|
| |
| Osborne, C. S. et al. Active genes dynamically colocalize to shared sites of ongoing transcription. Nature Genetics 36, 1065–1071 (2004). | | | | | |
Рис.1. | Single optical section through a mouse erythroid cell showing the colocalization of an actively expressed β-globin allele (green), an actively expressed Eraf allele (red) and an RNAP-II transcription factory (blue). Image kindly provided by Peter Fraser,The Babraham Institute, Cambridge, UK.
For most of us, a productive day's work involves a journey to the office and now, according to a recent study, it seems as if our genes face a similar commute. Reporting in Nature Genetics, Peter Fraser and colleagues show that, when actively expressed, spatially distant genes travel to sites in the nucleus that are enriched in the factors required for their transcription.
Авт. исследовали субъядерную локализацию (гена β-globin мыши) , а также панель генов, которая включала эритроид-специфический ген и несколько др. активных локусов. Все эти гены были локализованы на хромосоме 7 мыши и были отделены от β-globin ~ 25-40Mb.
Впервые Osborne et al. использовали двойное мечение, трёхмерную флюоресценцию РНК in situ hybridization (3D-RNA FISH) чтобы сравнить позиции транскрибируемого локуса β-globin с каждым из генов на дистальном конце хромосомы 7 в ядре эритроидных клеток. Несмотря на значительное расстояние между их хромосомными локализациями активно транскрибируемый ген β-globin ко-локализовался с др. активными генами с высокой частотой. Авт. затем использовали RNA immuno-FISH, взяв интрон-специфические зонды, комбинированные с антителами, которые были получены против RNA polymerase II (RNAP II). Эти исследования подтвердили, что большинство из активно транскрибируемых генов было ассоциировано с ядерными фокусами, обогащенными RNAP II - т.наз. 'RNAP-II transcription factories' - и что два транскрибируемых гена часто скапливаются в одной и той же фактории.
Биохимический анализ с помощью chromosome conformation capture (3C) показал, что β-globin взаимодействует с локусом Eraf в эритроидных клетках, но не в клетках головного мозга (где оба эти гена являются молчащими), подтверждая тем самым. что эта ассоциация зависит от транскрипции.
RNAP-II транскрипционные фактории были также описаны в клетках HeLa, но пока неизвестно, накапливаются ли эти ядерные домены в индивидуальных локусах или они являются общими для многих генов, чтобы облегчать транскрипцию. Авт. полагают, что транскрипционные сигналы вряд ли б. совпадать, если каждый ген собирает свою собственную транскрипционную факторию. Кроме того они наблюдали лишь около 100-300 RNAP-II фокусов на ядро эритроидных клеток мыши - значительно меньшее, чем подсчитанное число экспрессируемых генов. Это исследование указывает на то, что некоторые гены перемещаются в одну и ту же RNAP-II факторию, чтобы использовать одни и те же ограниченные молекулы polymerase. Гены быстро включаются и выключаются и , поэтому было бы интересно идентифицировать транспортные системы, которые используются этими важными ядерными компьютерами.
Сайт создан в системе uCoz