Посещений:
Примордиальные Зародышевые Клетки

Роль Эпигенетических Воздействий

Germ Line and Pluripotent Stem Cells
Surani M.A., Reik W.
Epigenetics Cold Spring Harbor (N.Y.) 2007. - гл. 20, P. 377-395

GENERAL SUMMARY

An egg or oocyte is a most remarkable cell because it Is the only cell in the body that is potentially capable of developing into a whole organism. William Harvey was the first to recognize this in 1651 wherthe remarked "Ex Ovop Omni" or "everything comes from an egg." He recognized that an egg probably develops progressively into an organism, and this insight was Important for the concept of epigenesls or progressive development. This eventually led to the demise of the preformationist view of development a theory proposing that individuals develop from the enlargement of tiny fully formed organisms (the so-called homunculus) contained m the germ cells. Conrad Waddington later depicted this concept in his famous illustration, as an "epigenetic landscape" a symbolic representation of sequential development from an egg. Development of an entire organism from an egg is possible in some organisms without any contribution from a male, which is called parthenogenesis, but this cannot occur in mammals due to the phenomenon of genomic imprinting, where fertilization of an egg by sperm is obligatory for development to adulthood.
In most organisms, development commences following fusion between sperm and eggs to generate a zygote, which gives rise not only to a new individual but, theoretically at least, to an endless series of generations. In this way, germ cells provide the enduring link between all generations. The newly fertilized egg or zygote is therefore unique, because no other cell has the potential to develop into an entirely new organism. This property is referred to as totipotency. As transmitters of both genetic and epigenetic information to subsequent generations, germ cells are unique, and they exhibit many exceptional properties that are required to fulfil this potential. The oocyte also has the striking property of conferring totipotency on cell nuclei from somatic celts such as nerve cells when it is transplanted into the egg, a process referred to as cloning or nuclear reprogramming.
During development from a zygote onward, there is a progressive decline in totipotency of the newly dividing cells. In mammals, only the products of very early cell divisions retain totipotency where each of the cells is, in principle, separately capable of generating a new organism. Early development of the mammalian embryo gives rise to a blastocyst (left title image), a structure with an outer group of trophectoderm cells destined to form the placenta, and an inner group of cells that will give rise to the entire fetus and eventually a new organism. These Inner cells will therefore differentiate into all the known 200 or so specialized somatic cells found in adults, and they are therefore referred to as pluripotent Under certain culture conditions, these pluripotent cells can be "rescued" from early embryos and made to grow indefinitely in vitro while still retaining the ability to differentiate into any specific cell type found in embryos and adults, including sperm and eggs themselves. Such cells have been derived from human and mouse embryos and are called pluripotent embryonic stem cells or ЈS cells. The capacity to generate pluripotent stem cells is lost quite rapidly when the embryo implants and commences the program of embryonic development.
Among the earliest cell types to emerge during embryonic development are the precursors of sperm and eggs called the primordial germ cells (PGCs) highlighted as the green cells in the right-hand title image. This developmental event ensures that the cells that will eventually give rise to subsequent generations of the developing embryo are established first. Primordial germ cells are highly specialized cells that will eventually develop into mature sperm or eggs in the adult organism, thus repeating the cycle, while the rest of the body cells will eventually perish. PGCs are therefore very special cells. They can also be used to derive pluripotent stem cells called embryonic germ cells or EG cells.
Stem cells are also present in adults. For example, adult stmt cells generate billions of different blood cells that arise from blood stem cells in the bone marrow. Similarly, our skin cells or the cells in the gut are continually replaced through differentiation of appropriate stem cells. These adult stem cells normally only have the potential to generate cells of specific tissues and not the diverse cell types that tan be made from pluripotent stem cells. One of the key objectives is to understand the similarities and differences between the pluripotent ES and adult stem cells, including the underlying epigenetic mechanisms that regulate their properties. Understanding the unique epigenetic properties of germ cells and pluripotent stem cells will eventually enable us to develop new concepts for therapies/ particularly in regenerative medicine.

Genetic and Epigenetic Regulators of Pluripotency

M.A.Surani (as1002@mole.bio.cam.ac.uk), K.Hayashi, P.Hajkova

Cell. - 2007.- V. 128, No. 4. - P. 747-762.


Генетические и эпигенетические механизмы регулируют переход от тотипотентных зигот к плюрипотентным примитивным эктодермальным клеткам во внетренней клеточной массе бластоцистов. Эти плюрипотентные клетки могут размножаться бесконечно in vitro, подерживаемые с помощью уникального эпигенетического состояния. После имплантации бластоциста разнообразные эпигенетические модификаторы контролируют дифференцировку плюрипотентных клеток эпибласта в соматические клетки см Рис.1. и Рис.1(продолжение) , тогда как спецификация зародышевых клеток нуждается в репрессии соматической программы. Восстановление тотипотентности во время развития зародышевых клеток связано с ре-экспрессией генов, специфичных для плюрипотентности, и со стиранием эпигенетических модификаций.

Seki, Y. et al.
Cellular dynamics associated with the genome-wide epigenetic reprogramming in migrating primordial germ cells in mice.
Development 134, 2627–2638 (2007)


В отличие от червей и мух млекопитающие закладывают свои зародышевые клетки в отдалении довольно поздно во время эмбрионального развития. Будучи избранными среди своих соматических соседей, зародышевые клетки д. ре-программировать свой геном и переместиться в ту часть эмбриона, где будут сформированы будущие гонады. Впервые описывается динамика такого перепрограммирования и связанные с этим клеточные события во время их путешествия.
Чтобы отслеживать эпигенетические изменения, транскрипционную активность и стадии клеточного цикла во время миграции примордиальных зародышевых клеток (primordial germ cell (PGC)), авт. использовали главным образом иммуногистохимию у мышей, у которых эти клетки были генетически маркированы EGFP. Используя антитела против специфических гистоновых модификаций, Seki et al. показали, что с началом миграции приблизительно на ст. E7.5, уровни ди- и монометилированных гистонов H3 по lysine 9 (H3K9me2 и H3K9me1, соотв.) - репрессивных меток - начинают снижаться и это продолжается вплоть до E8.75. Но триметилированный гистон H3 lysine 27 (H2K27me3) - др. репрессивная метка - по-видимому, увеличивается только со ст. E8.25 и возрастает с течением времени.
Принимая во внимание это устранение H3K9me2 и H3K9me1, Seki et al. наблюдали за фосфорилированной формой РНК полимеразы II, которая связана с активной транскрипцией. Против ожидания они установили. что её уровни в PGCs были низкими на ст. E8.75, это указывает на то, что транскрипция блокирована в этих клетках. Используя др. антитела для детекции РНК полимеразы II формы, которая ассоциирована с переходом от инициации транскрипции к очистке промотора, авт. показали, что она присутствует на этой стадии, когда блокирована транскрипция в PGCs. На основании этих и др. результатов авт. предположили, что во время миграции PGCs оказываются арестованными в G2 фазе клеточного цикла, их уровни H3K9me2 снижаются и транскрипция блокируется (хроматин-независимым способом); затем увеличиваются уровни H3K27me3 и транскрипция возобновляется приблизительно тогда, когда PGCs освобождаются от ареста в G2 .
Углубившись в вышестоящие механизмы, Seki et al. показали, что в отличие от мух и червей, nanos не является необходимым для эпигенетического ре-программирования и супрессии транскрипции в PGCs. Jumonji C (JmjC)-домен-содержащие гистоновые деметилазы экспрессируются в PGCs и в их соматических соседях также, что привело авт. к выводу, что PGCs могут обладать дополнительными механизмами для управления потери H3K9me2/me1 по всему геному. Т.к. GLP (известная также как EHMT1) - histone methyltransferase - и её партнер G9a (известная также как EHMT2) подавляются приблизительно на ст. E7.5 и E9.0, соотв. в PGCs, авт. полагают, что они ответственны за потерю H3K9me2/me1 в этих клетках.
Необходимы дальнейшие исследования, чтобы связать эти ранние события с последующими, которые происходят в генитальном гребне - месте расположения будущих гонад.

