Гены на 5' конце кластера HoxD кодируют ДНК-связывающие транскрипционные факторы, существенные для развития autopod и пальцев, регулируют прежде всего экспрессию генов и соотв. морфогенез и дифференцировку скелета. Сравнительные исследования, сконцентрированые на их экспрессии и регуляции, привели к идее, что эволюция бимодальной регуляции кластера HoxD, в основном и обусловливающая активацию цис-регуляторных единиц на центромерной стороне кластера, явилась фундаментальным механизмом, который и обусловил переход от плавников к конечностям у позвоночных. Кроме того, функциональные подходы продемонстрировали, что повышенные уровни 5'HoxD генов стимулируют продукцию дополнительных эндохондральных костей, в то же время происходит репрессия формирования дермального скелета дистально. Др. данные недавно появились на свете и подтвердили, что эти гены могут вмешиваться непосредственно в продукцию компонентов дермального скелета у рыб и в активность цис-регуляторных единиц, участвующих в формировании аутопода и пальцев. Наконец, растут доказательства, подтверждающие, что роль генов из HoxD в эволюции плавников может быть связана со способностью изменять судьбу дистальных мезенхимных клеток, заставляя их дифференцироваться в эндохордальную кость скорее, чем в дермальный скелет. Мы отслеживали историю исследований, связанных с вовлечением HoxD генов с переход от плавников к конечностям у позвоночных. В конце обсуждаются три взаимосвязанных предмета, которые извлекают пользу из значительных успехов последних лет, связанных со сравнительным анализом и функциональными подходами, применительно к видам рыб : (a) сравнительная экспрессия HoxD генов; (b) сравнительная регуляции транскрипции HoxD генов; и (c) функциональная характеристика 5' HoxD генов.