Посещений:
микроРНК
и Метаболизм в норме и при патологии
MicroRNAs in metabolism S. Vienberg, J. Geiger, S. Madsen, L. T. Dalgaard
o
• DOI: 10.1111/apha.12681
|
MicroRNAs (miRNAs) have within the past decade emerged as key regulators of metabolic homoeostasis. Major tissues in intermediary metabolism important during development of the metabolic syndrome, such as β-cells, liver, skeletal and heart muscle as well as adipose tissue, have all been shown to be affected by miRNAs. In the pancreatic β-cell, a number of miRNAs are important in maintaining the balance between differentiation and proliferation (miR-200 and miR-29 families) and insulin exocytosis in the differentiated state is controlled by miR-7, miR-375 and miR-335. MiR-33a and MiR-33b play crucial roles in cholesterol and lipid metabolism, whereas miR-103 and miR-107 regulates hepatic insulin sensitivity. In muscle tissue, a defined number of miRNAs (miR-1, miR-133, miR-206) control myofibre type switch and induce myogenic differentiation programmes. Similarly, in adipose tissue, a defined number of miRNAs control white to brown adipocyte conversion or differentiation (miR-365, miR-133, miR-455). The discovery of circulating miRNAs in exosomes emphasizes their importance as both endocrine signalling molecules and potentially disease markers. Their dysregulation in metabolic diseases, such as obesity, type 2 diabetes and atherosclerosis stresses their potential as therapeutic targets. This review emphasizes current ideas and controversies within miRNA research in metabolism.
Рисунки к статье
|
Рисунки к статье
Сегодня известно, что человек и мышь обладают общим сходным количеством белок кодирующих генов как и круглые черви C. elegans. Возможным объяснением этого парадокса является то, что информация о биологической сложности в целом коррелирует с пропорцией генома, которая не являются белок кодирующей (Taft et al. 2007). Большая часть этого региона, не кодирующего белки, транскрибируется в длинные некодирующие РНК или малые некодирующие РНК, который контролируют регуляцию экспрессии белков на транскрипционном и трансляционном уровне. Класс малых не кодирующих РНК, наз. микроРНК (miRNAs) открыт в 1993 (Lee et al. 1993). MiRNAs состоят приблизительно из 22 нуклеотидов и регулируют экспрессию генов путем соединения с их комплементарными сайтами в 3'-нетранслируемых регионах (3?UTRs) мРНК мишеней (Lagos-Quintana et al. 2001) приводя к репрессии трансляции мРНК или к транспорту на деградацию. Степень комплементарности спаривающихся оснований miRNA-мишень предопределяет судьбу мишени транскрипта. Совершенная комплементарность ведет к расщеплению и деградации мишени. Напротив, несовершенная комплементарность запускает замалчивание мРНК за счет определенных механизмов, которые могут участвовать в репрессии трансляции, slicer-независимой деградации мРНК и/или секвестрации в цитоплазматических processing тельцах (Roberts 2015) (Fig. 1).
Каждая miRNA может иметь сотни мишеней мРНК, а одиночная мРНК может регулироваться с помощью нескольких самостоятельных miRNAs, что усложняет уровень сложности экспрессии белка. MiRNAs кодируются в разнообразных регионах генома, включая некодирующие регионы (интронные или межгенные) , а также белок кодирующие (в экзонах). Канонический биогенез зрелых функциональных miRNAs использует множественные ступени преобразований (Figure 1). Каждая ступень процессинга содержит др. уровень регуляции и поэтому экспрессия генов усложняется.
Pancreatic islets and β-cells
Островки Лангерганса содержат важные узелки, контролирующие поддержание normoglycaemia, т.к. достаточная секреция инсулина β-клетками необходима для собственно поглощения периферической глюкозы, а секреция α-клетками глюкагона важна для продукции глюкозы в печени. Важность β-клеток для гомеостаза глюкозы подчеркивается наблюдением, что типа 2 diabetes mellitus развивается только в контексте неспособности β-клеток. Более того, генетические исследования показали, что среди более чем 75 генетических локусов, ассоциированных с типа 2 диабетом, наибольшую пропорцию составляют транскрипты, важные для функции или пролиферации β-клеток (Rutter 2014).
Величина экспрессии генов или функции регулируется на многих уровнях, а сети miRNA образуют контрольные точки для интеграции средовых и генетических факторов, влияющих на физиологические реакции β-клеток. В целом, большинство генетических исследований мутантов miRNA не выявило очевидных фенотипических отклонений, несмотря на то, что животные подвергались действию физиологических стрессов. Для β-клеток увеличение стрессов происходит, напр., когда увеличивается на них рабочая нагрузка из-за резистентности периферического инсулина, что может вызывать прогрессию типа 2 диабета (Halban et al. 2014).
Доказательства, подтверждающие важную роль miRNAs в β-клетках, получены при cre-обусловленной делеции Dicer1 в разных клонах поджелудочной железы. Pdx1-cre-обусловленная делеция Dicer1 показала, что экспрессируемые в ходе развития miRNAs важны для развития собственно островков и β-клеток (Lynn et al. 2007) и как индуцированная, так и конституитивная делеция Dicer1 в β-клетках вызывают нарушения секреции инсулина и диабет (Kalis et al. 2011, Melkman-Zehavi et al. 2011, Martinez-Sanchez et al. 2015) с нарушением glucose-stimulated insulin secretion (GSIS), предшествующим изменениям в количестве инсулина или массы β-клеток.
