Пользователи:
CALMODULIN DEPENDENT PROTEIN KINASE TYPE 2 (CAMK2)
Генотип-фенотип корреляции
CAMK2; four genes, one syndrome? Delineation of genotype–phenotype correlations Joshua S. Cheung,Geeske M. van Woerden,Danielle C.M. Veenma

Current Opinion in Neurobiology
Volume 90, February 2025, 102935 https://doi.org/10.1016/j.conb.2024.102935
|
Neurodevelopmental disorders are a heterogenous group of brain disorders impacting cognitive, adaptive, motor, and speech language development. With advancements in diagnostics an increasing number of causative genes are discovered, including synaptic genes. The calcium calmodulin dependent protein kinase type 2 (CAMK2) family is the most abundant kinase family in the synapse and has recently been established to cause NDD, with a growing number of unrelated NDD-individuals who carry pathogenic variations in one of the four CAMK2 genes. However, there is still much to learn about the specific phenotypic manifestations per CAMK2 paralog and per variant type, including the mechanism of how variants in these genes impact CAMK2 protein and synaptic functioning, and result in neurodevelopmental disorders. This review provides an overview of all CAMK2 cases published to date and reveals first genotype–phenotype correlations that can serve as a starting point to explain CAMK2 related symptoms, offering direction for future research.
|
Секвенирование всего экзома (WES) привело к обнаружению бесчисленного количества потенциально патологических вариаций [1]. Помимо выявления причин ранее не диагностированных редких заболеваний, таких как расстройства нейрального развития ( NDDs), эти вариации направленного или фундаментальные исследования и открыли возможность установить корреляции между генотипом и фенотипом для групп расстройств, гетерогенность которых была менее изучена [2,3]. Многие гены, ассоциированные с NDDs, кодируют синаптические белки, патологические варианты которых приводят к так называемым синаптопатиям [4--, 5, 6].
Наиболее многочисленным семейством киназ, экспрессирующихся в возбуждающем синапсе, является кальций/кальмодулин-зависимая протеинкиназа II типа (CAMK2) [7]. Семейство CAMK2 состоит из четырех генов - CAMK2A, B, G и D [8]. Более четырех десятилетий исследований на мышах, дрозофиле и других животных моделях показали, что паралоги CAMK2 критичны для широкого спектра неврологических процессов, таких как синаптическая пластичность, обучение, память и сон, а также для функций вне нервной системы, включая желудочно-кишечную моторику, зрение, функционирование кардиомиоцитов и Т-клеток [8, 9--, 10, 11, 12, 13]. Несмотря на его многочисленность и жизненно важное значение для структуры и функции синапсов, потребовалось много времени, чтобы связать случаи NDDs у человека с патологическими вариантами в генах CAMK2. 25-летний промежуток времени между открытиями на мышиных моделях и у пациентов стал очевиден, когда выяснилось, что подавляющее большинство пациентов с CAMK2 имеют уникальные миссенс-варианты, которые требуют трудоемких и длительных функциональных экспериментов для подтверждения патогенности. Совместное внедрение в здравоохранение инструментов WES и сопоставления [14] помогло выявить эти варианты как потенциальные причины NDDs [2,15,16].
В 2012 году в WES-исследовании пациентов с тяжелой умственной отсталостью (ID) [16] CAMK2G впервые был ассоциирован с ID, а затем вариант CAMK2A был обнаружен в WES-когорте пациентов с расстройствами аутистического спектра [17]. С тех пор в пятнадцати статьях были описаны клинические фенотипы 32 уникальных вариантов CAMK2 во всех четырех паралогах [16-30-]. Они включают некоторые варианты усечения белка, такие как варианты со сдвигом рамки считывания, но, как упоминалось выше, основную часть составляют missense-варианты. Термин «CAMK2-связанное расстройство» был введен Proietti Onori и др. в 2021 году [31]. Всеобъемлющий обзор случаев CAMK2 по всем четырем паралогам, включая общий анализ корреляций между генотипом и фенотипом, до сих пор отсутствует. Общий обзор случаев позволяет выяснить, приводят ли варианты в разных паралогах CAMK2 к одному единому синдрому CAMK2 или, наоборот, к нескольким синдромам, специфичным для паралога CAMK2. Поэтому мы изучим совпадающие и не-совпадающие клинические особенности во всех зарегистрированных на сегодняшний день случаях CAMK2, чтобы предложить первую тщательную корреляцию генотип-фенотип.
