Посещений:
РНК

Укладка и Сборка

STRATEGIES FOR RNA FOLDING AND ASSEMBLY
Renee Schroeder, Andrea Barta, Katharina Semrad
Nature Reviews Molecular Cell Biology 5, No 11, 908 -919 (2004); doi:10.1038/nrm1497




Рис.1.  |  One sequence, two ribozymes.


Рис.2.  |  Folding of a small RNA with a three-way junction.


Рис.3.  | Group-I intron RNA folding might involve several pathways.


Рис.4.  | Protein-facilitated RNA folding.


Рис.5.  |  Proteins with a predicted influence on the spliceosomal RNA structure.


Box 1  |  RNA secondary structures


Box 2  |  Assays for RNA-chaperone activity




Box 3  |  Spliceosome assembly and catalysis



Links

DATABASES
Entrez: CspA | CspE | DbpA | DnaK | FinO | Hfq | H-NS | ryhB | S12 | SrmB | StpA
Interpro: CSD | KH | RRM
Saccharomyces genome database: CBP2 | Prp28
Swiss-Prot: FMRP | hnRNP A1 | I-AniI | SF2/ASF | U1 snRNP | U1C snRNP | U2AF65

FURTHER INFORMATION
Ribosomal modifications database | RNA structure database | Tetrahymena genome project
РНК структурно очень изменчива, это создаёт основу для ее функционального разнообразия. Молекула РНК часто принимает разные конформации, это делает возможной регуляцию её функции благодаря укладке (folding). Белки помогают РНК достигать своих функционально активных конформаций за счёт увеличения их структурной стабильности или за счёт chaperoning процесса укладки. Большие, динамичные РНК-белковые комплексы, такие как рибосомы или spliceosome, нуждаются в многочисленных белках, которые координируют конформационные переключения РНК компонентов во время сборки и во время их соотв. активностей.

  • Структура РНК представлена вторичными и четвертичными мотивами, которые складываются в результате иерархической последовательности событий. Трудность в том, что молекулы РНК имеют определенную одиночную нативную структуру, известную как 'the RNA-folding problem'.
  • In vitro некоторые РНК способны к само-укладке в точно выверенных условиях солей и температуры. In vivo, белки с широким разнообразием активностей помогают РНК складываться и собираться в ribonucleoprotein (RNP) частицы.
  • Некоторые белки распознают специфические последовательности или структуры и путём их связывания они стабилизируют эти структуры. RNA helicases, которые специфически рекрутируются на свои мишени РНК, расправляют от складок РНК структуры с помощью гидролиза АТФ.
  • Всё увеличивающееся количество белков участвует в RNA-chaperone активности, обозначаемой как активность по дестабилизации структуры, которая не специфически устраняет (resolves) неправильно уложенные конформации без привлечения АТФ. Влияние, которое белки с RNA-chaperone активностью, оказывают на состояние общей укладки молекул РНК внутри клеток, остаётся неизвестным.
  • Рибосомы являются высоко динамичными RNP комплексами. Сборка трёх крупных РНК и более 50 белков нуждается в точно скоординированной последовательности событий. Взаимодействие между рибосомальными белками и РНК всё ещё неясно; однако, большое количество рибосомальных белков обладает RNA-chaperone активностью - устраняющей складки активностью, которая создаёт преимущества не только во время сборки, но и также во время трансляции, чтобы удерживать РНК от неправильной укладки.
  • Сплайсесомы состоят из 5 small nuclear RNP particles (snRNPs) и множества др. белков, которые собираются заново на каждом интроне. В ходе эксцизии интрона и соединения экзонов формируется множество взаимодействий между snRNAs и pre-mRNA, затем происходит перестройка, позволяющая прохождению реакций. Эти динамические РНК взаимодействия нуждаются в помощи белков. В обзоре обсуждаются белки сплайсесом, которые обладают потенциалом ассистировать укладке РНК и изменению укладки внутри этого большого RNP комплекса.
    • Сайт создан в системе uCoz