC1 и RIO семейств, были включены в SPRI список как имеющие слабое сходство с ePK доменом. Из оставшихся 12 SUGEN-специфических ePKs, 5 (TAK1, MLKL, NEK5, SgK307 и TBCK) не были доступны публике и не были использованы в SPRI анализе; др. 5 (SgK196, SgK223, SgK424, SgK493, and Slob) имели довольно отличающиеся ePK домены и вряд ли обладали каталитической активностью, поэтому легко м.б. пропущены; две оставшиеся были SgK110 и NEK10. SgK110 была действительно выявлена при SPRI поиске, но ошибочно отнесена к родственным последовательностям AC008735_EPK1 (SgK069) в том же самом геномном contig; и неясно, почему группа SPRI пропустила NEK10. Большинство, если не все, из 36 SPRI-специфических ePKs были ложно положительными включениями (Табл.1): 14 соответствовали последовательностям, определенным как псевдогены в группе SUGEN group; 19 были скорее всего плохого качества дупликатами др. ePKs или межвидовыми загрязнениями; три др. были дупликатами неперекрывающихся частичных последовательностей.
Т.о., SUGEN компиляция 478 генов ePK сверхсемейства у человека представляет собой аккуратный подсчет, базирующийся на современных данных по последовательностям. represents the accurate count based on current sequence data. If one subtracts those that lack key conserved residues, we are left with 428 human ePKs with known or likely kinase function (Табл.2), 99% из которых включены в список SPRI; 365 из них распадаются на 7 больших групп: TK, 84 в целом; CAMK, 66; AGC, 61; CMGC, 61; STE, 45; TKL, 37; and CK1, 11. Остальные 63 отнесены к категории 'Other'. Krupa and Srinivasan также недавно исследовали общедоступные геномные данные; в результате они выявили 448 отдельных последовательностей ePK в геноме человека, но около 90 из них, по-видимому, представляют собой дупликаты и инми не обнаружено новых протеин киназ по сравнению со списком SUGEN.
Usefulness of the kinome data
И SUGEN и Krupa and Srinivasan распространили свой анализ, чтобы описать и др. домены, присутствующие в разных человеческих ePKs, которые скорее всего участвуют в направлении энзимов к соответ. субстратам или в модуляции киназной активности. На Рис. 2 показаны консенсусные последовательности для области каталитической петли в субдомене VIB (который включает инвариантный аспартат, и как полагают, функционирует как каталитическая база) aи области активационной петли в субдомене VIII (который включает высоко законсервированный глютамин в 'APE' мотив) - две области, которые, как считают, участвуют прежде всего в распознавании пептидного субстрата. Ряд специфичных для групп различий очевиден (подчеркнуты на Рис. 2), они коррелируют с уникальными тенденциями по распозанаванию пептидов. Помимо анализа последовательностей, kinome данные позволяют использовать современные инструменты (такие как full-length cDNAs, microarrays, антитела, а также слитые белки и RNAi конструкции), чтобы понять , как происходит передача сигналов в клетке. В качестве примера такого протеомного подхода для изучения протеин киназ, м. привести, что все дрожжевые протеин киназы были экспрессированы в бактериях и проанализированы в отношении их способности фосфорилировать ряд белковых или пептидных субстратов, используя технологтю белковых чипов. Наконец, данные kinome у человека способствуют пониманию и лечению болезней человека. Гены ePK, которые картируются внутри "болезненных" локусов, являются привлекательными этиологическими кандидатами и знание полного репертуара протеин киназ человека является важной целью в деле разработки лекарств, которые будут направлены против специфических протеин киназ или протеин киназных семейств, чья функция вносит вклад в клеточные дефекты, связанные с заболеваниями.
Сайт создан в системе
uCoz