CAMK2 structure and basic function
Структура и функции CAMK2, включая его эволюцию и роль в различных процессах мозга, были подробно рассмотрены [8, 32, 33, 34]. Вкратце, четыре различных паралога CAMK2 образуют голофермент, состоящий из 12-14 субъединиц, причем разные паралоги способны к совместной сборке. Каждая отдельная субъединица состоит из следующих доменов: каталитического, регуляторного, вариабельного (где паралоги существенно отличаются друг от друга) и ассоциативного домена (рис. 1а) [35]. Каталитический домен обладает фосфотрансферазной активностью, позволяя фосфорилировать различные субстраты, среди которых соседние субъединицы CAMK2. (Авто)регуляторный или ингибиторный домен функционирует как псевдосубстрат для каталитического домена, удерживая CAMK2 в неактивном состоянии, когда он связан с каталитическим доменом, и содержит сайт связывания Ca2+/кальмодулина. Связывание Ca2+/кальмодулина с регуляторным доменом при притоке Ca2+ приводит к конформационному изменению, в результате которого каталитический домен освобождается от регуляторного домена, что приводит к повышению ферментативной активности [32]. Соседние активированные субъединицы CAMK2 могут фосфорилировать друг друга на Thr286/Thr287 (CAMK2A против CAMK2B, D и G соответственно), что приводит к длительному активированному состоянию еще долгое время после снижения уровня кальция в клетке. Считается, что благодаря этому жестко регулируемому и удлиненному механизму CAMK2 действует как молекулярный переключатель во множестве процессов в мозге и за его пределами [8]. Кроме того, структурная роль голофермента CAMK2 в синапсе - еще одна роль, заслуживающая дальнейшего изучения [36].
 Figure 1. Schematic overview of CAMK2 paralogs and the inferred effect of variants identified
a) Все паралоги CAMK2 содержат высоко гомологичный каталитический, регуляторный и ассоциативный (hub) домен. Единственный домен, в котором паралоги явно отличаются друг от друга, - это вариабельный (линкерный) домен. Миссенс-варианты показаны сверху каждого паралога, а делеции, дупликации, варианты интронных сайтов и сплайс-сайтов - ниже. Повторяющиеся варианты отмечены звездочкой с указанием количества повторов (например, Pro139Leu *6). b - d) Обзор предполагаемого влияния различных вариантов на каждый паралог CAMK2. Внутренний круг представляет каталитический домен, внешний - регуляторный домен. В группе протестированных вариантов CAMK2A (b) регуляторный домен содержит исключительно мутации Gain of function (GoF). Большинство вариаций в каталитическом домене вызывают эффект потери функции (LoF). В отличие от CAMK2A, каталитический домен CAMK2B (c) в основном состоит из GoF-вариантов. В CAMK2D (d) подавляющее большинство мутаций являются GoF. e) Схематический обзор распределения и эффектов мутаций в каждом паралоге CAMK2. ND = не определено.
Исследования на мышах (и крысах) показали, что четыре паралога различаются по временной и пространственной экспрессии, проявляя как перекрывающиеся, так и уникальные функции [37]. CAMK2G и CAMK2D являются доминирующими паралогами на ранних стадиях развития [37, 38], но по мере развития CAMK2A и CAMK2B становятся доминирующими паралогами постнатально. CAMK2A экспрессируется исключительно в нейронах и является наиболее распространенным паралогом в мозге [39, 40]. CAMK2B, CAMK2D и CAMK2G экспрессируются в различных органах, таких как мозг, желудочно-кишечный тракт и сердечная ткань [38, 41].
Overview of CAMK2-related disorder in literature
На сегодняшний день в 15 статьях [16-30-] подробно описаны клинические проявления у 46 человек с вариантами в одном из четырех генов CAMK2, охватывающие 32 уникальных варианта, включая семь рекуррентных (табл. 1). Наиболее распространенным вариантом является CAMK2B: p (Pro139Leu), обнаруженный у семи человек, а также в CAMK2D. Большинство вариантов расположены в каталитическом домене (17/32), затем в регуляторном домене (12/32); только два варианта CAMK2A затрагивают ассоциативный домен. Функциональные исследования, в основном оценивающие фосфотрансферазную активность через автофосфорилирование на Thr286/Thr287, охарактеризовали 20 из этих 32 вариантов [19, 30], определив восемь из них как утрату функции (LoF), 11 - как усиление функции (GoF) и один вариант с неопределенной патогенностью. Большинство вариантов LoF (5/8) находятся в каталитическом домене, в то время как варианты GoF распределены по всем доменам (рис. 1b-e).
