Преждевременные роды (PTB) составляют приблизительно 10% от беременностей в США. Поскольку генетические факторы, вносящие вклад в PTB, ограничивают репликацию специфических локусов генетического риска, ассоциированных с PTB. Недавно мы осуществили первое крупномасштабное исследование ассоциаций с материнским геномом (GWAS), использовав 43568 женщин, которое идентифицировало варианты локуса вблизи гена angiotensin II receptor type 2 receptor (AGTR2) , ассоциированного с PTB и продолжительностью беременности. Мы предположили, что один из вариантов этого локуса влияет на экспрессию AGTR2.

Выявленные генетические варианты Wte были идентифицированы ранее при GWAS исследовании вблизи AGTR2 (combined analysis p-value of 7.2x10 16 в ассоциации с продолжительностью беременности) и была установлена генотип-зависимая регуляция экспрессии AGTR2. Путем вычислений мы определили приоритеты болезненных вариантов, использовав доступные данные функциональной геномики. Вызывающие отклонения варианты затем оценивали в отношении возможных эффектов на связывание транскрипционного фактора (TF), используя данные микромассивов по связыванию белка. Отобранные варианты, предсказуемо нарушающие связывание TF, были проанализированы с использованием electrophoretic mobility shift assays (EMSAs). Luciferase reporter assay's были осуществлены для идентификации rs7889204 генотип-зависимой регуляции промотора AGTR2.

Компьютерный анализ идентифицировал rs7889204 в качестве главного варианта функционального кандидата. EMSA анализ подтвердил предсказание аллель-зависимого связывания для транскрипционных факторов CEBPB и HOXAIO. Метод Luciferase репортера выявил аллель-зависимую активность репортера для rs7889204, с пониженной экспрессией для nonreference "C" аллеля.

Итак, мы идентифицировали предполагаемые механизмы, с помощью которых rs7889204 воздействует (at die) на AGTR2 локус по-разному связывая CEBPB и HOXAIO. Метод репортера продемонстрировал снижение активности энхансера для non-reference аллеля при rs7889204. Эти результаты согласуются с ранее установленным eQTL для AGTR2 в матке, подтверждая снижение связывания CEBPB и HOXAIO при преждевременных родах в присутствии rs7889204 risk аллеля, приводя к снижению экспрессии AGTR2 и возможно к нижестоящим аномалиям имплантации в децидуа, приводящими к PTB.