ALU REPEATS AND HUMAN GENOMIC DIVERSITYMark A. Batzer & Prescott L. Deininger
Nature Reviews Genetics 3, 370 -379 (2002)
Nature Reviews Genetics 3, 370 -379 (2002)
(Рис.1.) | Alignment of Alu-subfamily consensus sequences.
(Рис.2.) | The expansion of Alu elements in primates.
(Рис.3.) | Expansion of recently integrated human Alu subfamilies.
(Рис.4.) | Spread of an Alu insertion.
(Рис.5.) | Schematic of Alu-induced damage to the human genome.
(Box 1.) | A typical human Alu element and its retroposition
Во время последних 65 миллионов лет, Alu элементы размножились до более чем одного миллиона копий на геном приматов, в резцльтате были созданы серии подсемейств Alu разных возрастов. Alu элементы влияют на геном несколими путями, вызывая инсерционные мутации, рекомбинацию между элементами, конверсию генов и изменения экспрессии генов. Alu-инсерционный полиморфизм используется для изучения генетики популяций человека и для сравнительной геномики приматов, т.к. эти элементы являются нейтральными генетическими маркерами, соответствующими известному ancestral состоянию.
Alu элементы являются классом short interspersed elements (SINEs), которых в геноме приматов более миллиона. Экспансия Alu элементов характеризуется дисперсией на на несколько подсемейств, так что элементы различного эволюционного возраста обладают общими нуклеотидными заменами.
Alu элементы оказывают влияние на геном разными путями, включая и инсерционные мутации, рекомбинацию между элементами, конверсию генов и экспрессию генов.
Заболевания человека, вызываемые инсерциями Alu, включают neurofibromatosis, haemophilia, familial hypercholesterolaemia, breast cancer, insulin-resistant diabetes type II и Ewing sarcoma.
Alu элементы изменяют распределение метилирования и , возможно, транскрипцию генов во всем геноме.
Транскрипция Alu элементов изменяется в ответ на клеточные стрессы и м.б. вовлечена в поддержание или регуляцию реакции на клеточные стрессы.
Alu элементы являются первичным источником для возникновения простых повторов последовательностей в геноме приматов.
Полиморфизмы Alu-инсерций используются для изучения генетики популяций человека и сравнительной геномики приматов,т.к. они являются нейтральными, identical-by-descent генетическим маркерам с известным ancestral состоянием.