Table 1. Overview published cases in all four CAMK2 paralogs.
Первые исследования были сосредоточены на случаях CAMK2A и CAMK2B, с основными симптомами, включая задержку развития, ID, аутизм и эпилепсию [18, 19, 22 и 23]]. В более поздних исследованиях CAMK2D к неврологическим проблемам добавилась дилатационная кардиомиопатия, что согласуется с установленной ролью CAMK2D в кардиологии [28, 30]. В целом паралоги CAMK2 обладают некоторыми общими характеристиками: 1) большинство вариантов - de novo, за исключением случаев Heiman et al. [27], 2) наследование, как правило, аутосомно-доминантное, за исключением кровосмесительных случаев Chia [23], 3) p (Pro139Leu) - горячая точка [19,24,25,30] и 4) случаи преимущественно педиатрические, причем Rizzi et al. сообщили о самом пожилом пациенте в возрасте 22 лет [25]. В целом, не наблюдается предвзятого отношения к какой-либо этнической или гендерной принадлежности. Помимо этих закономерностей, нет четких данных, позволяющих выделить четыре паралога CAMK2 в отдельные синдромы, что подчеркивает необходимость дальнейшего анализа.
Common and unique clinical manifestations
The CAMK2 related disorder core clinical phenotype
Для определения «основного» фенотипа CAMK2 и специфических для паралогов признаков мы использовали систему Human Phenotype Ontology (HPO) [42], стандартизируя симптомы в разных публикациях с помощью адаптированных категорий из Kury et al [19]. Из литературы по CAMK2 [16-30-] мы извлекли 375 терминов HPO, изредка упрощая названия для удобства чтения. Мы определили основной фенотип CAMK2 как признаки, присутствующие по крайней мере в 75 % (35 из 46) случаев. Рисунок 2 иллюстрирует этот основной фенотип наряду с другими симптомами, имеющими значительную, хотя и меньшую, распространенность. Как и ожидалось, центральным фенотипом расстройства CAMK2 является нейроразвитие. ID отмечалось во всех случаях, кроме одного, связанного с перинатальной смертью [30]; в 22 из 39 случаев, где тяжесть ID была указана, 56 % имели тяжелую степень ID. Нарушения речи и языка отмечались в 91 % (42/46) случаев, включая задержки в понимании или построении фраз. Двигательные нарушения проявились в 80 % (37/46) случаев, нарушив самостоятельное сидение и ходьбу. Глобальная задержка развития отмечалась в 78 % (36/46) случаев, что указывает на раннее начало заболевания в детстве, а нетипичное поведение - в 78 % (36/46), включая раздражительность, агрессию и аутичные черты. В совокупности эти основные признаки CAMK2 соответствуют типичному фенотипу NDDs.
 Figure 2. Overall incidence of clinical manifestations in published CAMK2 cases across all paralogs
Клинические проявления были классифицированы с использованием терминов HPO. Подмножество признаков нервной системы (синие столбики) определяет основной фенотип, связанный с CAMK2, который определяется отсечением в 75 % по всем паралогам. Клинически узнаваемые признаки, такие как лицевые дисморфии и аномалии конечностей и кожи (желтые), присутствуют лишь в части случаев. Вклад пищеварительной системы (серый) и сердечных симптомов (красный) в основном обусловлен CAMK2B и CAMK2D соответственно.
Гипотония встречалась часто (32/46), но не соответствовала основным критериям, а подробности о ее типе (центральная или периферическая) часто опускались. Припадки отмечались в 46 % случаев (21/46), чаще фокальные (6/21), чем генерализованные (3/21), если они были указаны. Аномалии электроэнцефалограммы (ЭЭГ) сопровождали большинство случаев припадков (16/21). Морфологические аномалии головного мозга встречались в 37 % случаев (17/46), включая атрофию головного мозга или мозжечка и гиперинтенсивность белого вещества, хотя их распространенность может быть недооценена из-за ограниченного количества данных визуализации. Дисморфические черты лица были отмечены в умеренном количестве случаев (17/46), хотя последовательная картина не распространялась на все паралоги. Однако для отдельных паралогов могут существовать уникальные сочетания черт лица, как это было предложено для CAMK2D [30].
