Посещений:
Пептиды Мимикрирующие Нуклеиновые Кислоты

HypNA-pPNA

Targeted Gene Knockdown in Zebrafish Using Negatively Charget Peptide Nucleic Acid Mimics
K.A.Urtishak, M.Choob, X.Tian, N.Sternheim, W.S.Talbot, E.Wickstrom, S.A.Faber (sfaber@mail.jci.tju.edu)
Dev.Dyn. V.228, No 3, P.405-413, 2003

Многие аналоги ДНК были созданы, чтобы достичь резистентности к нуклеазам, не теряя при этом гибридизационной силы и специфичности. По сравнению с нормальной фосфодиэфирной ДНК (Рис. 1А) morpholino phosphorodiamidate (MO) олигомеры (Рис. 1В) обладают хорошими гибридизационными свойствами, а также base специфичностью.



Они прирожденно резистентны к широкому кругу клеточных и циркулирующих дегративных энзимов и обладают высокой растворимостью в воде, несмотря на отсутствие заряда, обусловливающего их строгую поляризованность. МО олигомеры используются на рыбках данио для sequence-based обратного генетического скрининга по всему геному во время эмбрионального развития. Инъекции антисмысловых МО олигомеров, соответствующих области инициирующих кодонов (или 5' нетранслируемой области) м. ингибировать трансляцию желаемых мРНК. Таким образом получено множество морфолино фенокопий для широкого круга мутантов. Антисмысловые МО олигомеры способны к вычленению молекулярных механизмов развития и физиологии путём направленного нокдауна некоторых, но не всех интересующих генов.
Peptide nucleic acids (PNAs), по-видимому, более пригодны для целей гибридизации, чем МО олигомеры благодаря своему более высокому сродству по отношениюю к ДНК и РНК, более строгой дискриминации mismatch и резистентности к протеазам и нуклеазам, хотя PNAs менее растворимы, чем МО и не дают фенотипов нокдауна генов у эмбрионов рыбок данио.
Высоко расстворимыый аналог PNA, состоящий из alternating trans-4-hydroxyl-L-proline PNA и phosponate PNA (HypNA-pPNA) (Рис. 1 D), был синтезирован и охарактеризован. Так, гомоолигомеры, негатиыно заряженные HypNA-pPNA, обнаруживают выдающиеся гибридизационные свойства в отношениии ДНК и РНК в растворах, сохраняя при этом mismatch дискриминацию и резистентность к нуклеазам/протеазам.
Сравнивали гибридизационную силу, эффективность нокдауна и mismatch дискриминацию МО олигонуклеотдов с HypNA-pPNA олигомерами. Было установлено, что HypNA-pPNA 18-меры гибидизируются с 25-мерной РНК столь же сильно, как и 25-мерыне МО и что два HypNA-pPNA mismatches снижают температуру плавления РНК до 18оС. У эмбрионов рыбок данио 18-мерные HypNA-pPNA обладают потенциалом, сравнимым с 25-мерынми МО как агенты нокдауна в отношении chordin, ntl и uroD с более высокой mismatch stringency. Более того что специфический 18-мернай HypNA-pPNA даёт dharma (известный также как bozozok)-/- фенотип, которого не даёт и 25-мерный МО.


Сайт создан в системе uCoz