Др. важная роль miRNAs, как полагают, связана с избирательной репрессией мРНК, чья экспрессия становится вредной, чтобы скорректировать функцию специфических типов клеток, т.наз. 'запрещающих' генов. Для β-клеток Slc16a1 (pyruvate transporter), Ldha (lactate dehydrogenase A), Fcgrt1 (Neonatal Fc receptor), Pdfgra (PDGF receptor, alpha-type) и Oat (ornithine aminotransferase) избирательно репрессируются с помощью miRNAs, поскольку эти мРНК де-репрессируются в островках dicer1 KO, а их 3'UTRs обеспечивают повышенную активность гена репортера в клетках островков, истощенных по dicer1 (Pullen et al. 2011, Martinez-Sanchez et al. 2015). Argonaute 2 (Ago2) компонент комплекса RISC контролирует компенсаторную пролиферацию β-клеток и находится под контролем miR-184, которая негативно регулируется уровнем глюкозы в крови, тем самым создается системная обратная связь с β-клетками, отражающая системную резистентность к инсулину (Tattikota et al. 2014, 2015).
Хотя очень немногие miRNAs являются ткане-специфичными, количество miRNAs может быть определено как обогащенное в эндокринной, нейро-эндокринной или эпителиальной ткани, где miR-375 принадлежит к обогащающей эндокринную ткань miRNAs (10% из β-клеточных microRNA является miR-375) (Poy et al. 2004, van de Bunt et al. 2013), семейство miR-7 в нейроэндокринной и 200-family экспрессируется в эпителиальной ткани, из которой происходят клетки островков. Фенотип глобального нокаута (KO) miR-375 (Poy et al. 2009) обнаруживает прогрессирующую гипергликемию с более низким количеством β-клеток и нарушением компенсаторной пролиферации β-клеток, а также эффекты на свойства инактивации Na+ канала (Salunkhe et al. 2015a). Т.о., адаптация дефицитных по miR-375 β-клеток к стрессам и резистентности к инсулину напоминает фенокопии Dicer1-KO β-клеток (Lynn et al. 2007). Напротив, специфическая повторная экспрессия β-клетками miR-375 у KO мышей нормализует толерантность к глюкоза. Хотя miR-375 экспрессируется высоко в панкреатических β-клетках при нормальных физиологических условиях, только 1% плазменных miR-375 происходит из β-клеток, которые удваиваются только после индуцированного streptozotocin диабета (Latreille et al. 2015). Т.о., эти находки вызывают сомнения в пригодности miR-375 в качестве циркулирующего биомаркера поврежденных β-клеток (Erener et al. 2013).
В то время как экспрессия miR-375 необходима для корректной функции β-клеток и пролиферации, целенаправленная делеция или miR-7 или членов miR-200 семейства обнаруживает улучшение функции β-клеток у мышей, которым скармливали нормальную диету, показывает, что роль этих miRNAs заключается в постоянной репрессии функции β-клеток (Latreille et al. 2014, Belgardt et al. 2015). Кондиционные β-клеточные KO по всем трем miRNAs семейства miR-7 преимущественно изменяют обилие синаптических белков, участвующих в экзоцитозе, при этом наблюдается дерепрессия генов мишеней и повышается экзоцитоз инсулина (Latreille et al. 2014). Действительно ли семейство miR-7 регулируется тем же самым способом в др. тканях с высоким уровнем экзоцитоза всё ещё не изучено. Семейство miR-200 состоит из miR-200a/141 и miR-200b/miR-200c/miR-429 кластеров. Эти miRNAs обычно дисрегулируется при раке, но miRNAs, принадлежащие к этому подсемейству также очень многочисленны в β-клетках, составляя до 2/3 от всех miRNAs в β-клетках. Они снижаются при диете, богатой жиром, и активируются при диабете db/db (BKS фон) почти в три раза. Более того, вынужденная экспрессия miR-141/200a кластера лишь в 5 раз в β-клетках приводит к манифестации диабета и последующей гибели мышей и это сопровождается массивным апоптозом β-клеток (Belgardt et al. 2015). Двойные KO по miR-141/200a и 200b/c/429 кластерам защищают β-клетки от ER-стресса у Akita модельных мышей, т.к. неправильно укладывают инсулин, а также из-за множественных низких доз streptozotocin и одиночной дозы streptozotocin индуцируемых повреждений β-клеток. Защита β-клеток обеспечивается благодаря регуляции активности Tp53. Т.о., два крупных семейства miRNAs негативно контролируют функцию и жизнеспособность β-клеток. Почему панкреатические β-клетки находятся под таким сильным негативным контроле. В состоянии ограниченного доступа к питательным веществам обнаруживается избыточная продукция и секреция инсулина, которая вредна для индивидов из-за риска гипогликемии. Следовательно, д. существовать высокое избирательное давление, чтобы развивались механизмы, удерживающие β-клетки под контролем.
Однако, условия, которым подвергаются большинство субъектов, зависят не только от воздействия голодания, но и также от пиршеств. Поэтому важно исследовать неспособность β-клеток при типа 2 diabetes mellitus и влияние среды на реакцию островков и нарушение секреции инсулина. Экзоцитоз инсулина очень специализированное свойство β-клеток. Он влияет на несколько ассоциированных с диабетом вариантом генов, но экспрессия генов экзоцитоза, как было установлено, редуцирует островки у пациентов с типа 2 диабетом, это не обусловлено генетической изменчивостью вблизи этих генов. Эпигенетические вариации, такие как метилирование ДНК (Dayeh et al. 2014) или miRNAs, могут обеспечивать некоторые изменения экспрессии. В попытке идентифицировать miRNAs, участвующие в декомпенсации β-клеток, изолировали островки из Goto Kakizaki (GK)-крыс, моделирующих диабет 2-го типа с дисфункцией β-клеток. miR-335, miR-152 и miR-130a/b оказались повышенными (Esguerra et al. 2011), а компьютерный анализ показал, что miR-335 нацелены на транскрипты, кодирующие белки экзоцитоза (Stxbp1, Syt11, Snap25). Более того, избыточная экспрессия miR-335 приводит к снижению GSIS, а также к снижению деполяризацией вызываемого экзоцитоза инсулина (Salunkhe et al. 2015b). Кроме того, линия клеток INS-832/2 с небогатым insulin-secretor повышенные уровни miR-152 и miR-130a/b по сравнению с INS-832/13 клетками, которые сохраняют высокий GSIS (Hohmeier et al. 2000, Ofori et al. 2014). В согласии с этим нокдаун miR-152 приводит к повышению GSIS, тогда как избыточная экспрессия нарушает GSIS в INS-832/13 клетках, что сопровождается снижением содержания инсулина (Ofori et al. 2014). Более того, miR-187, как было установлено, повышается в островках человека при диабете типа 2, коррелируя негативно с GSIS в островках от нормогликемических доноров, а индуцированная экспрессия в островках крыс и в INS-1 клетках редуцирует GSIS (Locke et al. 2014). Т.о., множественные miRNAs, участвующие в и контролируют экзоцитоз инсулина, дисрегулированы в островках при диабете второго типа и образуют естественные узелки в сети клеточных взаимодействий, регулирующей экзоцитоз инсулина (Eliasson 2014).
