Форма и функция клеток определяется какие гены генома будут считываться и транслироваться в белки. "Считывание" активных генов начинается с их транскрипции в мРНК, процесс, контролируемый сложной сетью регуляторов транскрипции. Мутации в этих регуляторах могут менять функцию и качественные особенности клеток и тем самым приводить к раку или др. болезням человека. Блокирование же аномальной транскрипции может убивать раковые клетки, что делает регуляторы транскрипции привлекательными мишенями для разработки лекарств.

Чтобы понять функцию регуляторов транскрипции, важно знать, какие гены непосредственно они контролируют. Однако, определение таких генов остается затруднительным с помощью секвенирования мРНК. Вместо этого теперь измеряют все мРНК в клетке, с помощью нового метода профилирования, наз. "SLAMseq", позволяющего исследователям определять мРНК, которые вновь получены в определенный период времени.

Авт. этого метода, Stefan Ameres и его компнда (Institute of Molecular Biotechnology -- IMBA) теперь в сотрудничестве с лаб. Johannes Zuber (Research Institute of Molecular Pathology -- IMP) усовершенствовали SLAMseq для изучения непосредственных мишеней раковых генов и целевых лекарств.

Исследовали функцию двух важных регуляторов транскрипции, BRD4 и MYC, которые рассматриваются как возможные мишени для лекарств при раке. Чтобы установить их непосредственные транскрипционные мишени, ученые комбинировали SLAMseq с новым инструментом, нацеленным на деградацию белков, это позволяло им устранять BRD4 и MYC на 30 мин. и измерять возникающие в результате изменения в продукции мРНК в течение нескольких часов. Эти эксперименты смогли прояснить первичную функцию BRD4 и MYC в транскрипции.

Простота SLAMseq также позволила исследователям изучить непосредственные эффекты раковой терапии на беспрецедентном уровне глубины. Ингибиторы BRD4, которые сегодня тестируются в нескольких клинических испытаниях, выключаются, чтобы запустить или высоко специфические, или широкого распространения транскрипционные эффекты, в зависимости от используемой дозы. Совместно с фармацевтической компанией Boehringer Ingelheim, ученые также начали использовать SLAMseq для проверки комбинационной терапии.

"Мы были очень воодушевлены возможностью нашего метода продвинуть будущие исследования рака," говорит Matthias Muhar. "SLAMseq позволяет любой биол. и исследовательской лаб. использовать очень простой инструмент для идентификации прямых транскрипционных мишеней в виде любого гена, пути или лекарства.

Более того, уже разработан SLAMseq kit, чтобы распространить метод на научные содружества.