Помимо интернейронов РК участвует в генерации специфичных для конечностей модорных нейронов в спинном мозге. Этот РК сигнал появляется в рано возникших моторных нейронах, которые экспрессируют retinaldehyde dehydrogenase 2 (RALDH-2), ключевой энзим биосинтеза РК.
И другие сигнальные молекулы влияют на судьбу нейрональных клеток, специфицируемую с помощью Shh. В переднем мозге Shh экспрессируется в прехордальной мезодерме, подлежащей под диэнцефалоном и нуждается в генерации Nkx2.1-позитивных клетках средней линии. Блокирование функции Bmp7 в прехордальной мезодерме, устраняет Nkx2.1-позитивные клетки средней линии. Очевидно, что Shh и Bmp7, происходящие из прехордальной мезодермы, действуют кооперативно в генерации Nkx2.1 клеток средней линии Мыши с отвутствием Bmp7 не обнаруживают ожидаемых фенотиписеских отклонений. Следует отметить, что в спинном мозге Bmp, участвующие в генерации клеток дорсального типа, функциональные антогонисты Shh на вентральной стороне.
В вентральной части среднего мозга Shh участвует в индукции dopaminergic (DA) нейронов. Shh способен индуцироватть эктопические DA нейроны в дорсальной части среднего мозга, но не заднего. Fgf8 специфически экспрессируется на границе средний/задний мозг и, по-видимому необходим для генерации DA нейронов. Установлено, что Shh и Fgf8 кооперируются в индукции DA нейронов.