β-клетки обладают низкой скоростью пролиферации, которая уменьшается ещё больше с возрастом животных (Wang et al. 2015b). Однако, зрелые β-клетки высвобождают больше инсулина в ответ на глюкозу, чем β-клетки молодых животных (Jacovetti et al. 2015), то делает их привлекательными для понимания того, как β-клетки можно удерживать 'юными' в терминах пролиферативной способности и 'старыми/зрелыми' в терминах секреции инсулина. Если островки крысят в возрасте 10 дней (D10) сравнить с островками взрослых, то скорость пролиферации окажется выше, а уровень GSIS ниже, тогда как содержание инсулина остается неизменным. Переход, как было установлено, происходит 2-5 дней спустя после прекращения кормления грудью и связан с изменением питательных веществ, что вызывает сдвиг в скорости пролиферации и GSIS. Крысята раньше времени отнятые от груди обнаруживают тот же самый метаболический сдвиг и созревание, подтверждая. что смена питания управляет сдвигом. Интересно, что некоторые miRNAs отличаются в юных и в зрелых островках. Напр., miR-29 семейство, miR-204 и miR-129 усиливают свою активность, тогда как miR-17-92 кластер, miR-181b и miR-215 супрессируются более чем вдвое в юных (D10) по сравнению со взрослыми островками. Тот же самый паттерн экспрессии присутствует у преждевременно отнятых от груди детенышей. Неожиданно, когда детенышам скармливали пищу с высоким содержанием жира, то перехода к высокому GSIS не происходило и это было связано с увеличением профиля незрелых miRNA. Изолированные на ст.D10 островки были диссоциированы на отдельные клетки островков, трансфицированы с помощью анти-смысловых олигонуклеотидов, нацеленных на miRNAs или miRNA миметиков и определяли GSIS и пролиферацию β-клеток. При этом кластер miR-17-92 и miR-181b, как было установлено, регулировали репликацию β-клеток, а также GSIS. Используя метод репортера luciferase miR-17-92 кластер целенаправленно воздействовал на 3'UTRs в Pfkp (phosphofructokinase, platelet), Tgfbr2 (transforming growth factor beta receptor II) и Pten (phosphatase and tensin homolog), тогда как miR-181b целенаправленно воздействовал на Gpd2 (glycerol-3-phosphate dehydrogenase 2), Mdh1 (malate dehydrogenase 1) и Sirt1 (sirtuin 1). Конечно, miR-17-92 кластер является такэе известной транскрипционной мишенью для E2F и регулирует уровни cMyc в др. типах клеток (Aguda et al. 2008). Очевидно, скорее всего, сходный путь, по-видимому, должен контролировать снижение пролиферации в β-клетках, происходящее при отнятии от груди и при созревании. Пролиферация β-клеток снижается с возрастом, это частично обусловлено снижением количества Pdgfra, обеспечиваемое за счет вызываемого старением увеличения miR-34a (Tugay et al. 2015). Становится ясным, что состояние питания, неправильное питание и плодное программирование влияют на состояние зрелости β-клеток. Однако, как это перенести на человека и питание человека, в частности на детскую формулу зависимости от питания грудным молоком, неизвестно.
Liver metabolism regulated by miRNAs
Печень играет основную роль в энергетическом метаболизме, т.к. она главный помощник в хранении абсорбированной глюкозы и высвобождения post-absorptive глюкозы, метаболизма аминокислот и основной регулятор метаболизма липопротеинов. Хотя функции miRNAs впервые были описаны в отношении регуляции собственно развития C. elegans (Lee et al. 1993), некоторые исследования выявили, что miRNAs играют жизненно важную в контроле метаболического гомеостаза. miR-122 наиболее многочисленная miRNA в печени и, как было установлено, участвует в печеночном метаболизме холестерина и липидов (Kr?tzfeldt et al. 2005). Два исследования показали, что целенаправленное воздействие анти-смысловых miR-122 приводит к значительной редукции уровней холестерина в плазме (Kr?tzfeldt et al. 2005, Esau et al. 2006), Но влияние miR-122 на метаболизм холестерина, по-видимому, косвенное, т.к. точные мишени для этой особенной miRNA всё ещё неизвестны (Fernandez-Hernando et al. 2013). Др. miRNA, участвующая в метаболизме печеночного холестерина, это miR-33, происходящая из двух интронных miRNAs, miR-33a и miR-33b, которые кодируются внутри интронов генов Srebf2 и Srebf1 соотв. (Najafi-Shoushtari et al. 2010). Обе miRNAs совместно транскрибируются с их генами хозяевами и зависят от их регуляции. MiR-33a прямо воздействует на транспортеры холестерина Abca1 и Abcg1, которые ответственны за отток холестерина из клеток, подтверждая важность этой miRNA в метаболизме холестерина. В соответствии с этим, miR-33a KO мыши обнаруживают увеличение экспрессии Abca1 и уровней в плазме HDL (Horie et al. 2010). Эти данные подтверждаются тремя независимыми исследованиями, использующими разные стратегии ингибирования эндогенной miR-33a, которая также повышала уровень HDL в плазме (Marquart et al. 2010, Najafi-Shoushtari et al. 2010, Rayner et al. 2010). Помимо метаболизма холестерина miR-33b, как было установлено, участвует β-окислении жирных кислот, т.к. carnitine palmitoyltransferase (Cpt1a) регулируется с помощью miR-33b. Интересно, что miR-33 также очень многочисленны в головном мозге (Rayner et al. 2010), и как было показано ранее, что метаболизм холестерина в головном мозге диабетических животных в самом деле нарушен (Suzuki et al. 2010), подтверждает потенциальную роль miR-33 в метаболизме холестерина головного мозга.
