В отличие от транскрипции, где регуляция инициируется более часто с помощью белков высокого сродства, сиквенс-специфически связывающихся с ДНК, регуляция сплайсинга часто осуществляется с помощью кооперативных взаимодействий между факторами, такими как serine-arginine rich (SR) белки и heterogeneous nuclear ribonucleoproteins (hnRNPs), которые обладают бтолее низким сродством и специфичностью последовательностей.

HnRNP A1 репрессирует включение варианта exon-5 (v5) в пре-мРНК CD44 большинства тканей человека. В Т клетках, которые активируются с помощью предачи сигналов Ras, SAM68, который фосфорилируется с помощью extracellular signal-regulated kinase (ERK), взаимодействует с v5 РНК таким образом, что interferes с репрессирующей активностью hnRNP A1 и усиливает включение v5 в финальную CD44 мРНК.

Fas-обеспечиваемая передача сигналов регулирует альтернативный сплайсинг транскриптов, которые кодируют апоптические регуляторы. Альтерации в статусе фосфорилирования SR белков, возможно приводят к изменениям альтернативного сплайсинга BCL-X пре-мРНК. Кроме того, Fas-обеспечиваемое фосфорилирование TIA1 м. модулировать альтернативный сплайсинг Fas пре-мРНК, тем самым создаётся позитивная авторегуляторная петля для усиления передачи сигналов Fas.

SRp38 функционирует как репрессор сплайсинга, если он активируется с помощью дефосфорилирования во время M фазы клеточного цикла и в ответ на тепловой шок. Ингибирование сплайсинга осуществляется, по-видимому. с помощью взаимодействия между дефосфорилированным SRp38, U1 small nuclear ribonucleoprotein particles (U1 snRNPs), и возможно с др. snRNPs.

Ania-6-cyclin-dependent-kinase^p100 (CDK11^p100) обеспечивает связь между передачей сигналов dopamine и купированным с транскрипцией сплайсингом с помощью фосфорилирования SR белков и с С-терминальным доменом самой большой субъединицы RNA polymerase II (RNAPII CTD).

После деполяризации GH3 клеток гипофиза, включение stress-axis-regulated (STREX) экзона SLO пре-мРНК репрессируется с помощью CaRRE (Ca²⁺/calmodulin-dependent protein kinase (CaMK)IV-responsive RNA element)- специфически связывающего неидентифицированный белок, который фосфорилируется с помощью CaMKIV.

Links