Посещений:
Мозаичная Структура Генома Человека


Lercher, M. J. et al. A unification of mosaic structures in the human genome. Hum. Mol. Genet. 12, 2411–2415 (2003) |  Article |  PubMed |  ISI |  ChemPort

Shopland, L. S. et al. Clustering of multiple specific genes and gene-rich R-bands around SC-35 domains: evidence for local euchromatic neighborhoods. J. Cell Biol. 162, 981–990 (2003) |  Article |  PubMed |  ISI |  ChemPort


FURTHER READING
Lercher, M. J. et al. Clustering of housekeeping genes provides a unified model of gene order in the human genome. Nature Genet. 31, 180–183 (2002) | Article  |  PubMed |  ISI |  ChemPort

Moen, P. T. et al. Repositioning of muscle-specific genes to the periphery of SC-35 domains during skeletal myogenesis. Mol. Biol. Cell (in the press).

WEB SITES
Jeanne B. Lawrence's laboratory | Martin J. Lercher's laboratory
The distribution of genes along chromosomes is not random, but what determines gene order? Building on their previous evidence that broadly expressed housekeeping genes cluster, Martin Lercher and colleagues investigated whether there is an interaction between gene-expression patterns and the mosaic structure of the human genome.

Используя комбинацию serial analysis of gene expression (SAGE) технологии и expressed sequence tag (EST) данных для проверки порядка генов и состава оснований авт. нашли, что имеется корреляция между тем как широко экспрессируется и локальнцм составом нуклеотидов в окружающей геномной области - широко экспрессируемые гены лежат в районах, богатых ГЦ (isochores). Хотя содержимое ГЦ ассоциировано с плотностью CpG, а гены домашнего хозяйства часто располоагаются вблизи CpG островков, однако только преобладание CpG не м. объяснить 'той корреляции. Работа подтверждает идею, что имеется взаимосвязь между широтой экспрессии генов и изохорами.
Авт. обнаружили также, что R диски и наиболее светло окрашенные G диски (цитогенетические хромосомные диски, которые сождержат наибольше всего GC-rich регионов) обнаруживали преимущественное расположение с широко экспрессирующимися генами, хот ядальнейшие исследования показали, что по крайней мере часть из этих корреляций не зависит от ГЦ.
Итак, Lercher и др. получили прямые доказательства взаимоотношений между паттернами экспрессии генов и составом оснований и структурой хромосомы. Их находка согласуется с адаптивной гипотезой, согласно которой селективное давление заставляет гены домашнего хозяйства концентрироваться в геномных областях со структурными свойствами, которые м. облегчать доступ к ним транскрипционной кухни (machinery).
Во второй работе, Jeanne Lawrence и др. также усмотрели более высокий уровень геномной организации, особенно в отношениии кластеров специфических белок-кодирующих генов в общих ядерных структурах.
Авт. установили, что разные гены и транскрипты м. ассоциировать с одним и тем же доменом SC-35 — домены, которые обогащены метаболическими факторами для мРНК — в то же самое время даже если они удалены др. от др. и расположнеы в разных плечах одной и той же хромосомы. Эта находка противоречит идее, что метаболические факторы накапливаются на транскриптах индивидуальных высоко активных генов.
Lawrence и др. показали, что богатые генами рано-реплицирующиеся R диски ассоциируют с SC-35 доменами более часто, чем бедные генами G диски и что ассоциация между R и SC-35 доменами более интимная.
Тесное и прямомое сцепление некоторых генов с SC-35 доменами, как полагают авт., зависимт от присутствия высоко экспрессирующихся и сплайсируемых генов. Они полагают, что богатые генами R диски образуют больше контактов с SC-35 доменами, т. к. они имеют больше домен-ассоциирующих последовательностей. Эта работа прдставляет "fundamental and new concept relating nuclear and chromosomal organization" , в которой SC-35 домены действуют "...as functional centers for a multitude of clustered genes, forming local euchromatic 'neighbourhoods'."

An integrated map of genetic variation from 1,092 human genomes
The 1000 Genomes Project Consortium
Nature 491 (7422), 56–65 (01 November 2012) doi:10.1038/nature11632

Оригинал
Рисунки к статье

Путем характеристики географического и функционального спектра генетической изменчивости у человека 1000 Genomes Project имеет целью создание рессурса, который бы помог понять генетический вклад в болезни. Здесь мы описываем геномы 1,092 индивидов из 14 популяций, сконструированные с использованием комбинации низкого покрытия всего генома и секвенирования экзома. Путем разработки методов интеграции информации с помощью нескольких алгоритмов и разнообразных источников данных, мы представили рассмотренные карты гаплотипов из 38 миллионов полиморфизмов одиночных нуклеотидов, 1.4 миллионакоротких инсерций и делеций и более чем 14,000 крупных делеций. Мы показали, что индивиды из разных популяций несут разные профили редких и широко распространенных вариантов и что низкочастотные варианты обнаруживают значительную географическую дифференцировку, которая в дальнейшем усиливается под действием очищающего отбора. Мы показали, что эволюционная консервация и кодирующие последовательности являются ключевыми детерминантами силы очищающего отбора, что груз редких вариантов варьирует существенно среди биологических путей и что каждый индивид содержит сотни редких некодирующих вариантов в законсервированных сайтах, таких как мотив-разрушающие изменения в сайтах связывания транскрипционных факторов. Этот рессурс, который захватывает 98% доступных полиморфизмов одиночных нуклеотидов с частотой 1% в родственных популяциях, делает возможным анализ широко распространенных и редких вариантов у индивидов из разных, включая популяции с примесями.
Сайт создан в системе uCoz