Посещений:
Вторичные минорного класса Сплайсесомы

Интроны минорного класса

SPLICING DOUBLE: INSIGHTS FROM THE SECOND SPLICEOSOME
Abhijit A. Patel, Joan A. Steitz
Nature Reviews Molecular Cell Biology 4, No 12, 960 -970 (2003); doi:10.1038/nrm1259




Рис.1.  | Pre-mRNA splicing occurs by two sequential trans-esterification reactions.


Рис.2.  | Pathways of assembly and catalysis of the major-class and minor-class spliceosomes.


Рис.3.  | Consensus sequences of major-class and minor-class introns.


Рис.4.  | Sequences and predicted secondary structures of the human spliceosomal snRNAs.


Рис.5.  | The phylogenetic distribution of minor-class introns.


Рис.6.  | Comparison of U2–U6 and U12–U6atac interactions at the catalytic core of the two spliceosomes.


Box 1  | Patterns of alternative splicing

Links

DATABASES
FlyBase: prospero
LocusLink: Huntingtin | p14 | SF3b | U2AF
Swiss-Prot: Prp8

Almost 20 years after the discovery of introns and RNA splicing, a second spliceosome was uncovered. Although this new spliceosome is structurally and functionally analogous to the well-characterized major-class splicing apparatus, it mediates the excision of a minor class of evolutionarily conserved introns that have non-canonical consensus sequences. This unanticipated diversity in the splicing machinery is refining both the mechanistic understanding and evolutionary models of RNA splicing

  • Геномы большинства многоклеточных организмов содержат новые классы интронов, которые не имеют канонических консенсусных последовтельностей. Эти минорного класса интроны появляются чрезвычайно редко и не ограничиваются генами определенного функционального класса.
  • Минорного класса интроны подвергаются сплайсингу с помощью иной low-abundance кухни (machinery) сплайсинга, которая включает 4 small nuclear ribonucleoprotein particles (snRNPs; U11, U12, U4atac и U6atac), которые являются функциональными аналогами хорошо охарактеризованных U1, U2, U4 и U6 snRNPs мажорного класса. U5 snRNP одиакова в обеих spliceosomes.
  • Обе сплайсесомы имеют заметное механическое сходство, это позволяет понять внутреннюю работу сплайсесом. Хотя последовательности major- и minor-класса малых ядерных РНК существенно дивергировали, они обнаруживают высокую аналогию по вторичной структуре, по snRNP–snRNP взаимодействиям и snRNP–pre-мРНК взаимодействиям. Некоторые из наиболее законсервированных свойств двух типов сплайсесом, как полагают, участуют в катализе реакции сплайсинга.
  • Хотя интроны минорного класса редки в геноме любого данного вида, они обнаруживаются у большинства metazoan taxa, включая поозвоночных, насекомых и cnidarians (jellyfish) и растения. Филогенетический анализ интронов U12-типа показал, что они м.б. законсервированы в гомологичных позициях гомологичных генов у видов, которые дивергировали биллион лет тому назад. Наиболее неожиданнм явилось наблюдение интронов минорного класса в негомологичных позициях у генов-паралогов.
  • Сплайсесомные факторы, которые связываются с соседними минорного класса интронами, как полагают, формируют мостообразные (bridging) взаимодействия через экзоны, определяя экзоны как единицы распознавания и предупреждает нежелательный пропуск экзонов или интронов. Доказательства подтверждают, что сходные exon-spanning взаимодействия происходят также между сплайсесомами, которые собираются на соседрних минорного- и мажорного-класса интронах. . Также несовместимость minor- and major-class доноров и акцептров сплайс-сайтов создает уникальные паттерны альтернативного сплайсинга.
  • Филогенетический анализ интронов минорного класса привел к заключению, что они м. появляться чаще в ранней эволюционной истории и затем или терялись или замещались интронами мажорного класса. Сохранившиеся, по-видимому, выполняют функциональную роль, необходимую клеткам.


    • Сайт создан в системе uCoz