RIKEN-руководимый консорциум FANTOM был первым, открывшим некодирующие РНК 10 лет тому назад, и впервые открывший сложность ландшафта транскрипции в геноме млекопитающих. Консорциум FANTOM продолжает оставаться на ведущем крае исследований по происхождению и функции не-кодирующих РНК. В своей последней работе коллектив создал сложный атлас длинных не-кодирующих РНК человека. Большинство попыток картировать транскрипцию РНК сегодня базируется на технологиях секвенирования, которые не всегда аккуратно идентифицируют начальные или 5' концы РНК транскриптов. Для преодоления этого ограничения коллектив использовал технологию, известную, как Cap Analysis of Gene Expression (CAGE), которая была разработана в RIKEN для построения атласа длинных не-кодирующих РНК человека с аккуратными 5' концами, определяя точно местоположение в геноме инициации их транскрипции.

Атлас, который содежит 27919 длинных не-кодирующих РНК человека, впервые суммирует паттерны их экспрессии в основных типах клеток и тканей человека. Благодаря пересечениям этого атласа с геномными и генетическими данными, их результаты указывают на то, что 19175 из этих РНК могут быть функциональными, намекая, что их примерно столько же или даже больше, чем приблизительно 20,000 белок-кодирующих генов в геноме человека.

Профессор Alistair Forrest из Harry Perkins Institute of Medical Research at the University of Western Australia and Senior Visiting Scientist at the RIKEN Center for Life Science Technologies (CLST) заявляет, "Путем интерпретации улучшенных моделей генов с данными по экспрессии генов, эволюционной консервации и генетических исследований, мы получили неотразимые доказательства, что большинство этих длинных не-кодирующих РНК, по-видимому, функциональны и что почти для 2000 из них мы установили участие в болезнях и др. генетических признаках."

"Интересно," говорит Chung-Chau Hon из CLST, " что большинство длинных не-кодирующих РНК, по-видимому, возникли из энхансерных элементов. Это углубляет наше понимание в отношении большого количества гетерогенных источников для длинных не-кодирующих РНК."

Ресурсы атласа по длинным не-кодирующим РНК доступны на сайте http://fantom.gsc.riken.jp/cat.