Chambers, I. et al.
Nanog safeguards pluripotency and mediates germline development.

Nature 20/27 December 2007 (doi: 10.1038/nature06403)
Article

Специальные способности плюрипотентных клеток зависят от экспрессии немногих ключевых регуляторов, которые управляют уникальной транскрипционной программой. Транскрипционный фактор Nanog существенен не столько для самообновления стволовых клеток, сколько для защиты плюрипотентных клеток от преждевременной дифференцировки. Он играет также центральную роль в продукции зародышевых клеток.
Chambers с коллегами задались вопросом, сохранится ли плюрипотентность в отсутствие Nanog. Они получили линии мышиных эмбриональных стволовых клеток, которые были изменены, чтобы экспрессировать GFP с эндогенного гена Nanog и нашли, что прилибзительно 20% таких клеток с экспрессией GFP отсутствует, хотя маркеры недифференцированного состояния сохраняются. Удивительно, но GFP-негативные клетки делились и давали колонии, содержащие GFP-позитивные клетки, указывая тем самым, что потеря экспрессии Nanog обратима. Однако, GFP-негативные клетки продуцировали также большие количества дифференцированных клеток, чем их GFP-позитивные аналоги. Следовательно, клетки, которые транскрибируют мало или не транскрипбируют Nanog, не обязательно дифференцируются, но к этому более склонны.
Авт. подтвердили свои находки на клетках, которые полностью лишены Nanog благодаря делеции этого гена. Способность формировать колонии, содержащие недифференцированные клетки сохраняется в отсутствие Nanog, хотя со значительно большим количеством дифференцирующихся клеток.
Используя систему, в которой делеция Nanog связана с одновременной экспрессией GFP, Chambers с коллегами получили химерные агрегаты из Nanog-/- клеток и эмбрионов дикого типа на ранних стадиях развития. Анализ экспрессии GFP показал, что Nanog-/- клетки присутствуют по всему эмбриону на ст. E12.5, внося вклад в ряд клеточных типов. Более того, вклады этих клеток могут быть обнаружены и после рождения. Итак, Nanog не является обязательным для клеток, чтобы вносить вклад в эмбриональное развитие или в плюрипотентность.
Др. важной находкой стала функция Nanog в развитии зародышевых клеток. Nanog экспрессируется примордиальных зародышевых клетках(PGCs) на стадии, когда происхтодят драматические эпигенетические изменения. Авт. установили, что Nanog-/- клетки неспособны поддерживать развитие зародышевых клеток после ст. E11.5, это указывает на то, что Nanog необходим для развития PGC после этой стадии. Репарирование одного из аллелей Nanog с помощью гомологичной рекомбинации восстанавливало развитие PGC.
Авт. сравнивают функцию Nanog в плюрипотентных клетках в реостатом скорее, чем с механизмом переключения: наивысший уровень экспрессии Nanog наимеее вероятен в клетках, которые дифференцируются. Время потребности Nanog в PGCs и его экспрессия в ранних эмбрионах — обе коорелируют с широко распространенными альтерациями эпигенетических меток — это привело авт. к предположению, что Nanog играет фундаментальную роль в создании клеточных состояний в то время, когда эпигенетическая регуляция экспрессии генов находится в состоянии прилива.

FURTHER READING

Spivakov, M. & Fisher, A. G.
Epigenetic signatures of stem-cell identity.
Nature Rev. Genet. 8, 263–271 (2007)
Article

Sasaki, H. & Matsui, Y.
Epigenetic events in mammalian germ cell development: reprogramming and beyond.
Nature Rev. Genet. 9, 128–140 (2008)



ROBERT FEIL
Epigenetic asymmetry in the zygote and mammalian development
Int. J. Dev. Biol. 53: 191-201 (2009) doi: 10.1387/ijdb.082654rf

У млекопитающих материнский и отцовский геномы функционально не эквивалентны и оба необходимы для эмбрионального и постнатального развития. Геном организован по-разному в ооците по сравнению со спермием, у которых ДНК плотно упакована с помощью протаминов, а не гистонов. Потребность в обоих родительских геномах для нормального развития является следствием дифференциальных эпигенетических меток в оогенезе и сперматогенезе, регуляторных элементов, которые контролируют геномный импринтинг. Эти метки метилирования ДНК, производные зародышевых линий, резистентные к глобальным волнам деметилирования, происходящими после оплодотворения, и лежат в основе родительской аллель-специфичной экспрессии импринтированных генов во время развития и после рождения. Пертурбации дифференциальной организации матерински и отцовски производных геномов перед оплодотворением или у ранних эмбрионов, ведут к возникновению аберрантного роста и нарушений развития у человека.




1 Introduction, Life of Mammals: A Genetic and Epigenetic Continuum


Генетическая информация, кодируемая геномом индивидов закладывается при оплодотворении и не меняется в ходе развития за исключением мутаций и некоторых направленных последовательных изменений, происходящих, напр., в иммунной системе. Яйцо или ооцит - вклад самок в оплодотворенную зиготу - вносит три типа наследственной информации в развивающийся эмбрион (Fig. la). Он вносит половину генетической информации, комплементарную гаплоидному геному самца, вносимую спермием. Но также как у хозяина развивающегося эмбриона, определенные ранние онтогенетические события управляется с помощью материнского наследования, посредством внесения материнских РНК и белков. Наконец, имеется эпигенетическая информация, содержащаяся в ооците, которая влияет на онтогенетическую регуляцию генома.
Эпигенетическая информация кодируется с помощью метилирования ДНК, модификаций ги стонов, гистоновых вариантов и негистоновых хроматиновых белков, и она подвергается существенным изменениям во время развития и дифференцировки. Ключевым признаком этих эпигенетических меток является то, что они могут быть наследуемыми от одного клеточного поколения к др. и они могут регулировать экспрессию генов. Эпигенетическая информация, как полагают, имеет критическое значение для детерминации и поддержания определенных и стабильных программ генной экспрессии, которые лежат в основе предопределения судеб клеток во время развития. У тотипотентных и плюрипотентных клеток установлено, что эпигенетические метки являются менее стабильными и более пластичными, но по ходу развития потентность клеток всё более и более ограничивается, эпигенетические метки становятся всё более ригидными и рестриктивными. Тотипотентные и плюрипотентные клетки, такие как зародышевые клетки или эмбриональные стволовые клетки (Fig. lb), также приобретают уникальные свойства способности к репрограммированию генома и стиранию существующих эпигенетических меток и эта способность может лежать в основе их онтогенетической пластичности.
Взаимозависимость онтогенетических решений и эпигенетической регуляции генов закладывает континуум генетических и эпигенетических событий, напр., посредством передачи сигналов между клетками, приводя к специфическим программам генной экспрессии, которые могут быть фиксированы эпигенетически. Онтогенетические события, кроме того, могут вызывать новые эпигенетические события (напр., метилирование или деметилирование импринтированных генов в зародышевых клетках). Установка или стирание эпигенетических меток, в свою очередь, детерминирует новые программы генной экспрессии и, следовательно, влияют на пути индивидуальных клеток в ответ на онтогенетические сигналы. Возникающий в результате онтогенетический и эпигенетический континуум особенно впечатляет, когда он включает зародышевую линию, т.к. она распространяется на следующее поколение и возможно за его пределы в будущее.
Следовательно, жизнь действительно начинается с оплодотворения? Верно, что генетически новый индивид может быть идентифицирован с момента оплодотворения. Это момент, когда гаплоидный набор хромосом матери соединяется с гаплоидным набором хромосом отца и формируется диплоидный потомок. Но эпигенетическая информация, которая д. передаваться потомкам, также присутствует в гаметах.

 | Figure 1. The Mammalian Oocyte and Zygote (a) The mammalian oocyte contains maternal RNAs and maternal proteins (maternal inheritance), which can determine early developmental events, genetic information (maternal chromosomes), and epigenetic information (DNA methylation and chromatin marks), (b) The zygote gives rise to the blastocyst with its inner cell mass cells, which give rise to ES cells (in culture), all somatic cells, and primordial germ cells (PGC), which can give rise to EG cells in culture.