В попытке систематически идентифицировать miRNAs, регулирующие метаболизм холестерина через low-density lipoprotein receptor (LDLR), Goedeke et al. (2015) разработали высокопроизводительный скрининг для отслеживания эффектов miRNAs по индукции потребления клеточного low-density lipoprotein (LDL). Во время этого скрининга была открыта miR-148a в качестве главного кандидата на роль регулятора LDLR. И в самом деле, когда, miR-148a супрессирована, то уровни LDL снижены, тогда как уровни HDL повышены, подчеркивая тем самым терапевтический потенциал в лечении атеросклероза и связанной dyslipidaemias этой особой miRNA.
Некоторые др. miRNAs, как было установлено, участвуют в метаболизме и гомеостазе глюкозы в печени. miR-143 (Jordan et al. 2011), miR-181a (Zhou et al. 2012), miR-103 и miR-107 (Trajkovski et al. 2011), как было установлено, влияют на чувствительность к инсулину печени, а недавно показано. что miR-802 увеличена при ожирении и что её снижение улучшает толератность к глюкозе и действие инсулина (Kornfeld et al. 2013). Итак. становится ясно, что miRNAs играют центральную роль в регуляции печеночного метаболизма и, скорее всего, метаболически важные miRNAs ещё будут открыты в будущем и станут потенциальными мишенями для лечения метаболических нарушений.
Muscle and heart miRNAs
Скелетные мышцы составляют более 40% от веса тела у здоровых лиц и являются самым большим органом тела. Более того, нарушение вызванного инсулином удаления мышечной глюкозы является первичным дефектом при состоянии резистентности к инсулину во время hyperinsulinaemic-euglycaemic clamp (DeFronzo et al. 1985), подчеркивая важность скелетных мышц в гомеостазе глюкозы. Помимо их важности для гомеостаза глюкозы во всем теле, скелетные мышцы также играют жизненно важную роль в здоровье при старении, а истощение мышц отмечается при многих болезнях, таких как sarcopenia, HIV-AIDS, раковая кахексия, почечная недостаточность и постельный режим (Bodine 2013, Polge et al. 2013), демонстрируя важность развития и поддержания мышечной массы. MiRNAs также необходимы для соотв. развития мышц, т.к. специфичные для мышц dicer1 нокаутные мыши обнаруживают заметную дисрегуляцию развития мышц, приводящую к гибели эмбрионов (O'Rourke et al. 2007). Кроме того, miRNAs участвуют в контроле типа мышечных волокон (Van Rooij et al. 2009), а именно, miR-208a, miR-208b и miR-499, каждая из этих miRNAs , кодируемая генами myosin heavy chain (MHC) (McCarthy et al. 2009) отражает из важность для фенотипа мышц. Соответственно, miR-208b и miR-499 снижаются одновременно с экспрессией соотв. MHC генов, будучи обратным образом скоррелированы с myostatin в скелетных мышцах человека после повреждений спинного мозга и тем самым обнаруживают связь с регуляцией мышечной массы (Boon et al. 2015). В соответствии с этим зависимые от возраста изменения в miR-143 влияют на регенерацию мышц in vitro (Soriano-Arroquia et al. 2016).
Некоторые miRNAs обогащены в мышцах и сердце (Sempere et al. 2004), и особенно miR-1, miR-133 и miR-206 считаются миогенными miRNAs, способными индуцировать дифференцировку скелетных мышц в мышиных моделях (Chen et al. 2006, Dey et al. 2011). Чтобы связать сеть miRNA с клетками скелетных мышц человека, Sj?gren с коллегами осуществили временной анализ, начиная со дня 0 (миобласт) до дня 10 (мышечная трубка) , сопряженные с анализом микромассивов, чтобы идентифицировать дифференциальную экспрессию miRNA и mRNA (Sjogren et al. 2015). Подтверждающие данные из мышечных клеток мышей крупнейшего изменения в укладке в экспрессии miRNA в самом деле наблюдались для miR-1, miR-133a, miR-133b и miR-206. Интегрированные miRNAs и мРНК дифференциально экспрессировались при сетевом анализе, подчеркивая узлы регуляции с помощью miRNA содержащихся генов, таких как HEYL, NR4A2, NR4A3, PAX7 и PHIP. Интересно, что все они описаны как регуляторы развития и дифференцировки мышц. Более того, функциональные исследования с избыточной экспрессией miR-30b, также обнаружили дифференциальную экспрессию во время дифференцировки мышц, демонстрируя, что не все in-silico предсказанные гены мишени, обязательно регулируются при манипуляциях с этой особой miRNA. Несмотря на интеграцию одновременно действующих miRNA и мРНК, данные по алгоритмам и сетям экспрессии предсказываемых мишеней четко показывают, что базирующаяся на биоинформации дедукция не может заменить экспериментальных значений miRNA (Sjogren et al. 2015).
Мышечная стенка сердца (миокард) ответственна за прокачивание крови через легкие и остальную часть тела и безусловно важно, что мышца сердца поддерживает свою активность при всех условиях. Повышенный риск преждевременной гибели с диабетом 2-го типа обусловлен не самим диабетом per se, а сердечно-сосудистой болезнью и сочетанными заболеваниями, которые следуют за развитием диабета и ожирения. Микрососудистые осложнения возникают как долговременные последствия плохо контролируемого диабета типа 2 и включают диабетическую ретинопатию, нейропатию и нарушения заживления ран, а также нефропатию. Роль miRNAs и их влияние микрососудистые осложнения рассмотрены др. авт. (Moura et al. 2014, Banerjee & Sen 2015, Bhatt et al. 2016).
