Посещений:
Меняющие Гены Стратегии

SYSTEMATIC GENOME-WIDE SCREENS OF GENE FUNCTION
Anne E. Carpenter, David M. Sabatini
Nature Reviews Genetics 5, 11 -22 (2004); doi:10.1038/nrg1248




Рис.1.  | Steps involved in the design and implementation of a systematic genome-wide functional screen.


Рис.2.  | High-throughput formats for screening.


Рис.3.  | Examples of scorable phenotypes from various screens.


Box 1.  |  Advances in automated imaging

Табл.1 Publicly available genome-wide collections of mutated strains and gene-perturbing reagents

Табл.1 Automated imaging companies and products

Links

DATABASES
ColiBase: LacZ

Model organism databases
A. thaliana (TAIR) | C. elegans (WormBase) | D. melanogaster (FlyBase) | H. sapiens (Human genome resources) | M. musculus (Mouse genome informatics) | M. musculus (Mouse genome server) | S. cerevisiae (Saccharomyces genome database)
FURTHER INFORMATION
Open Microscopy Environment | Anne Carpenter's web site | David Sabatini's laboratory
By using genome information to create tools for perturbing gene function, it is now possible to undertake systematic genome-wide functional screens that examine the contribution of every gene to a biological process. The directed nature of these experiments contrasts with traditional methods, in which random mutations are induced and the resulting mutants are screened for various phenotypes. The first genome-wide functional screens in Caenorhabditis elegans and Drosophila melanogaster have recently been published, and screens in human cells will soon follow. These high-throughput techniques promise the rapid annotation of genomes with high-quality information about the biological function of each gene.

  • Высоко производительный скрининг, при котором каждый ген организма систематически perturbed, стал рутинным у дрожжей и становится исполнимым у др. организмов.
  • Перед осуществлением скрининга всего генома список генных последовательностей, которые д.б. исследованы, д.б. полным и д.б. сконструирован набор gene-perturbing реагентов и окрасок.
  • Gene-perturbing стратегии включают: гомологичную рекомбинацию и случайный инсерционный мутагенез, чтобы делетировать или мутировать гены на уровне дНК, и RNA interference, чтобы редуцировать гены на уровне мРНК.
  • Любой наблюдаемый фенотип м.б. скринирован с использованием коллекций для всего генома реагентов или организмов, субъектов практических ограничений.
  • Примерами фенотипов, которые были скринированы подобным образом, м. служить рост и пролиферация клеток, классические морфологические дефекты и активность репортёрных генов.
  • Используя автоматизированную микроскопию и/илиавтоматизированный анализ изображений, м.б. скринированы и визуальные фенотипы высоко-производительным способом.
  • Фенотипические скрининги всего генома генерируют бльшие, выского качества наборы данных, которые м.б. использованы непосредственно для идентификациии генов, которые вовлечены в определенный процесс.
  • Эти наборы данных для целых геномов м.б. также интегрированы с имеющимися наборами данных для всего генома, такими как транскрипционные профили и аннотированные базы данных, чтобы обеспечить дальнейшее широкое проникновение в суть.
  • Будущие скрининги позволят исследовать более сложные фенотипы во вс1 увеличивающихся физиологических контекстах.
    • Сайт создан в системе uCoz