Из всех выявленных вариантов 11 были GoF и восемь - LoF. Учитывая небольшой размер выборки по каждому паралогу, функциональные эффекты в рамках каждого паралога остаются неубедительными, однако объединенные данные свидетельствуют о том, что варианты GoF ассоциированы с более тяжелым NDDs и дополнительными неврологическими симптомами по сравнению с вариантами LoF.
Нарушение работы CAMK2A
Мы проанализировали паралог-специфические фенотипы, сравнив частоту встречаемости признаков в каждом паралоге с остальными, выраженную в процентных пунктах (пп) разницы. Клинические данные 20 индивидуумов с CAMK2A [17-19, 22, 23 и 29]] свидетельствуют о «преимущественно» нейроразвивающем фенотипе (рис. 3), соответствующем специфической для мозга экспрессии CAMK2A. Атипичное поведение, такое как дисрегуляция эмоций, агрессия, гиперактивность и аффективные нарушения, встречается у CAMK2A чаще, чем у других паралогов. Учитывая более позднее нейроразвитие CAMK2A [21], аномалии морфологии мозга встречаются реже, а не-неврологические признаки, такие как сенсорные, лицевые или пищеварительные проблемы, редки. Этот фенотип согласуется с ролью CAMK2A, специфичной для мозга, как было показано ранее в исследованиях на мышах [43].
 Figure 3. Comparison of clinical manifestations between paralogs.
Схематический обзор частоты встречаемости признаков у детей, несущих мутации в CAMK2A, CAMK2B или CAMK2D. CAMK2G был опущен, так как количество случаев было слишком мало. Пациенты с патологическими вариациями CAMK2 страдают от основных неврологических симптомов NDDs, включая глобальную задержку развития, умственную отсталость (ID), гипотонию и судороги, однако с заметными различиями между паралогами. Спектр клинических проявлений шире у CAMK2B по сравнению с другими изоформами, так как чаще встречаются аномалии пищеварительной системы. CAMK2A приводит в основном к чистому фенотипу NDDs. Сердечно-сосудистые аномалии встречаются почти исключительно при CAMK2D.
CAMK2B disorder
Зарегистрировано 15 случаев CAMK2B [19, 22, 24, 25, 26--, 27], которые демонстрируют более широкий диапазон тяжести NDDs по сравнению с другими паралогами. Относительно часто встречаются как тяжелые (9/15 против 13/31, +18пп), так и легкие ID (4/15 против 4/31, +14пп). Заметно преобладают гипотония (12/15 против 20/31, +15пп) и микроцефалия (7/15 против 3/31, +37пп). Хотя данные по конкретным областям мозга скудны, судороги встречаются чаще (8/15 против 13/31, +11пп), что еще больше формирует неврологический профиль CAMK2B.
Вне-неврологические симптомы более выражены у CAMK2B, особенно проблемы с пищеварением (9/15 против 8/31, +34пп), такие как запоры (6/15 против 1/31, +37пп), что согласуется с обнаружением CAMK2B в тканях кишечника грызунов [41]. Нарушения дыхания, такие как апноэ и гипервентиляция (5/15 против 3/29, +23пп), были зарегистрированы исключительно при использовании CAMK2B. Нарушения зрения (7/15 против 3/31, +37пп) также наблюдались чаще.
В целом, случаи CAMK2B демонстрируют более широкий NDD-фенотип с более частой встречаемостью гипотонии, судорог и микроцефалии, а также скромными различиями в пищеварительных и респираторных симптомах. Структурные аномалии головного мозга, которые выходят за пределы мозжечка в небольшой подгруппе CAMK2B, требуют большего объема данных продольной визуализации, чтобы изучить связь между развивающимися мозжечковыми аномалиями и клиническими последствиями, учитывая высокую мозжечковую экспрессию CAMK2B [44, 45].
CAMK2G disorder
Сообщалось только о двух случаях CAMK2G с одним и тем же вариантом, и в обоих случаях наблюдалась тяжелая форма ID, но данных недостаточно для определения специфического фенотипа CAMK2G [20, 21].