Напр., импринтированные гены несут метки метилирования ДНК, которые отличаются в зародышевых клетках самцов и самок (see Chapter 19). Эти эпигенетические метки вносятся в геномы зародышевых клеток во время плодного и раннего постнатального развития родителей.
Эта программа эпигенетических модификаций зависит от генетической детерминации, аллокации и развития зародышевых клеток у ранних постимплантационных эмбрионов. Самые ранние предшественники зародышевых клеток возникают из небольшой группы клеток, формируемых у ранних постимплантационных эмбрионов в результате получения сигнальных молекул, которые исходят из др. части оплодотворенного яйца, внеэмбрионального клона, который включает плаценту. Развитие зародышевых клеток, их последующее перемещение, генетически регулируются, затрагивая и детерминируя из эпигенетическую программу, так что генные продукты, которые необходимы в соматических клетках, репрессированы в зародышевых клетках. С др. стороны, др. специальные генетически управляемые функции, необходимы в зародышевых клетках, таких как, напр., эпигенетическое репрограммирование, установление импринтинга, рекомбинация хромосом во время мейоза и редукционные деления, чтобы сформировать гаплоидные гаметы.
Прежде чем начнется развитие зародышевых клеток происходят самые ранние клональные решения у эмбриона. Плюрипотентные клетки эпибласта у ранних постимплантационных эмбрионов являются источником всех соматических тканей, а также примордиальных зародышевых клеток. Дифференцировка соматических тканей в три первичные клона (эктодерму, мезодерму и энтодерму) начинаются в ответ на сигналы от внеэмбриональных тканей. В то же самое время происходит спецификация примордиальных зародышевых клеток из специфического набора клеток, расположенных в проксимальной части эпибласта. Трофэктодерма (TE) из бластоциста возникает раньше всего, это является результатом первого события клонального выделения у эмбрионов млекопитающих, которое генерирует плаценту (see Fig. 2). ICM дает целый взрослый организм и плюрипотентные embryonic stem (ES) клетки, происходящие внутренней клеточной массы (ICM). Эта группа клеток возникает на ст. морулы у эмбрионов, прежде чем они имплантируются, ICM клетки и наружный слой trophectoderm (TE), закладываются в стороне, чтобы сформировать бластоцист, который имплантируется в матку. Эпигенетическая регуляция отличается существенно между внеэмбриональным клоном (TE) и эмбриональным клоном (ICM). Напр., общие уровни метилирования ДНК ниже во внеэмбриональных тканях, и поддержание импринтинга и инактивации импринтированных Х хромосом могут быть отличными. ICM и TE клетки, подобно примордиальным зародышевым клеткам (primordial germ cells (PGCs)), детерминируются с помощью генетических программ, с участием транскрипционных факторов и соотв. генов плюрипотентности. Как возникают впервые эти разные генетические программы у ранних эмбрионов и каков относительный вклад межклеточных взаимодействий, эпигенетических модификаций или цитоплазматических факторов яйца в их возникновение, неясно.
В дополнение к эпигенетической информации, которую переносят импринтированные гены от гамет к эмбриону, др. драматические эпигенетические события происходят примерно во время оплодотворения.

 | Figure 2. Epigenetic Reprogramming Cycle in Mammalian Development Immediately after fertilization in the zygote, the paternal pronucleus (PN) is packaged with histones that lack H3K9me2 and H3K27me3, whereas the maternal chromatin contains these marks. The paternal PN also rapidly loses 5-methylcytosine (5MeC) on a genome-wide scale, while the maternal does not. Passive loss of 5MeC occurs during preim-plantation development until the blastocyst stage, when the inner cell mass (ICM) cells begin to acquire high levels of 5MeC, H3K9me2, and H3K27me3. The placenta, which is largely derived from the trophectoderm (TE) of the blastocyst, remains relatively hypomethylated. Primordial germ cells (PGCs) undergo demethylation of 5MeC and H3K9me2 before and after entry into the gonads. De novo DNA methylation, Including parent-specific imprinting, takes place at later stages of germ-cell development.

Геном спермия быстро теряет метилирование ДНК в оплодотворенной зиготе и затем восстанавливаются модификации ДНК и гистонов в ходе последующих клеточных делений (Fig. 2). Материнский геном противодействует деметилированию зиготической ДНК, но всё же становится деметилированным более затяжным способом во время делений дробления раннего эмбриона. Следовательно, эти чем-то противоположные и отличающиеся эпигенетические программы ведут к общей потере гаметической эпигенетической информации, скорее всего это событие динамического репрограммирования взаимодействует с клеточными и генетическими процессами, которые детерминируют самые ранние процессы клеточного разделения на ICM и TE клоны, соотв. Таким образом, цикл эпигенетической жизни никогда не кончается и никогда не начинается, но постоянно взаимодействует с генетическими программами, которые детерминируют развитие ICM и TE, плюрипотентных стволовых клеток, зародышевых клеток и вообще др. клонов.

2 Genetic and Epigenetic Mechanisms Regulating Germ-Cell Specification (From the Early Embryo to Germ Cells)


2.1 Principles of Germ-line Development in Different Animal Croups


У животных спецификация зародышевых клеток является одним из самых ранних событий во время развития, которое сегрегирует зародышевые клетки от соматических клеток (Surani et al. 2004). Зародышевые клетки в конечном итоге генерируют состояние тотипотентности. Имеются два ключевых способа инициации клона зародышевых клеток, которые обозначают как preformation (это отличается от старого значения слова preformationism) и epigenesis (Extavour and Akam 2003). Первый связан с наследованием предварительно сформированных детерминантов зародышевых клеток с помощью специфических клеток, как это происходит у Caenorhabditis elegans и Drosophila melanogaster (Leatherman and Jongens 2003; Blackwell 2004). Напротив, способ epigenesis спецификации зародышевых клеток является процессом, в котором группа потенциально эквивалентных плюрипотентных клеток приобретают судьбу зародышевых клеток в ответ на индуктивные сигналы, в то время как оставшиеся клетки приобретают соматическую судьбу (Lawson and Hage 1994; McLaren 2003). Этот механизм спецификации зародышевых клеток оперирует у мышей и возможно у др. млекопитающих, таких как люди.

2.2 Early Germ-line Development in Mammals


Примордиальные зародышевые клетки у мышей впервые обнаруживаются на ст. E7.5 (ст. early bud, EB), в виде кластера приблизительно из 40 клеток, которые составляют популяцию основателей клона зародышевых клеток (Lawson and Hage 1994; McLaren 2003). Они позитивны по-видимому, щелочным фосфатазам и располагаются внутри внеэмбриональной мезодермы у основания аллантоиса (see below Fig. 4, right panel). Клональный анализ показал, что клетки проксимальной части эпибласта на ст. E6.0-E6.5 (prestreak [PS] и early streak [ES] стадии) превращаются в PGCs , а также в ткани внеэмбриональной мезодермы (Lawson and Hage 1994). PGCs формируются в ответ на сигнальные молекулы, которые продуцируются внеэмбриональной эктодермой и первичной энтодермой (Fig. 3). Bmp4 и Bmp8b находятся среди ключевых сигнальных молекул, которые обеспечивают компетентность и спецификацию зародышевых клеток (Lawson et al. 1999).
Для получения детальной информации о генетических программах спецификации PGC получали кДНК из одиночных клеток основателей PGCs и соседних с ними соматических клеток (Saitou et al. 2002). Были использованы разнообразные маркеры, позволяющие отличать PGCs от соматических клеток. Подобный скрининг первоначально идентифицировал fragilis, нового члена семейства interferon-индуцибельных трансмембранных белков, участвующих в агрегации клеток, и stella, ядерно-цтоплазматический белок. Дальнейшие исследования показали, что fragilis экспрессируется в клетках проксимальной части эпибласта E6.25 (Fig. 3), когда они приобретают компетентность давать как PGCs, так и клетки соседней внеэмбриональной мезодермы. Fragilis-позитивыне клетки перемещаются в заднюю проксимальную область во время гаструляции. Популяция основателей PGCs затем обнаруживается среди этой популяции клеток, когда они обнаруживают экспрессию stella. В то же самое время основатели PGCs обнаруживают экспрессию генов плюрипотентности, включая Sox2 и Oct4, подтверждая тем самым, что PGCs обладают лежащей в

 | Figure 3. Early Germ-Cell Determination in the Mouse . Pluripotent proximal epiblast cells (blue) which are derived from the ICM (see Figs. 1 and 2) receive an extracellular signal from BMP4 which confers germ-line competence (pink). Activation of Blimpl commits these cells to the primordial germ cell lineage (red), whereas other cells become somatic cells.

