Посещений:
ФОРМИРОВАНИЕ ГЕТЕРОХРОМАТИНА



Роль разделения жидкостных фаз

Amy R. Strom, Alexander V. Emelyanov, Mustafa Mir, Dmitry V. Fyodorov, Xavier Darzacq and Gary H. Karpen. Phase separation drives heterochromatin domain formation.Nature, 2017 DOI: 10.1038/nature22989

This is liquid-like fusion of heterochromatin protein 1a droplets in the embryo of a fruit fly.
Одни и те же механизмы, которые быстро разделяют смеси масел и воды участвуют и в контроле организации необычной части нашей ДНК, наз. гетерохроматином. Исследователи, изучающие геном и клеточную биологию предоставили доказательства что гетерохроматин организует крупные чаасти генома в специфические области ядра, используя разделение фаз liquid-liquid, механизм, хорошо известный в физике, но значение которого в биологии только начинает выясняться.
"Важность последоваательностей ДНК для здоровья и болезней известна давно, но только недавно стало ясно, что ораганизация участков ДНК в различающиеся физически домены или компартменты внутри ядра, критические для осчуществления разных функций генома," сказал, Gary Karpen.
Длинные участки ДНК в гетерозроматине содержат последоваательности, которые, по большей части, должны замалчиваться в клетках, чтобы работать правильно. Ученные полагают, что компакция ДНК является начальным механизмом, контролирующим, какие энзимы и молекулы будут получать доступ к последоваательностям. Предполагается, что многие значительные ранения нитей делают ДНК более жесткой, добираясь до генетического материала внутри.
В последние годы встал вопрос о механимзме после открытия, что некоторые крупные белковые комплексы перемещаются внутрь гетерохроматиновых доменов, причем более мелкие белки могут оставаться не включенными.
В данном исследовании ранних эмбрионов Drosophila исследователи наблюдали две не смешивающиеся жидкости в ядре клетки: одна содержала экспрессирующиеся гены, а др. содержала молчащий гетерохромтин. Было установлено, что гетерохроматиновые капли сливаются вместе подобно двум капелькам масла, окруженные водой.
Исследователи очистили heterochromatin protein 1a (HP1a), основной компонент гетерохроматина и установили, что этот дискретный компонент способен восоздавать то, что они наблюдали в ядре при формировании капельками жидкости.
"Мы были взволнованы этими находками, поскольку они объясняли загадку, которая существовала в этой области," говорит ведущий автор Amy Strom. "Это выглядит так, как будто компакция контролирует доступ к замалчиваемым последовательностям, хотя др. крупные белки всё ещё способны проникать внутрь? Организация хроматина c помощью фазового разделения означает, что белки целенапрравленно воздействуют на одну жидкость или другую независимо от размера, но в зависимости от др. физических свойств, таких заряд, гибкость и партнеры по взаимодействию."
В лаб. Berkeley были использованы клетки дрозофилы и мыши (UC San Francisco) и было показано, что человеческая версия белка HP1a обладает теми же самыми свойствами жидкостных капель, подтверждая, что сходные принципы действуют и в гетерохроматине человека.
Интересно, что такого типа разделение фаз liquid-liquid очень чувствительно к изменениям температуры, концентрации белка и уровней pH.
"Это очень элегантный способ для клеток, обеспечивающий способность манипулировать экспрессией генов из многих последовательностей совместно," говорит Strom.
Др. клеточные структуры, включая и те, что участвуют в болезнях, также организуются c помощью разделения фаз. "Проблемы с фазовым разделением связаны с некоторыми болезнями, такими как деменцимя и некоторые нейродегенеративные нарушения," отмечает Karpen. Так, при старении биологические молекулы теряют своё жидкостнрое (liquid) состояние и становится более твердыми, накапливая повреждения по пути. Karpen подчеркивает, что болезни, подобные Alzheimer's и Huntington's, при которых белки упаковываются неправильно и агрегируют, орказываются менее жидкими (liquid) иболее твердыми со временем.
"Если мы сможем лучше понять, что вызывает агрегацию и как удерживать молекуля более жидкими, то получим шанс бороться с такого типа болезнями," добавляет Strom.
Эта работа является большим шагом в направлении понимания функций ДНК, но также д. помочь исследователям улучшить их способность манипулировать генами.
"Генотерпия, или любое воздействие, которое базируется на тонкой регуляции экспрессии генов, могут быть улучшены c помощью точного целенаправленного воздействия на молекулы в правильном месте ядра," говорит Karpen. "Очень трудно целенаправленно воздействовать на гены, расположенные в гетерохроматине, но понимание свойств, связанных с фазовым разделением и повдением жидкостей может помочь изменить это и открыть третий геном, о котором прежде не слышали." Сюда входят и технологии целенаправленного редактирования генов, подобные CRISPR.