Благодраря картированию 7,048 белков и 20,405 взаимодействий, Jonathan Rothberg и др. создали высоко-надёжную карту Drosophila melanogaster interactome из 4,679 белков и 4,780 взаимодействий — эти они разработали компьютерный метод (статистическую модель, которая включает экспериментальные данные), чтобы оценить надёжность взаимодействий. Авт. нашли, что interactome карта не только воссаздаёт уже известные пути, но и что она расширяет их и идентифицирует новые компоненты пути. Они также нашли, что межбелковые взаимодействия организованы ина локальном и глобальном уровне — эта организация, как полагают, представлет собоя формирование мультипротеиновых комплексов и соединенйи между комплексами, соотв.

Для Caenorhabditis elegans, Marc Vidal и др. идентифицировли 4,027 взаимодействий, которые они оценили, используя вторичные независимые методы белковых взаимодействий. Затем они скомбинировли эти взаимодействия с ранее идентифицировнными взаимодействиями (выявленных для специфических процессов, таких как развитие вульвы и формирование зародышевой линии) и с теми, ранее предсказанными in silico поиске взаимодействиями, которые как известно, известны для ортологов у др. видов. В результате Worm Interactome version 5 (WI5), содержт теперь 5,534 взаимодействий и соединяет 15% протеома C. elegans. Интересно, что древние (ancient), мультиклеточные и червь-специфические белки взаимодействуют др. с др. одинаково хорошо, эти авт. добавили также весомости теории, согласно которой эволюция создаёт новые структуры путём модификации уже существующих.

Доступность этих двух interactome карт является хорошей новостью, т.к. они не только обосновывают "...functional hypotheses for thousands of uncharacterized proteins...", но и являются также "...a starting point for the systems biology modeling of multicellular organisms, including humans". И в попытке сделать эти interactomes доступными общественности источниками, Rothberg, Vidal и др. вложили взаимодействия в различные базы данных, включая FlyBase, GRID (general repository of interaction datasets), BIND (biomolecular interaction network database) и DIP (database of interacting proteins).