Технология секвенирования отдельных клеток вносит тонкие детали в каталог жизни. Исследователи из University of Connecticut Health Center (UConn Health) и The Jackson Laboratory (JAX) идентифицировали 40 подтипов retinal ganglion cells (RGCs) с помощью генетических маркеров и транскрипционных факторов, которые их дифференцируют.

Благодаря недавним успехам техники droplet-based single-cell секвениования РНК, исследователи смогли изолировать одиночные клетки и амплифицировать их генетический материал, чтобы исследовать их полный набор РНК. Это позволило осуществить детальную опись клеток данного типа (т.е.., RGCs), выявив незначительные молекулярные отличия, которые характеризуют подтипы.

RGCs передают зрительные данные из глаза в головной мозг и ранее было идентифицировано 30 подтипов. Используя секвенирование РНК в одиночных клетках, исследователи проанализировали 6225 RGCs, выявив около 5000 генов, экспрессирующихся в каждой клетке из левого и правого глаза новорожденных мышей. Исходя из полученных данных посредством алгоритм формирования кластеров (clustering) была осуществлена классификация клеток в 40 подтипов.

Что же составляет клеточный тип или подтип? ЦНС млекопитающих очень сложная и использует взаимодействия многих специализированных типов и подтипов нейронов. Исследователи избрали RGCs поскольку большинство подтипов уже были идентифицированы и были сравнены с любым др. клеточным типом нейронов и так и др. широкие классы типов клеток сетчатки (такие как фоторецепторы) были исследованы на уровне одиночных клеток. Целью было выяснение молекулярных различий между клетками и маркеров, уникальных для подтипов RGC.

Помимо идентификации новых подтипов RGC и их маркеров исследователи продемонстрировали изменчивость величины генной экспрессии между клетками, необходимую для дифференцировки их в подтипы и предоставили иерархию популяции типа клеток в подтипы. База данных доступна для изучения посредством UConn Health web приложения, RGC Subtypes Gene Browser.