Некоторые miRNAs обогащены в сердце (Sempere et al. 2004), а специфичные для сердца dicer1 KO мыши погибают молодыми из-за тяжелой сердечной недостаточности, характеризующейся гипертрофическим ростом (Chen et al. 2008), демонстрирующим важность Dicer для сердечных сокращений и показывающими, что miRNAs играют ключевую роль в собственно функции сердца. У людей гипертрофия сердца является основным фактором риска для возникновения сердечной недостаточности и летальных аритмий (Towbin & Bowles 2002) и обчно связана с гипертензией и макрососудистыми осложнениями. Возникновение кардиальной гипертрофии связано с аберрантной реактивацией программ эмбриональных генов, которые всё ещё недостаточно изучены. Известно, однако, что транскрипционные факторы, имеющие общий basic helix-loop-helix домен, важны для детерминации и дифференцировки разных типов клеток, включая кардиомиоциты. Dirkx с колл.(Dirkx et al. 2013) показали, что такой транскрипционный фактор, heart and neural crest derivatives expressed transcript (Hand2), необходимый для собственно развития сердца (Hutson & Kirby 2007, Snider et al. 2007), реактивируется в сердце, потерпевшем неудачу, где он управляет индукцией сети генов , контролирующей кардиальный рост, дилятацию и дисфункцию. Интересно, что Hand2 обратным образом экспрессируется по отношению к miR-1, miR-92a, miR-92b и miR-25 в экспериментальных моделях сердечных заболеваний, а ингибирование in vivo miR-25 приводит к дисфункции сердца зависимым от Hand2 способом (Dirkx et al. 2013). Некоторые др. miRNAs, как было установлено, участвуют в патологической кардиальной гипертрофии, включая miR-133 (Care et al. 2007), miR-199b (Da Costa Martins et al. 2010) и miR-378 (Ganesan et al. 2013) , выявляя терапевтический потенциал специфических miRNAs.
MiRNAs in adipose tissue and adipocyte differentiation
Традиционное мнение, что жировая ткань биологически неактивна, являясь отложением жира, изменилось в последнее время. Теперь ясно, что жировая ткань является высоко чувствительным эндокринным органом, влияющим на метаболический гомеостаз и воспаление (Rosen & Spiegelman 2006). Важность функции жировой ткани для здоровья и болезней определяется рядом болезней, ранее ассоциировавшихся с возрастом, и превалировавшие у людей с избыточным весом и ожирением. Открытие вызываемого возрастом снижения процессинга miRNA особенно в жировой ткани, подчеркивает важность этой ткани. Обилие ключевого энзима, участвующего в процессинге miRNA, Dicer, снижается в белой жировой ткани (inguinal и perigonadal) при старении и сопровождается скоординированным снижением уровней множественных miRNAs у мышей, людей и нематод. У мышей при ограничении калорий уровни Dicer не снижаются (Mori et al. 2012b). Нокдаун Dicer в клетках приводит к преждевременному старению, а мыши, дефицитные по Dicer в жировой ткани обнаруживают lipodystrophic потерю внутриабдоминального и подкожного белого жира, тяжелую резистентность к инсулину и увеличение и 'превращение в белый' подлопаточного коричневого жира (Mori et al. 2012b, 2014), а miR-365 была идентифицирована как miRNA, которая частично может объяснить 'whitening' фенотип.
Коричневая жировая ткань (BAT) обладает явным терапевтическим потенциалом и многие исследования подчеркивают важность miRNAs в формировании BAT, таких как miR-193b/-365 (Sun et al. 2011, Feuermann et al. 2013), miR-196a (Mori et al. 2012a), miR-155 (Chen et al. 2013) и miR-133a/b (Trajkovski et al. 2012). Недавно, Zhang et al. показали путем комбинирования miRNA и мРНК данных, что miR-455 играет критическую роль в коричневом адипогенезе. MiR-455, это BMP7-индуцированная miRNA, целенаправленно воздействует на несколько ключевых адипогенных регулятяора, такие как Necdin и Runx1t1, которые являются важными адипогенными супрессорами, контролирующими программу дифференцировки адипоцитов. Кроме того, miR-455 целенаправлено воздействует на hypoxia-inducible factor 1a inhibitor (HIF1an), гидролазу, которая обычно подавляет активность AMPK с помощью hydroxylation, это приводит к активации AMPK. Т.о., miR-455 супрессирует Necdin и Runx1t1, чтобы инициировать адипогенную программу и супрессировать HIF1an, чтобы активировать AMPK, которая, в свою очередь действует как метаболический триггер, индуцируя адипогенез коричневого жира (Zhang et al. 2015). В самом деле, интересно наблюдать, что экспрессируемые BAT miRNAs в определенной степени отражают миогенные клоны этих клеток, следовательно, BAT содержит общие важные функциональные miRNAs со скелетными мышцами (Table 1).
Table 1. MiRNAs of importance for metabolically relevant tissues
В некоторых исследованиях сравнивали профили экспрессии miRNA у тучных и тощих особей в белой жировой ткани. В жировых клетках мышей с диетой, вызывающей ожирение, 35 из 574 выявленных miRNAs дифференциально экспрессировались (Xie et al. 2009). Скрининг микромассивов выявил ряд miRNAs, которые потенциально дисрегулировались у пациентов с ожирением как с типа 2 diabetes mellitus, так и у толерантных к глюкозе пациентов (Heneghan et al. 2011, Keller et al. 2011). Однако, трудно доказать значение упомянутых miRNAs в др. когортах, как и управление экспрессией miRNA между группами тощих и тучных особей (Arner & Kulyte;2015). Это подчеркивает сомнения, что многие исследования miRNA трудно воспроизвести. В качестве возможного источника изменчивости, один из рассматриваемых примеров источника, пол тестируемых субъектов и болезненное состояние. Более того, многие исследования микромассивов часто недостаточной мощности, что также вносит неопределенность в результаты (Witwer 2013), не упоминая, какая из платформ использована для детекции miRNAs (Mestdagh et al. 2014).