основе плюрипотентностью , которая теряется соседними соматическими клетками (Fig. 3). Напротив, основатели PGCs обнаруживают репрессию некоторых генов, включая Hoxb1 и Hoxa1, которые в это время существенно активируются в соматических соседях. Репрессия Hox генов является частью важного механизма, который лежит в основе репрессии соматической судьбы клеток в основателях PGCs (Saitou et al. 2002).
Базируясь на анализе возникновения основоположников PGCs, стало ясно, что как и у др. организмов репрессия соматических программ подобна ключевому признаку спецификации PGC у мышей (Seydoux and Strome 1999; Black-well 2004; Surani et al. 2004). Во время анализа генов кандидатов на роль генов репрессоров, были проанализированы histone lysine methyltransferases (HKMTs), чтобы установить, может ли какой-нибудь из них обнаруживать дифференциальную экспрессию между PGCs и соседними соматическими клетками. Экспрессия некоторых из этих генов, таких как G9a, Pfml, Setl и Ezh2, выявлялась как основателях PGCs, так и в соматических клетках. Однако, один из этих генов, Blimp 1 (B-lymphocyte maturation-induced protein-1) обнаруживал исключительную экспрессию в основателях PGCs, но не в соседних соматических клетках на E7.5 (Ohinata et al. 2005). Blimp1 является репрессором транскрипции с SET/PR доменом, богатой пролином областью, которая может рекрутировать Groucho и HDAC2, пять C2H2 цинковых пальца которых могут формировать комплексы с G9a, и кислым концом (Shaffer et al. 2002; Shapiro-Shelef et al. 2003; Gyori et al. 2004; Sciammas and Davis 2004). Blimpl впервые был идентифицирован по своей роли во время спецификации плазматических клеток вследствие репрессии B-клеточных программ в клетках предшественниках (Turner et al. 1994). Blimpl действительно широко экспрессируется во время развития мышей (Chang et al. 2002).
Детальный анализ Blimp1 у ранних эмбрионов мышей привел к некоторым неожиданным находкам. Среди них открытие, что экспрессия Blimp1 начинается в проксимальных клетках эпибласта на ст. E6.25 в начале гаструляции, первоначально только в 4-6клетках. которые находятся в прямом контакте с внеэмбриональными эктодермальными клетками (Fig. 3) (Ohinata et al. 2005). Экспрессия Blimp1 обнаруживается на одном из концов короткой оси в области, которая предназначена сформировать заднюю проксимальную область. Количество Blimp1-позитивных клеток увеличивается прогрессивно так что оказывается приблизительно 20 клеток на mid-streak (MS) стадии, которые видно, что формируют плотный кластер в задней проксимальной области на ст. E6.75. На E7.5 early bud (EB) стадии количество Blimpl-позитивных клеток увеличивается до приблизительно 40 (see Fig. 4). Эти клетки составляют популяцию основателей PGCs и обнаруживают экспрессию классического alkaline phosphatase PGC маркера и начинают экспрессировать stella (Fig. 3). Генетические эксперименты по отслеживанию клонов подтвердили, что все Blimpl-позитивные клетки, возникающие в эпибласте, начиная с E6.25 на самом деле являются клон-ограниченными клетками предшественниками PGC. Эти данные контрастируют с ранее предложенной гипотезой, базирующейся на клональном анализе, который подтвердил, что клетки проксимальной части эпибласта на E6.0-E6.5 не являются клонально ограниченными, чтобы давать исключительно PGCs, тк. клональные производные индивидуальных клеток могут давать как соматические, так и зародышевые клетки (Lawson and Hage 1994; McLaren and Lawson 2005). Возможным объяснением этого расхождения является то, что при клональном анализе маркированные клетки могут первоначально быть негативными по Blimpl и они затем делятся, чтобы генерировать позитивную клетку, дающую PGCs, тогда как дочерняя клетка продуцирует соматические производные. Механизм, который регулирует приращение Blimpl-позитивных клеток, неизвестен.

 | Figure 4. Germ-Line Development in Different Animal Species Blimp1 In C elegans, the germ-line lineage (red) is specified after the first division of the zygote by expression of Piel, which confers transcriptional quiescence. The other cell (blue) gives rise to somatic tissues. In D. melanogaster, the precursors of the germ cells are the so-called pole cells contained on one side of the zygote syncytium (i.e., multinucleated); transcriptional quiescence in these cells depends on localized RNA from the gene Pgc. In M. musculus, the earliest precursors of the germ cells are visible by expression of Blimpl at the base of the allantois. Blimpl initiates transcriptional quiescence in these cells.

2.3 The Role ofBttmplln Specification of PGCs


Дальнейший анализ роли Blimp1 в спецификации PGC предоставил информацию о лежащем в основе механизме спецификации зародышевых клеток у мышей. Потеря функции Blimp1 показывает, что это ключевой детерминант спецификации PGC у мышей (Ohinata et al. 2005; Vincent et al. 2005). На ст. E7.5, Blimp1 мутантные эмбрионы содержат аберрантный кластер приблизительно из 20 PGC-подобных клеток, в отличие от контрольных эмбрионов, где PGCs продолжают пролиферировать и начинают миграцию из кластера. Более того, ряд аберрантных PGC-подобных клеток не способны увеличиваться при проверке на ст. E8.5 (Ohinata et aL 2005).
Анализ одиночных мутантных PGC клеток выявил отсутствие соотв. репрессии Нох генов. Следовательно, очевидно, Blimp1 играет роль в репрессии соматических программ в основателях PGCs. Имеется также несогласованность в позитивной регуляции PGC-специфических генов, таких как stella и Nanos3, и некоторых специфичных для плюрипотентности генов, таких как Sox2, у мутантов. Эти находки подчеркивают, что Blimp1 выполняет критическую роль транскрипционного регулятора во время спецификации PGC и в предупреждении этих клеток от принятия судьбы соматических клеток.
Исследования В клеток показали, что Blimp1 достаточен для индукции дифференцировки их в плазматические клетки посредством репрессии ключевых молекул, которые поддерживают качественные особенности В клеток (Turner et al. 1994; Shaffer et al. 2002; Shapiro-Shelef et al. 2003; Sciammas and Davis 2004; for details, see Chapter 21). Это осуществляется посредством формирования Groucho и HDAC2 репрессорного комплекса (Ren et al. 1999). Их цинковые пальчики также, по-видимому, важны для формирования комплекса с G9a (Gyory et aL 2004), HKMT, которая необходима для H3K9me2. Однако, всё ещё неясно, функционирует ли Blimp1 во время спецификации PGC путем формирования нового комплекса, т.к. не описано HKMT активности для Blimp1 SET/PR домена.
Blimp1 является эволюционно законсервированным геном у позвоночных и беспозвоночных и он обладает разнообразными функциями. Напр., он играет роль в развитии некоторых клонов у позвоночных, таких как у рыбки данио и Xenopus (de Souza et aL 1999; Roy and Ng 2004; Hernan-dez-Lagunas et aL 2005), следовательно, не является специфическим для спецификации зародышевых клеток. Это указывает на то, что ген приобретает новую роль по спецификации PGC у мышей и вообще у всех млекопитающих. Для этого высоко законсервированного гена, как полагают, д. вовлекаться дополнительные контролирующие элементы, участвующие в управлении его экспрессии в клетках предшественниках и основателях PGC.

