Геномное редактирование induced pluripotent stem cells (iPSCs) человека много обещает для использования в качестве терапии. Однако, низкая эффективность препятствует использованию технологии CRISPR-Cas9 для создания нокаута и отредактированных с помощью homology-directed repair (HDR) линий iPSC, особенно для молчащих генов. Это частично обусловлено компактностью хроматина, неминуемо ограничивающей доступ для Cas9 к ДНК мишени. Среди 6 HDAC ингибиторов мы исследовали , vorinostat или suberoylanilide hydroxamic acid (SAHA), приводящий к самой высокой эффективности HDR для открытых и закрытых локусов с вполне приемлемой токсичностью. HDAC ингибиторы одинаково увеличивают и эффективность non-homologous end joining (NHEJ) редактирования (~50%) на открытых и закрытых локусах, благодаря значительному HDAC ингибитором-обусловленному увеличению экспрессии Cas9 и sgRNA. Однако, мы наблюдали более существенную эффективность HDR по улучшению в закрытых локусах по сравнению с открытым хроматином (2.8 против 1.1-кратного изменения). Это предоставляет новую стратегию HDR-редактирования молчащих генов в iPSCs.