MiRNAs часто проявляют своё действие в семьях и тем самым работают в сетях. Arner et al. (2012) установили, что 11 miRNAs были подавлены у жирных субъектов, все они целенаправлено воздействуют на экспрессию CCL2 (C-C motif ligand 2, известен также как MCP1 (macrophage chemoattractant protein 1) (Arner et al. 2012). Хемокин CCL2, как полагают, инициирует воспаление в жировой ткани, которое, в свою очередь, может управлять резистентностью к инсулину во всем теле. Также известно, что тучсные индивиды обнаруживают повышенную секрецию CCL2 по сравнению с тощими (Arner et al. 2012). Фрагмент сети, использующий miR-126, miR-193b и miR-92a, как было установлено, связан обратным образом с транскрипционными факторами, контролирующими воспаление в жровой ткани, и регуляция этих miRNAs оказывает добавочный эффект на секрецию CCL2 (Kulyte et al. 2014). Даже несмотря на эти противоречивые данные, особенно в контексте WAT и miRNAs, накапливающиеся данные указывают на то, что miRNAs являются центральными модуляторами нормальной дифференцировки WAT и BAT и биологии (Rottiers & Naar 2012).
MiRNAs as therapeutics
Рост знаний о miRNAs и их молекулярном действии ведет к индустриальному применению этого класса молекул (Fig. 2a). Среди наиболее многообещающих перспектив - использование miRNAs для терапии и их потенциала в качестве новых биомаркеров (Hayes et al. 2014).
Figure 2.
(a) Translational aspects of miRNAs. For therapy, miRNAs may be used as antagonists (antagomiR) or agonists (microRNA mimics). Specific methods, such as next-generation sequencing of small RNAs and qPCR-based miRNA arrays are used to identify possible miRNA biomarkers from patient specimens, but may also be used to monitor therapeutic effects or unintended side effects by treatment. Integral to the translational use of miRNAs are improved and consistent data analysis strategies of qPCR results with special focus on using optimal data normalization and identification of proper reference genes or miRNAs. For these purposes, current techniques and analysis strategies need to be adjusted and optimized. The figure was assembled with the help of Servier Medical Art (http://www.servier.com/Powerpoint-image-bank). (b) Table of Web-tools commonly used for prediction of miRNA-target mRNAs.
Принимая во внимание, что miRNAs участвуют в регуляции величины клеточных процессов (Esau et al. 2006, Trajkovski et al. 2011, Rottiers & Naar 2012, Dumortier et al. 2013), не удивительно, что паттерны экспрессии miRNA изменяются при ожирении (Ortega et al. 2013) и диабете (Kong et al. 2010, Hayes et al. 2014, Yang et al. 2014). Патофизиологически, усиленная активность miRNAs может контролироваться с помощью комплементарных аналогов нуклеотидов, чтобы снизить эффективно их активность (Stenvang et al. 2012). Такие 'antagomiRs' часто имеют модифицированную архитектуру нуклеотидов, напр., рибозный фрагмент нуклеиновой кислоты может быть замещен на аналог РНК с высоким сродством Locked Nucleic Acid™ (LNA™, Exiqon). AntagomiRs соединяются со зрелыми и предшественниками miRNAs и тем самым эффективно удаляют их из биологически доступного пула (Elmen et al. 2007, Gebert et al. 2014). MiRNA sponges предоставляют альтернативную стратегию подавления. alternative inhibition strategy. Действуя сходным способом, miRNA sponges содержат множественные сайты, связывающие miRNA в своих последовательностях и, тем самым, конкурируют за miRNAs (Zhang et al. 2013). Модифицированные oligo-рибонуклеотиды могут быть использованы для избыточной экспрессии miRNA и параллельно с ингибиторами они являются удобными инструментами для модификации уровней miRNA в клетках in vitro (Stenvang & Kauppinen 2008, Chen et al. 2015).
Miravirsen antagomiR целенаправленно воздействует на специфичную для печени miR-122, а компания Roche Innovation Center Copenhagen, previously Santaris Pharma продемонстрировала выполнимость ингибирования miRNA и это обещает перевод базовых исследований microRNA на терапевтические нужды (Janssen et al. 2013, Ottosen et al. 2015). MiR-122 необходима для репликации hepatitis C virus (HCV) (Jopling et al. 2005, 2008, Henke et al. 2008), и применение Miravirsen способно супрессировать экспрессию miR-122 и тем самым препятствовать репликации вируса HCV (Kr?tzfeldt et al. 2005, Ottosen et al. 2015).
В отношении метаболизма лишь немногие ингибиторы miRNA влияют на развитие, одним из них является N-acetylgalactosamine (GalNAc)-conjugated anti-miR-103/107 RG-125(AZD4076), разработанная Regulus Therapeutics and AstraZeneca для лечения non-alcoholic steatohepatitis (NASH) у пациентов в типа 2 диабетом/pre-diabetes (RegulusTherapeutics 2014, 2015). Современное лечение NASH с помощью thiazolidinediones обычно сопровождается появлением нежелательного избытка веса (Musso et al. 2012), и поэтому не удовлетворяет нуждам лечения данного заболевания. Лечение с помощью RG-125(AZD4076) базируется на его способности ингибировать активность miR-103/107, чье усиление активности в печени вызывает резистентность к инсулину (Trajkovski et al. 2011). AntagomiR-обусловленное молчание miR-103/107 у мышей сопровождается снижением содержания печеночных триглицеридов и улучшением чувствительности к инсулину. RG-125 (AZD4076) поэтому обладает потенциалом действовать эффективно в качестве сенсибилизатора инсулина (RegulusTherapeutics 2015).