2.4 Repression of the Somatic Program in Germ Cells - An Evolutionary Conserved Phenomenon


Механизм спецификации зародышевых клеток не является эволюционно законсервированным, это очевидно когда сравнивается механизм у мышей с событиями у двух др. хорошо изученных модельных организмов D. melanogaster и C. elegans (Seydoux and Strome 1999). Различия в механизме спецификации зародышевых клеток прежде всего приписываются различиям в способе раннего развития этих разных организмов, а также дополнительным усложнением, накладываемым феноменом геномного импринтинга у млекопитающих. Важно, однако, что репрессия программ экспрессии соматических генов во время спецификации зародышевых клеток является общим феноменом у разных организмов, даже если молекулярные механизмы отличаются (Seydoux and Strome 1999; Leatherman and Jongens 2003; Saitou et aL 2003; Blackwell 2004).
У C. elegans, первое клеточное деление зиготы является асимметричным. Оно предопределяет соматическую клетку (AB), в то время как вторая клетка (P1) отставляется в сторону, чтобы создавать клон зародышевых клеток (Fig. 4). На самом деле каждая из P1, P2 и P3 клеток продуцирует соматическую клетку, когда она делится и последняя начинает транскрипцию и дифференцировку. P1-P3, предназначенные для клона зародышевых клеток, остаются транскрипционно молчащими. Это транскрипционное молчание поддерживается за счет белка цинковые пальчики, PIE-1, который ингибирует транскрипционную элонгацию путем конкуренции с RNA polymerase II (pol II) посредством фосфорилирования её carboxy-terminal domain (CTD) по Ser-2 (Van Doren et al. 1998; Seydoux and Strome 1999; Zhang et aL 2003; for more detail, see Chapter 10). Однако, как соматические, так бластомеры зародышевых клеток обладают разрешающим транскрипцию состоянием хроматина, на что указывают высокие уровни H3K4me по всему геному. Последний, когда делится P4 бластомер, чтобы сформировать клетки зародышевой линии, Z2 и Z3, то становится очевидным репрессивное состояние хроматина, сопровождаемое потерей H3K4me и приобретением высоких уровней репрессивного H3K9me (Schaner et al. 2003). Т.о., во время выделения клона зародышевых клеток у C elegans, хромати н меняется с транскрипционно пермиссивного состояния на неактивное состояние.
Закладка клона зародышевых клеток у D. melanogaster снова отличается от той, что наблюдается у мышей и червей. Предшественники зародышевой линии, наз. полярными клетками, выявляются до начала эмбрионального развития в оплодотворенном синцитиальном (многоядерном) яйце (Fig. 4), и они опять же транскрипционно молчащие благодаря отсутствию фосфорилирования CTD в pol II, как это наблюдаетс у C. elegans (Seydoux and Dunn 1997; Van Doren et al. 1998; Schaner et al. 2003). Хотя такое транскрипционное молчание также ассоциирует с репрессивными модификациями H3K9me хроматина, полярные клетки предназначены формировать только зародышевые клетки. Эти клетки т.о., эквивалентны Z2 и Z3 клеткам C. elegans, которые предназначены только для клона зародышевых клеток. Более того, транскрипционное молчание полярных клеток, по-видимому, регулируется с помощью гена polar granule component (pgc), т.к. потеря pgc вызывает потерю репрессии, хотя полярные клетки всё ещё определяются. Мутантные полярные клетки обнаруживают фосфорилирование pol II CTD по Ser-2 (Deshpande et al. 2004; Martinho et al. 2004). Предполагается, что pgc может секвестрировать критические компоненты, необходимые для фосфорилирования pol II CTD, ингибируя таким образом переход от комплекса преинициации к комплексу элонгации.
Анализ спецификации зародышевых клеток во время развития мышей, мух и червей четко иллюстрирует тот факт, что репрессия транскрипции, которая,по существенна для репрессии судьбы соматической клетки, обнаруживается у всех трех организмов, хотя точные механизмы, с помощью которых это осуществляется существенно разнятся. Это безусловно обусловлено различиями в событиях, ассоциированных с ранним развитием разных видов.

2.5 Regulation of Epigenetic Programming after PCC Specification in Mice


Экстенсивное эпигенетическое программирование и перепрограммирование продолжается в клоне зародышевых клеток вследствие спецификации PGCs (Seki et al. 2005). Этот период развития маркируется за счет стирания некоторых репрессивных эпигенетических модификаций, что позволяет клону зародышевых клеток приобретать создающие основу плюрипотентные характеристики, которые могут быть предварительным условием для последующей тотипотентности.
Среди ключевых наблюдаемых изменений является устранение H3K9me2 на ст. E8.0, вместе с уменьшением уровня HP1α by E9.0 в эухроматиновых и перицентрических гетерохроматиновых регионах (Seki et al. 2005). В то же самое время отмечается также снижение общих уровней метилирования ДНК в PGCs, начиная с E8.0. В то время как наблюдается снижение H3K9me2 и метилирования ДНК, отмечается также прогрессивное увеличение H3K27me3, репрессивной модификации, обеспечиваемой белком группы Polycomb, Ezh2 (Fig. 5). Потеря метилирования ДНК сопровождается репрессией de novo DNA methyltransferases Dnmt3a и Dnmt3b, а также временным снижением содержания methyltransferase, Dnmtl. Примечательно, что потеря H3K9me2 ДНК метилирования также совпадает с повторной экспрессией ключевого гена, ассоциированного с плюрипотентностью, Nanog (Yamaguchi et al. 2005). Nanog впервые экспрессируется во внутренних клетках поздней морулы и в клетках внутренней клеточной массы бластоциста. Однако, экспрессия этого гена быстро подавлется после имплантации и ген повторно реэкспрессируется только вследствие спецификации PGCs. Вместе с экспрессией др. плюрипотентных генов, включая Oct4, Sox2 и Esgl, это показывает, что зародышевые клетки приобретают характеристики плюрипотентности (Fig. 5).
Дополнительные экстенсивные события эпигенетического программирования происходят, когда PGCs вступают в развивающиеся гонады (Surani et al. 2004). Во-первых, происходит увеличение метилирования H3K4 и ацетилирования H3K9, которые характерны для пермиссивного состояния хроматина, исключая H3K9me. Кроме того происходит экстенсивное деметилирование ДНК по всему геному (Fig. 5), которое включает устранение родительских импринтов и метилирование однокопийных генов. У эмбрионов самок неактивная Х хромосома также реактивируется в это время.

 | Figure 5. Early Epigenetic Events during Germ-Cell Specification Expression of Blimpl in descendants of epiblast cells leads to repression of the somatic gene expression program (red). This is followed by expression of Stella, Nanog, and Esg1; increase in H3K27me3, H3K4me3, and H3K9ac; and loss of H3K9me2 and 5MeC. The primordial germ cells then enter the gonads, after which time further epigenetic reprogramming takes place.

Хотя и имеется эффективный механизм, который стирает "благоприобретенные" эпигенетические модификации, но не все эпигенетические метки полностью удаляются во время развития зародышевых клеток. Напр., метилирование ДНК из семейства IAP ретротранспозонов репрограммируется лишь частично (Lane et aL 2003). Неполное удаление некоторых эпигенетических меток во время гаметогенеза может безусловно приводить к эпигенетическому наследованию посредством зародышевой линии, чему имеется ряд примеров у млекопитающих (Chong and Whitelaw 2004). Насколько распространен этот феномен и сколько генов ему подвержены, предстоит ещё установить.

