Over 150,000 nuclei from P2 and P11 mouse brains and spinal cords were profiled in a single experiment employing over six million barcode combinations. Transcriptomes were clustered and then visualized using t-SNE. Cells are colored according to cell type. Each cluster was downsampled to 1,000 cells for visualization.
Учёные из Allen Institute и the University of Washington разработали новую технику по низкой цене для профилирования экспрессии генов в сотнях и тысячах клеток. Split Pool Ligation-based Transcriptome sequencing (SPLiT-seq) является масштабируемой техникой для характеристики РНК в индивидуальных клетках, которые может быть использована для идентификации различных типов клеток, обнаруживаемых в головном мозге и др. тканях.
"Чтобы понять, любую многоклеточную биологическую систему необходимо понять составляющие её блоки, её клетки," говорит Bosiljka Tasic. "Головной мозг содержит множество клеток разной формы и размеров, но универсальный подход для характеристики и классификации их не существует. Характеристика РНК одиночной клетки является способом классификации клеток, но существующие методы очень затратные и требуют специализированной экипировки. Поэтому SPLiT-seq может предоставить базовое оснащение для любой лаб. и может привести к широкой адаптации и стандартизации транскриптомов одиночных клеток."
Ранее разработанные техники секвенирования требовали. чтобы каждая клетка была изолирована перед мечением её РНК с помощью генетического штрих-кода. С помощью SPLiT-seq, клетки не нужно выделять. Вместо этого клетка используется как изолированный компартмент для своей собственной РНК. Пулы клеток разделяются на множество групп, где штрих-код добавляется к их РНК. Этот процесс повторяется множество раз, чтобы наделить РНК каждой клетки уникальным комбинаторным штрих-кодом. Это позволило исследователям получать профили генной экспрессии многих клеток в одно и то же время и классифицировать их по типам.
"Для этого проекта мы использовали SPLiT-seq, чтобы получать профили более 150000 клеток в развивающемся головном и спинном мозге мышей и мы определили множество новых молекулярных маркеров для специфических типов клеток," говорят Georg Seelig и Paul G. . "Затраты в наших экспериментах теперь составляют penny на клетку. SPLiT-seq существенно снижает барьеры между лаб., желающими профилировать одиночные клетки, но не могущие тратиться на специализированное оснащение."
"Многие болезни. такие как Alzheimer's и Parkinson's, связаны с дисфункцией определенных типов клеток," говорит Tasic. "Информация о том, какие это типы клеток и какие гены работают неправильно, может привести к лучшему пониманию того, как эти болезни начинаются и прогрессируют, как их лечить."