Должно иметь место некоторое сохранение целостности для поддержания кластрированности Hox генов, в особенности в линии позвоночных? для поддержания временной и пространственной колинеарности. Colinearity описывается как положение генов внутри комплеса, коррелирующая с их относительным временным и пространственным паттернами экспрессии  - т.е. гены одного конца комплекса экспрессируются раньше и более кпереди, ем те. что ближе к др. концу. Доказательства необходимости кластрирования для поддержания пространственной колинеарности получены при анализе регуляции Hox генов у мышей, который показал, что регуляторные элементы часто общие многим скорее, чем одному  гену или даже впаяны внутрь соседних генов. Необходимость в кластрировании для временной колинеарности продемонстрирована в серии элегантных экспериментов в лаб. Denis Duboule. Они показали. что положение гена внутри кластера связано со временем экспрессии и это, по крайней мере до некоторой степени, не зависит от непосредственного соседства регуляторных последовательностей, которые контролируют пространственные аспекты экспрессии. Следовательно, наиболее важной силой для поддержания организации кластеров м.б. селекция для поддержания временной колинеарности, а это собственно потенциально связано с общей организацией хроматина в этой области. Наблюдение, что кластер м.б. разорван сделаны у Drosophila и  C. elegans, где пространственный контроль экспрессии тонко регулируется, но временная колинеарность м.б. больше не нужна. Исходя из этого Pollard и Holland обсуждают вопрос, нужны ли некоторые селективные силы для подержания кластрированности  в остальной части  Antennapedia-superfamily гомеобоксных генов в любом организме.  По крайней мере внутри позвоночных, ни один из генов вне комплекса Hox, по-видмимоу, не хранит столь тонко своей целостности, как это происходит внутри Hox комплекса, но пары генов возможно  сохраняются вместе потому, что содержат общие регуляторные элементы. У Drosophila некоторые NKL-class гены сидят внутри относительно небольшой хромосомной области, некоторые в непосредственном соседстве один к др.  Функционально они, по-видимому. выполняют разные роли, но ряд из них участвует в формировании паттерна мезодермы,  что отражает некоторую степень родоначальной функции.