2.6 Germ Line and Stem Cells - A Reversible Phenotype


Зародышевые клетки и ICM клетки являются клетками, от которых возможно происходят плюрипотентные стволовые клетки в культуре. PGCs, будучи культивируемыми в присутствии FGF2, могут подвергаться изменениям, чтобы сформировать плюрипотентные embryonic germ (EG) клетки (Matsui et aL 1992; Resnick et aL 1992), которые во многих отношениях сходны с плюрипотентными ES клетками, за исключением того, что EG клетки обнаруживают экстенсивное удаление родительских импринтов во время своего происхождения (Tada et al. 1998).
Т.к. PGCs обладают некоторыми характеристиками плюрипотентности, то возможно, что существуют механизмы, позволяющие PGCs сохранять свои особые клон-специфичные характеристики. Как это может осуществляться, пока неясно, но возможно, что Blimp1 может выполнять непрерывную роль вследствие спецификации PGCs, чтобы гарантировать, что это произойдет. Во время происхождения EG клеток, как было предположено, это ограничение уменьшается и PGCs приобретают откровенно плюрипотентный характер со способностью дифференцироваться во многие самостоятельные типы клеток, которые редко появляются в зародышевых клетках in vivo. Примечательно, что происхождение EG клеток становится все менее и менее эффективным, когда используются PGCs от E11.5 и E12.5, что еще больше подтверждает изменение характеристик этих клеток с El1.5, когда они начинают свою дифференцировку по пути в направлении определенных зародышевых клеток самцов или самок.

2.7 Development of Germ Cells from Pluripotent ES Cells


Плюрипотентные стволовые клетки могут дифференцироваться во все типы соматических тканей, когда вносятся в бластоцист, включая зародышевые клетки (see below, Fig. 7). Всё возрастающие усилия привели к генерации различных тканей из ES клеток более эффективно в культуре. Недавно было показано, что возможно генерировать PGCs, и возможно получать спермий- и яйце-подобные структуры из ES клеток в культуре (Hubner et aL 2003; Toyooka et al. 2003; Geijsen et al 2004). Следовательно, возможно, что с увеличением знаний о генетических программах спецификации PGCs и гамет, механизм спецификации зародышевых клеток будет изучаться in vitro. При этом может также быть предоставлена модельная система для проверки регуляции эпигенетического репрограммирования в этом клоне. Такой подход безусловно продвинет наши знания о выделении клонов зародышевых клеток. Более того, если это станет возможным, то непосредственная дифференцировка в направлении человеческих ооцитов из культивируемых ES клеток сделает возможны использование их для "терапевтического" клонирования, преодолев нужду в донорских ооцитах, которые трудно получить. Такие ооциты затем могут быть использованы для соматических ядерных трансплантаций, чтобы генерировать бластоцисты и затем ES клетки. Соматические ядра подвергаются репрограммированию в тотипотентность, когда трансплантируются в ооциты (for detail on nuclear transplantation and reprogramming, see Chapter 22). Такая процедура безусловно окажет важное влияние на биомедицину, т.к. она позволит развивать "персонализированные" ES клетки от пациента. Кроме того, она позволит генерировать очень большой репертуар человеческих ES клеток от разных пациентов со специфическими заболеваниями. Такие человеческие ES клетки могут в свою очередь открывать множество возможностей для изучения лежащих в основе причин болезней человека; они могут быть использованы, напр., для тестирования разнообразных терапевтических соединений, облегчающих болезни.
Использование эмбрионов человека и hES клеток в исследованиях и терапии ставит множество этических вопросов. Разнообразные нормативы и инструкции существуют в разных странах, чтобы контролировать исследования в этой области. Если генерация жизнеспособных гамет из ES клеток станет возможной и они окажутся способными к оплодотворению и к полному развитию, то возникнут существенные этические вопросы, как и может ли этот подход использоваться в человеческой медицине.

2.8 From Primordial Germ Cells to Gametes


Следующей стадией в развитии клона зародышевых клеток является инициация гаметогенеза и вступление зародышевых клеток в мейоз. Соматическая среда гонад регулирует время этого события. У самок зародышевые клетки арестовываются в мейотической профазе, в то время как зародышевые клетки самцов подвергаются митотическому аресту. Ряд средовых сигналов диктует, будут ли зародышевые клетки вступать в мейоз или нет. Недавно был идентифицирован новый ген, Meisetz, и была показана его критическая роль в инициации мейоза (Hayashi et al. 2005). Этот ген также содержит SET/PR домен и множественные цинковые пальчики, которые, как было продемонстрировано, обладают каталитической активностью по отношению к H3K4me3. Экспрессия Meisetz специфична для зародышевых клеток и она выявляется во время их вступления в мейотическую профазу у самок на ст. E13.5 и в постнатальных семенниках. Мутации в Meisetz вызывают стерильность как самок, так и самцов, это демонстрирует его существенную роль в зародышевых клетках. Мутантные зародышевые клетки обнаруживают заметный дефицит пути репарации разрывов двойной нити и недостаточность в спаривании гомологичных хромосом во время мейоза. Это исследование продемонстрировало важную роль эпигенетических механизмов в зародышевых клетках во время мейоза.
Обширные эпигенетические модификации продолжаются во время сперматогенеза и в конце концов соматические linker histories замещаются тестис-специфическими вариантами (Kimmins and Sassone-Corsi 2005), которые сопровождаются заменами большинства гистонов на protamines. Изучение показало, что Suv39, H3K9 histone methyltransferase, участвует в репрессии генов и в спаривании хромосом. Более того, два SET-доменовых белка, Suv39hl и Suv39h2, играют роль в зародышевых клетках самцов, позднее оказываются экспрессирующими преимущественно в тестисах и накапливающихся в хроматине половых тел. Мутации в Suv39h1 и Suv39h2 приводят к бесплодию, благодаря аресту сперматогенных клеток (Peters et al 2001). Кроме того, существуют также chromatoid тельца, облако-подобные цитоплазматические структуры, которые присутствуют зародышевых клетках самцов. Эти RNA-processing тельца состоят из Dicer и Argonaute белков и microRNAs, специфичных для зародышевых клеток цитоплазматических органелл, которые взаимодействуют с ядром и содержат компактизованную мРНК.
Стволовые клетки зародышевой линии самообновляются и вовлекают некодирующие РНК в сперматогенез, это может обеспечиваться посредством аппарата RNA interference (RNAi) и HMTases. Члены семейства Piwi/Argonaute (называемые Miwi у мышей) как сообщалось играет роль в феномене RNAi. Потеря Miwi-подобныхз белков (Mili) приводит к стерильности самцов (Kuramochi-Miyagawa et al. 2004), за счет повышенной экспрессии транскриптов ретротранспозонов, IAP и Line 1. Вовлечение Miwi-подобных белков в их репрессию, однако, не было продемонстрировано непосредственно.
Недавние исследования оказались успешными в получении плюрипотентных стволовых клеток из сперматогониальных стволовых клеток, выделенных из неонатальных и даже взрослых семенников (Kanatsu-Shinohara et aL 2004; Guan et al. 2006). Эти клетки могут поддерживаться в культуре бесконечно, но в отличие от ES клеток они обладают отцовским (андрогенным) импринтом. Они могут дифференцироваться в разнообразные типы соматических клеток in vitro и in vivo, и являются жизнеспособными зародышевыми клетками in vivo. Эти клетки д. стать важным инструментом для изучения многих аспектов сперматогенеза и роли эпигенетических механизмов, которые регулируют их свойства как стволовых клеток и дифференцировку в мужские гаметы.
Стирание импринтов в ранних зародышевых клетках ведет к эпигенетически эквивалентным родительским хромосомам вначале и только со временем к стойким матрицам у млекопитающих. Трансплантации таких "imprint-free" ядер непосредственно в ооциты ведет к развитию эмбрионов. которые аберрантны и погибают на ранних эмбриональных стадиях, преимущественно из-за отсутствия соотв. эпигенетических модификаций, наблюдается несоотв. экспрессия генов, которые обычно подвергаются импринтингу. Эксперимент также показал, что импринты не могут быть приобретены ядрами , свободными от импринтов, если они трансплантируются непосредственно в ооциты. Инициация метилирования ДНК импринтов начинается после рождения, во время роста ооцитов в женских зародышевых клетках. De novo methyltransferase Dnmt3a bи ё кофактор Dnmt3L играют критическую роль в этом процессе (for details, see Chapter 19). Импринтинг является основным барьером партеногенетического развития у млекопитающих. Попытки манипуляций с эпигенотипом женских гамет могут сделать возможным развитие эмбрионов млекопитающих, которые только материнского происхождения.