CAMK2D disorder
В недавних исследованиях было описано девять случаев CAMK2D [28, 30], что отражает уникальную сердечную экспрессию CAMK2D [10] с основным фенотипом, включающим врожденную кардиомиопатию (7/9). ID или глобальная задержка развития наблюдалась у 8 из 9 пациентов, не связанная с сердечными осложнениями или сопутствующими госпитализациями. Поскольку восьмой пациент Rigter et al. [30] умер в раннем возрасте, оценить ID не удалось. Примечательно, что аномалии морфологии мозга встречались чаще (5/8 против 12/36, +29пп), что указывает на роль CAMK2D в раннем морфогенезе нейронов и согласуется с его ранней экспрессией [31]. Более часто встречаются аномалии глаз (7/9 vs 14/37, +40пп), лица (8/9 vs 17/37, +43пп) и конечностей (6/8 vs 8/37, +45пп), что указывает на синдромальный фенотип, возможно, связанный с ролью CAMK2D в эмбриогенезе [24, 37]. Несмотря на отсутствие выраженного фенотипа лица, профиль CAMK2D включает основные неврологические и уникальные сердечно-сосудистые и дисморфические особенности, которые требуют дальнейшего изучения.
Concluding remarks and future goals
В данном обзоре рассмотрены 46 не-родственных случаев NDDs с патологическими зародышевыми вариантами CAMK2, что убедительно доказывает причинную роль CAMK2 в NDDs. Как и другие гены NDDs, варианты CAMK2 приводят к различной тяжести заболевания. Фенотипирование на основе HPO выявляет (несмотря на дублирование) также четкие различия между паралогами CAMK2, что указывает на отдельные нарушения, а не на единое заболевание, хотя количество случаев еще слишком мало, чтобы делать уверенные заявления. При увеличении числа случаев и углубленном фенотипировании должны появиться более четкие профили по изоформам CAMK2, а при достижении достаточного порога случаев можно будет проанализировать потенциальные корреляции между подгруппами.
На животных моделях показано, что все четыре паралога экспрессируются в мозге и связаны с ID, но с уникальными пространственно-временными паттернами экспрессии. Это может объяснить расхождения в фенотипе. У мыши CAMK2A специфичен для мозга, присутствует в основном в возбуждающих нейронах переднего мозга и гиппокампа и экспрессируется с рождения, что примерно соответствует началу третьего триместра беременности у человека [21]. Второй по значимости паралог, CAMK2B, широко распространен во всех областях мозга и типах нейронов, с заметно более высокими уровнями в мозжечке. Хотя CAMK2B дополняет некоторые функции CAMK2A, у него есть и другие функции, такие как связывание F-актина, и он присутствует на ранних стадиях развития. CAMK2G и CAMK2D являются основными паралогами в развитии и экспрессируются не только в мозге, но и в других тканях, например, в мышцах, а CAMK2D экспрессируется в сердце. Эти сложные паттерны экспрессии предполагают, что глубокое фенотипирование должно быть направлено на нейропсихиатрические и двигательные результаты, такие как особенности аутистического спектра, сенсорная обработка, язык, социальное функционирование, ADHD и двигательные расстройства. Кроме того, мы считаем, что генетический ландшафт пациента (например, гены-модификаторы) будет вносить свой вклад в фенотипическое разнообразие. Редкие наследственные варианты CAMK2 могут выявить патогенные модификаторы, способствующие развитию заболевания.
Поскольку варианты могут нарушать как ферментативную, так и структурную роль CAMK2, включая его взаимодействие с ключевыми компонентами внутриклеточного кальциевого каскада [31, 46], каждый вариант должен быть изучен соответствующим образом. Для генотипирования используется наш скрининг PRiSM [45], который предлагает стандартизированный, высокопроизводительный подход к поиску миссенс-вариантов. Для более детального генотипирования необходимы минигенные анализы, а также дополнительный стандартизированный биохимический анализ вариантов. Кроме того, необходимо разработать вычислительное моделирование на основе машинного обучения, чтобы ускорить процесс аннотирования, используя структурное сходство паралогов. Некоторые варианты (например, indels и nonsense-варианты) лучше всего тестировать на материале, полученном от пациента, хотя в случае с CAMK2A и CAMK2B, экспрессирующихся в основном в нейронной ткани, это остается сложной задачей.
Как было показано на примере 46 случаев, CAMK2, наиболее распространенный белковый комплекс в возбуждающих синапсах, по-видимому, функционирует как центральный перекресток, направляющий, согласовывающий и объединяющий молекулярные процессы, которые лежат в основе основных функций человека, таких как обучение, поведение, сон и (иммунная) защита. Понимание его патофизиологии может дать уникальное представление о механизмах, лежащих в основе дезадаптивного функционирования мозга при редких и распространенных неврологических расстройствах.
|