RG-125 (AZD4076) модифицирован добавлением N-acetylgalactosamine (RegulusTherapeutics 2015), который целенаправленно воздействует преимущественно на олигонуклеотиды гепатоцитов благодаря связыванию с печенью, обогащенной ASGR1 (asialoglycoprotein receptor 1). Такая конъюгация усиливает потенциал и имеет целью избежать перекрестной реактивности со сходными семействами miRNA, подобных miR-15/16, обходя два препятствия, присущих базирующихся на miRNA фармацевтических агентах; доставка и специфичность соотв. miRNAs. На сегодня, AstraZeneca инициировала Фазу I клинического испытания RG-125(AZD4076) в конце 2015.
Базирующаяся на MiRNA терапия обнаруживает некоторые преимущества по сравнению с др. терапиями нуклеиновыми кислотами: MiRNAs являются эффективными замалчивателями и противовес плазмидной ДНК или синтетическим олигонуклеотидам, miRNAs возникают естественным образом в кровотоке. Поскольку они нацелены на множественные mRNAs, то возникающие синергичные эффекты могут быть позитивными для терапии (Chen et al. 2015) и повышают барьеры для формирования резистентности (Janssen et al. 2013, Wang et al. 2015a). Низкая токсичность и хорошая переносимость у леченных antagomiR пациентов подтверждает благоприятную роль miRNAs для терапии (Janssen et al. 2013, Van Der Ree et al. 2014).
Однако, существуют множественные важные проблемы, связанные с лечением с помощью miRNA: не модифицированные miRNAs быстро деградируют (Chen et al. 2015), возникает потребность в химически модифицированных производных или энкапсуляции. Более того, активация врожденного иммунитета или нейротоксичность возможны и являются важными побочными явлениями, а ингибиторы miRNA ограничены в своем действии клеточным потреблением и инкорпорацией в RISC, а неправильная дозировка может приводить к подавлению нежелательных мишеней, вызывая побочные эффекты (Lindow et al. 2012). На сегодня две основные проблемы, связанные с базирующимися на miRNA лекарствами, доставка (Wang et al. 2015a) и низкая тканевая специфичность (Kwekkeboom et al. 2016). Использование лекарств, базирующихся на miRNA в основном происходит с помощью инъекций или внутривенно, или локально (Obad et al. 2011, Shu et al. 2015, Wang et al. 2015a), но альтернативный подход включает оральное использование, клизмы, соапровождаемые очищением кишечника, местное применение и внутриглазное (Stenvang & Kauppinen 2008, Kwekkeboom et al. 2016). Несмотря на это необходимы улучшенные стратегии для точной и эффективной доставки в ткань. Т.о., терапия, базирующаяся на miRNA обладает потенциалом в качестве нового и передового инструмента при разных болезнях, но пока мало разработок для метаболических болезней, что, скорее всего, связано с разношерстной природой miRNA мишеней, а также с трудностями достижения тканевой специфичности.
Biomarkers
MiRNAs находятся в биологических жидкостях, таких как кровь, моча, плазма и слюна (Javidi et al. 2014, Arrese et al. 2015). Хотя чистые РНК склонны к быстрой деградации, miRNAs из биологических жидкостей обнаруживают удивительную стабильность (Mitchell et al. 2008). Общепринятым объяснением является то, что эти miRNAs находятся в экзосомах, которые являются небольшими мембранными пузырьками размером в 40-100 nm (Chevillet et al. 2014), Которые содержат ДНК, мРНК и белки помимо miRNAs (Ban et al. 2015). Окруженные такой мембраной структуры miRNAs защищены от RNases. Процесс секреции miRNA в экзосомы в основном неизвестен. Неясно, какая ткань вносит вклад в секрецию miRNA и является ли это результатом активной сортировки. Более того, остается открытым вопрос, выполняют ли секретируемые miRNAs биологическую функцию. Но учитывая низкую концентрацию miRNAs в экзосомах, которая может составлять одну копию на экзосому (Chevillet et al. 2014), то функция коммуникации вряд ли вероятна. Более того, miRNAs в биологических жидкостях могут быть также стабилизированы благодаря связыванию с Ago2 или липопротеинами (Arroyo et al. 2011).
Несмотря на эти неясные вопросы, хорошо известно, что паттерны miRNA в биологических жидкостях меняются при патологических состояниях (Mitchell et al. 2008, Ortega et al. 2013, Yang et al. 2014). Описание состава MiRNA указывает на возможность их использования для диагностических и прогностических тестов при разных болезнях, напр., при раке (Javidi et al. 2014), синдроме поликистозных яичников (S?rensen et al. 2014) и болезнях печени (Arrese et al. 2015) среди прочих. Преимущества использования miRNAs в качестве биомаркеров включает чувствительность детекции и возможность многоканального анализа для повышения специфичности. Главной проблемой для анализа miRNAs в качестве биомаркеров из биологических жидкостей является составление последовательных и надежных протоколов для преаналитической обработки проб, экстракции и измерения miRNA, всё это важно (Blondal et al. 2013). Итак, miRNAs могут быть использованы в качестве диагностических инструментов, но будущие исследования д. включать исследования крупных когорт для получения базовых уровней значений и степени вариации между субъектами, чтобы сделать использование miRNAs минимальными неинвазивными биомаркерами.
Quantification of miRNA
Несмотря на имеющиеся техники выделения РНК выделение miRNA имеет определенные ограничения (Trevorlstokes, 2012, McAlexander et al. 2013, Moldovan et al. 2014). Для анализа уровня miRNA используются два распространенных подхода, платформы. базирующиеся на секвенировании и quantitative PCR (qPCR). Для изучения miRNA quality control study (MiRQC), используются коммерческие платформы от 12 разных поставщиков, которые были оценены и сравнены по разным качественным характеристикам (Mestdagh et al. 2014). Было изучено, насколько хорошо работают платформы, когда сталкиваются с затруднениями, такими как различение между очень сходными последовательностями miRNA или с низкими концентрациями miRNAs. Каждая платформа имеет свои преимущества и слабости. Выбор оптимального подхода сильно зависит от экспериментальной установки и цели.