3 From the Oocyte to the Early Embryo


Мы видели в предыдущих разделах, как зрелые спермии и ооциты приобретают очень специфические и разные эпигенетические маркеры во время гаметогенеза. Некоторые из этих отличий, такие как родительские импринты, поддерживаются исправно у эмбрионов после оплодотворения. Большинство др. драматически перепрограммируются по мере достижения эмбриональным геномом тотипотентности. Важно знать до какой степени эпигенетические метки наследуются от гамет и играют роль в самых ранних событиях дифференцировки эмбрионов. Если жизнь начинается с одной клетки (оплодотворенной зиготы) с полным геномом, которая затем делится, то как дело доходит до дифференциальной экспрессии генов и онтогенетических программ в дочерних клетках?

3.1 Maternal Inheritance and Potential Asymmetric Distribution?


У организмов с крупной яйцевой клеткой (таких как Drosophila, Xenapus, или куры), некоторые матерью синтезированные белки или РНК располагаются асимметрично в яйце. Затем они только наследуются лишь некоторыми производными клетками, которые впоследствии приобретают определенную судьбу, тогда как др., которые не наслдуют эти детерминанты, развиваются по иному (Huynh and St Johnston 2004). Такая стратегия возможна с относительно крупными яйцеклетками, но становится затруднительной с более мелкими яйцеклетками млекопитающих. Однако, онтогенетическая программа может и не быть продиктованной просто из-за размера яйца, но, что важно, создана за счет потребности генерировать бластоцист у млекопитающих, который будет имплантироваться и генерировать плаценту, чтобы поддержать эмбрион. ICM можно рассматривать как онтогенетический эквивалент ооциту Drosophila, т.к. она подвергается формированию паттерна в ответ на сигналы от внеэмбриональных соматических тканей во время раннего развития. Хотя имеются некоторые недавние предположения, что связь превращает симметрию оплодотворенной зиготы в симметрию бластоциста и даже постимплантационного эмбриона (Gardner 1997; Weber et aL 1999), не найдено асимметрично локализованных детерминант дифференцировки в яйцах млекопитающих. Более того, эмбрионы млекопитающих обнаруживают заметную способность "регуляции" развития; т.е. когда клетки удаляются или нарушаются. то компенсаторный рост или перемещения клеток часто способны обеспечить развитие нормального эмбриона (Kelly 1977). Тем не менее имеются вероятно слегка отличные правила отбора индивидуальных клеток (бластомеров), чтобы формировать клоны ICM и TE уже с 4-клеточной стадии (Fujimori et aL 2003; Piotrowska-Nitscheetal.2005).

3.2 Epigenetic Events at Fertilization


Во время развития и дифференцировки клоны соматических клеток приобретают очень специфические и специализированные паттерны метилирования ДНК и гистонов. Эти паттерны безусловно трудно стереть или обратить, когда соматическое ядро трансплантируется в ооцит (see Chapter 22). Эпигенетические метки ооцита и делают спермии также специализированными, но репрограммирование эффективно при оплодотворении, так что эмбриональный геном может приобрести свою новую функцию, именно, став тотипотентным (Reik et aL 2001; Surani 2001). Известен ряд признаков, обеспечивающий эпигенетический состав гамет и эпигенетическое репрограммирование после оплодотворения (Fig. 2). Геномы ооцита и спермия обладают значительными уровнями метилирования ДНК; в качестве примера определенный класс последовательностей, семейство ретротранспозонов, intracisternal A particles (IAP), которые появляются в количестве около 1000 копий на мышиный геном, являются высоко метилироваными как в геноме ооцитов. так и спермиев (Lane et aL 2003). Имеются, напротив, и определенные последовательности, в особенности differentially methylated regions (DMRs) в импринтированных генах, которые метилируются только в ооцитах или в спермиях (see Chapter 19).
Геном ооцита обладает также высокими уровнями гистоновых модификаций, как активирующих (напр., H3K9 acetylation, H3K4 methylation), так и репрессирующих (H3K9 methylation, H3K27 methylation) (Morgan et aL 2005). С этой точки зрения перед оплодотворением геном ооцита транскрипционно неактивен, но содержит матерински унаследованные транскрипты и белки, которые необходимы в течение первых нескольких делений дробления, включая те, что необходимы для событий репрограммирования (Fig. la). Геном спермия высоко специализирован, так что большинство гистонов замещается во время сперматогенеза высоко щелочными протаминами, которые могут облегчать упаковку ДНК в компактную головку спермия (McLay and Clarke 2003). Сегодня неизвестно, какие имеются модификации оставшихся гистонов и где они локализуются в геноме, что создает затруднения для изучения этих малораспространенных регионов хроматина. Вскоре после оплодотворения происходит высоко регулируемая последовательность событий репрограммирования в геноме спермия. Протамины быстро удаляются и замещаются гистонами. Скорее всего, что существующая ДНК replication independent (RI), поэтому включение гистонового варианта H33 осуществляется с помощью гистоновго хаперона HIRA (van der Heijden et aL 2005; see Chapter 13). В том же самом стиле по всему геному происходит деметилирование ДНК в самцовом пронуклеусе, затрагивая одиночные копии и повторяющиеся последовательности, но не отцовски метилированные импринтированные гены (Olek and Walter 1997; Mayer et aL 2000; Oswald et aL 2000; Dean et aL 2001; Santos et aL 2002; Lane et aL 2003).
Перед репликацией ДНК гистоны в отцовском пронуклеусе ацетилируются (H3 и H4), H3K4 метилируются и быстро приобретают H3K9mel и H3K27mel (Arney et aL 2002; Santos et aL 2002,2005; Lepikhov and Walter 2004). H3K9me2/3 и H3K27me2/3, однако, появляются только после репликации ДНК возможно в связи с инкорпорацией стержневого гистона H3.1, вместо H3.3 (Santos et al. 2005). В первом митозе большинство гистоновых меток, подробно проанализированных, оказываются совершенно сходными на материнских и отцовских хромосомах, по крайней мере, как определяется при низком уровне разрешения с использованием иммунофлюоресцентного окрашивания (Santos et al. 2005).
Активности энзимов, которые ответственны за эти ранние ступени репрограммирования, скорее всего все присутствуют в ооците или как белок или как РНК, которая может быстро транслироваться. Мы уже упоминали HIRA, но после репликации ДНК обнаруживается CAF-1, которые необходим для replication dependent (RD) включения гистона H3.1. Энзимы su(var) метилируют H3K9, a Ezh2 вместе со своим кофактором Eed метилирует H3K27 (Erhardt et aL 2003; Santos et al. 2005). Скорее всего, что драматическое деметилирование ДНК отцовского генома вызывается с помощью процесса "active demethylation," для которого предложены различные механизмы, но не выделено определенных энзимов (Morgan et al. 2005). Возможными кандидатами для механизма деметилирования у млекопитающих являются энзимы семейства Aid/Apobec, которые могут deaminate 5-methylcytosine в ДНК, превращая его в тимин и возникающий в результате T:G mismatch может быть репарирован с помощью эксцизионной репарации (Morgan et al. 2004). Путь деметилирования у растений также использует эксцизионную репарацию оснований, которая инициируется с помощью ДНК glycosyiase Demeter (Gehring et aL 2006). Сходные demethylases ммогут также присутствовать в цитоплазме ооцита при оплодотворении. Возникает вопрос, почему материнский геном не деметилируется в то же самое время, что и отцовский. Материнский хроматин или пронуклеус д. обладать неким специфическим механизмом защиты; колокализация метилированной ДНК в материнском пронуклеусе вместе с H3K9me2, подтверждает эту гистоновую модификацию как кандидата для защиты (Arney et al. 2002; Santos et al. 2002,2005).
Хотя доказательства в основном подтверждают, что гистоновые модификации приобретаются скорее. чем теряются на глобальном уровне во время этого периода, возможно, что метилирование аргинина гистона является более динамичным. В самом деле, кандидат на стирание метилирования аргинина гистона с помощью "deimination," Padi4, присутствует в ооцитах (Sarmento et al. 2004). Главный результат быстрых изменений хроматина, который происходит при оплодотворении, по-видимому, приходится на 2-клеточную стадию, когда отцовский геном оказывается сходным с материнским. Это исключает метилирование ДНК, которое отличается существенно в двух геномах, а в основном является результатом деметилирования генома спермия. Кроме того, уровень проведенного анализа не исключает, что имеются ген-спеыцифические отличия в модификациях гистонов, которые устанавливаются на этой стадии.

