PATTERNS OF LINKAGE DISEQUILIBRIUM IN THE HUMAN GENOME Kristin G. Ardlie, Leonid Kruglyak & Mark Seielstad Nature Reviews Genetics 3, 299 -309 (2002)
(Рис.1.) | Linkage disequilibrium around an ancestral mutation.
(Рис.2.) | Optimal mapping strategies for different types of loci.
(Рис.3.) | The erosion of linkage disequilibrium by recombination.
Simulating the effects of demography on LD and nucleotide diversity
Определенные аллели соседних локусов имеют тенденцию наследоваться вместе. Для тесно сцепленных локусов это м. вести к ассоциациям аллелей в популяции - свойство известное как linkage disequilibrium (LD).
Итак, если аллели разных локусов обнаруживаются в популяции вместе с более высокими, чем ожидалось частотами, то они находятся в неравновесном сцеплении (LD). Уровни LD наиболее высокие для локусов, которые физически близки в геноме и редуцированы с помощью рекомбинации и возвращающихся мутаций.
Если локус болезни находится в LD со сцепленными маркерами, то м. определить присутствие этого локуса болезни с помощью обнаружения ассоциации между маркерами и болезнью. Эта стратегия пригодна для картирования генов моногенных заболеваний.
Как лучше измерять LD. В настоящее время используются несколько измерений (такие как D', r2 и 4Ner), которые трудны для сравнительного извчения.
Исследования LD , осуществленные в природных популяциях Drosophila, показали, что LD варьирует в разных регионах и испытывает влияние со стороны селективных сил в дополнение к изменчивости в скорости рекомбинации. Hitchhiking эффекты м. усиливать LD благодаря снижению уровней разнообразия нуклеотидов в регионе.
У людей, моделирование проливает некоторый свет на факторы, которые, скорее всего, формируют паттерны разнаобразия и LD в геноме человека. Однако, ясно, что простые модели демограйии человека не м. объяснить наблюдаемые уровни и изменчивость нуклеотидного разнообразия.
Эти исследования упускают взаимодействие многих факторов в формировании паттернов LD. Эти факторы включают генетический дрейф, отбор, демографические факторы, вариабельность скорости мутаций, рекомбинации и генной конверсии.
Недавние геномные исследования подкреплили многие эмпирические исследования LD у людей. Такие исследования прорливают свет на изменчивость, которая, обнаруживается в разных частях генома. Очевидно, что изменчивость должна обнаржуиваться и между популяциями с различными демографическтми историями.
Основным практическим приложением этих данных для изучения сложных полигенных заболеваний является то, что первые пилотные исследования геномных областей в популяциях, вызывающих интерес, существенны, прежде чем будет выработана приемлемая стратегия обнаружения ассоциаций между маркерами и чувствительностью к болезни.