Интеграция экспрессии мРНК и miRNA, базирующаяся на анализе микромассивов или секвенировании следующего поколения, является подходящим методом для изучения возможных регуляторных механизмов miRNAs. Однако, важно понимать, что miRNA воздействующие преимущественно, репрессируя на трансляционном уровне, не могут быть обнаружены, используя этот подход. Т.о., используя массивы mRNA, чтобы охарактеризовать регуляцию miRNA-мишень, , скорее всего, окажется, что отсутствуют настоящие мишени, регулируемые с помощью подавления трансляции, и, следовательно, этот подход, скорее всего, приведет к фальшивым негативным находкам. Используя иммунопеципитацию Ago2, чтобы обогатить мРНК, включенные в RISC, и тем целенаправленно подвергаться действию miRNA, является альтернативным подходом для идентификации мишеней для miRNA, мишеней, регулируемых на трансляционном уровне также.
Анализ, количественная оценка и прозрачность данных по miRNA станут критическими ступенями. Особым препятствием является отсутствие стандартного уровня для нормализации. Использование snoRNAs, таких как U6, нежелательно из-за различной стабильности и биогенеза в сравнении с miRNAs (Vandesompele 2013, Hellemans & Vandesompele 2014). Должны быть использованы др. стратегии, включая глобальную усредненную нормализацию (Zhao et al. 2010) или некоторые стабильные референсные гены (Bustin et al. 2009, Mestdagh et al. 2009). Чтобы увеличить транспарентность анализов д. быть детальная информация относительно последовательностей miRNA и названия в результатах публикаций (Van Peer et al. 2014), напр., используя miR-tracker программное обеспечение (Van Peer et al. 2014).
Идентификация мишеней для mRNAs является важной для понимания биологического контекста miRNAs, но несмотря на это остается комплекс вопросов. Несовершенное спаривание оснований в дуплексах miRNA-мРНК создает проблемы для алгоритмов программ (Witkos et al. 2011). Соотв. большинство алгоритмов сталкивается с большим числом ложно-положительных ответов и низкой точностью (Ekimler et al. 2014). Современные предсказывающие алгоритмы доступны в виде online инструментов (Fig. 2b) или кода источника. Начальной точкой обычно является 'seed region' из нуклеотидов 2-7 из miRNAs (Mazi?re & Enright 2007, Vlachos & Hatzigeorgiou 2013, Peterson et al. 2014), которые используются RISC для связывания mRNAs с помощью Watson-Crick спаривания оснований miRNA (Saito & S?trom 2010, Peterson et al. 2014). В зависимости от алгоритма, др. свойства также принимаются во внимание: расположение сайта связывания на мРНК, консервация последовательностей между видами, свободная энергия сформированного дуплекса, доступность места связывания мРНК, окружение вокруг распознающего сайта в miRNA и прфиль экспрессии в исследуемой ткани (Saito & S?trom 2010, Vlachos & Hatzigeorgiou 2013, Ekimler et al. 2014, Peterson et al. 2014). Разный баланс этих свойств может вызывать различия в результатах. Поэтому несколько алгоритмов д. быть скомбинированы для анализа (Witkos et al. 2011). Биоинформационные методы предсказания мишеней могут подкрепить экспериментальные подходы, обеспечивая более эффективную идентификацию мишеней для miRNA.
Conclusions and perspectives
A large number of miRNAs have been implicated in different facets of the metabolic syndrome and diabetes mellitus, and currently, there are no well-established or unifying sets of miRNAs characterizing the various subphenotypes of metabolic disease. However, a number of miRNAs appear to affect the function or differentiated state of the pancreatic ?-cell, whereas miRNAs in skeletal muscle, liver and adipose tissue constitute different and almost non-overlapping sets of miRNAs (Table 1). The field of miRNA research is developing rapidly with new tools and models arising. This will enable the further development of miRNA-based therapeutics for the treatment of metabolic diseases for which there is an unmet need worldwide. Moreover, seeing the impact of regulation of miRNA processing in adipose tissue, it could be highly useful to identify endogenous as well as small molecule regulators of miRNA processing with the potential use of modifying adipose tissue metabolism for treatment of metabolic disease.
A general conclusion is that with many contrasting studies regarding expression regulation and function of miRNAs in different cell types suggests that there is a genuine need for more studies. As many miRNAs appear to have roles in stress response modulation, whereas they are dispensable in the unperturbed state, it will be necessary to investigate the proper models of metabolic stress in order to elucidate their functions. Moreover, because miRNAs often exist in families, an increasingly important approach will be to modulate levels of entire miRNA families or coregulated miRNAs together as well as separately in order to establish their roles in the intact tissue or organ.
This work, and the Symposium on MicroRNAs in Metabolism, from which this review originates, was sponsored by the Danish Diabetes Academy supported by the Novo Nordisk Foundation. We are very grateful for the support from the Invited Speakers of this Symposium for sharing their view on MicroRNA research in Metabolism and for their constructive comments to this review. A full list of Speakers at the Symposium on MicroRNAs in Metabolism can be found in Appendix S1. The authors would like to thank Lena Eliasson, Romano Regazzi, Marcelo Mori, Brendan Egan, Peter Mouritzen, Bader Zarrouki and Hongbin Zhang for critical revision and their constructive comments on this manuscript. Funding: This work is supported by the Danish Diabetes Academy supported by the Novo Nordisk Foundation, Roskilde University and the FSS, DFF¦Danish Medical Research Council 1331-00033 to L.T.D. The funders had no role in decision to publish or preparation of the manuscript.
|