3.3 From the Zygote to the Blastocist


Общая тема дальнейшего репрограммирования, особенно паттерна метилирования ДНК всего генома, продолжается с 2-клеточной стадии через все стадии дробления преимплантационного развития вплоть до достижения эмбрионом стадии бластоциста (Monk et al. 1987; Hewlett and Reik 1991; Rougier et al. 1998). Точная динамика гистоновых модификаций ещё не описана полностью у мышей, но метилирование ДНК поэтапно редуцируется с каждым делением ядра вплоть до стадии 16-клеточной морулы. Причина этого Dnmtl, methyltransferase, которая поддерживает метилирование в CpG динуклеотидах полуконсервативным способом во время репликации ДНК, исключается из ядра (Carlson et aL 1992). Следовательно, при каждом делении 50% от всего геномного метилирования ДНК теряется. Известно только хорошо задокументированное исключение в виде DMRs в импринтированных генах. Неясно, поддерживается ли их метилирование в течение этого периода за счет неизвестной Dnmt, или за счет действия небольшого количества Dnmtl, которое способно поступать в ядро и специфически направляться на DMRs. Удивительно, на 8-клеточной ст. белок Dnmtl, по-видимому, проникает в ядро для одного цикла репликации. Если этот Dnmtl белок удаляется (с помощью его генетического устранения в ооците, который обладает большинством, если не всеми белками во время делений дробления), то метилирование в DMRs в самом деле редуцируется на 50%, это согласуется с его необходимостью для поддержания только одного раунда репликации (Howell et al. 2001).
На 8-16-клеточной стадии наружные клетки морулы уплощаются и становятся эпителиальными; это наз. компакцией. Это первый внешний признак дифференцировки у эмбрионов млекопитающих. В течение следующих 2-3 делений морула подвергается кавитации (т.е. образуется полость) и бластоцист отличается своей inner cell mass (ICM) и клетками наружной trophectoderm (TE). Клетки ICM идут на образование всех клонов эмбриона и плода, тогда как клетки TE формируют большинство ( но не все) клоны плаценты (внеэмбриональные клоны). Вскоре после этой стадии др. эпителиальный слой клеток формируется на поверхности ICM; это клетки первичной энтодермы, которые также вносят вклад в плаценту и желточный мешок, но не в эмбрион. Известны немногие генетические детерминанты этих ранних событий аллокации: Oct4, Nanog и Sox2 важны для детерминации или поддержания клеток ICM, тогда как Cdx2 необходим для раннего поддержания TE клеток (Nichols et aL 1998; Avilion et al. 2003; Chambers et al. 2003; Mitsui et aL 2003; Niwa et al. 2005). До какой степени материнский белок (присутствующий в ооците), или эпигенетическая регуляция этих генов у раннего эмбриона может вносить вклад в раннее решенеие клеточных судеб, или их поддержание, сегодня неизвестно (Dean and Ferguson-Smith 2001 ). Основные события эпигенетического программирования происходят именно на этой стадии развития. Клетки ICM приобретают высокий уровень метилирования ДНК, по крайней мере, как демонстрирует иммунофлюоресценция, что, по-видимому, говорит о внесении de novo DNA methyltransferase Dnmt3b (Santos et aL 2002). Это сопровождается усилением метилирования гистонов H3K9 и H3K27, трансдуцируемых с помощью G9a и Eset, а также Ezh2, соот. (Erhardt et al. 2003). Хотя de novo метилирование ДНК не является критическим для инициального возникновения клеток ICM, но метилирование гистонов с помощью Ezh2 и Eset необходимо: при нокауте любого из генов развитие собственно ICM не происходит (O'Carroll et al.2001; Dodge et al. 2004).
В противоположность увеличению эпигенетических модификаций в ICM, TE остается в основном гипометилирована по ДНК, как и большинство клеточных клонов в поздней плаценте (Chapman et al. 1984; Santos et al. 2002). Считается, что плацентарные типы клеток нуждаются в меньшей эпигенетической стабильности, т.к. помимо всего прочего их продолжительность жизни значительно более ограничена, чем клеток плода, которые развиваются во взрослый организм.
Помимо этих крупномасштабных и характерных для всего генома эпигенетических событий, более локус-специфическое репрограммирование также имеет место на этой стадии. У XX женских эмбрионов от отцов наследуемая Х хромосома инактивируется во время стадий дробления и остается такой во внеэмбриональных тканях (т.e., в TE и плаценте) (Huynh and Lee 2003; Okamoto et al. 2005). В ICM, однако, неактивная Х реактивируется и это сопровождается случайной инактивацией одной из Х хромосом после дифференцировки в клоны, происходящие из ICM (Mak et al. 2004; for more detail, see Fig. 4 of Chapter 17). Механистически, инактивация импринтированной Х у преимплантационных эмбрионов связана с экспрессией некодирующей РНК Xist с отцовской Х хромосомы, чьё "покрытие" хромосомы, как полагают, ведет к генному молчанию и возникновению репрессивных эпигенетических модификаций (Heard 2004). Во вновь формируемых клетках ICM, транскрипция Xist подавляется, репрессивные гистоновые модификации постепенно теряются и хромосома оказывается реактивированной (Mak et al. 2004; Okamoto et al. 2004). Это происходит вскоре после инициации случайной инактивации Х в клетках эпибласта. Как увидим клетки ES оказываются "замороженными" на ст. после реактивации X хромосомы, так что ES клетки самок содержат две активные Х хромосомы

4 From Pluripotent Stem Cells to Somatic Cells and Back to Germ Cells


4.1 Derivation of Pluripotent Stem Cells


В предыдущей главе мы поняли, что существуют драматические эпигенетические события репрограммирования в зиготе, а др. у эмбрионов ст. дробления и бластоцистов, приводящие в результате к разным эпигенетическим паттернам в ICM и TE. Сегодня мы рассматриваем генетические и эпигенетические свойства ранних стволовых клеток, происходящих в культуре из бластоциста и более поздних клонов, таких как embryonic stem cells (Smith 2001), trophoblast stem (TS) клетки (Rossant 2001), endoderm stem (XEN) клетки (Kunath et al. 2005)и embryonic germ cell (EG) стволовые клетки (Matsui et al. 1992).
Общим в этих типах клеток является то, что они могут быть изолированы или воссозданы из интактных эмбрионов в виде культуры при определенных условиях культивирования. Появившись однажды. они могут быть культивированы в течение продолжительных периодов времени и не обнаруживать признаков старения. С ними можно также генетически манипулировать во время культивирования и заме повторно вносить в живые эмбрионы, чтобы вызывать развитие соотв. клонов.
Одним из наиболее важных открытий в эмбриологии млекопитающих в 1980s было разработка методов генерации плюрипотентных ES клеток из ICMs. Клетки ES, эксплантированные из мышиных бластоцистов в культуру, могут поддерживаться в культуре в течение длительного периода и затем микроинъецироваться обратно в бластоцисты, где они колонизируют все эмбриональные клоны, формируя таким образом химеры (Fig. 6; Evans and Kaufman 1981; Martin 1981). Особенно интересным оказалось то, что производные ES клеток могут колонизировать зародышевые клетки и давать нормальное потомство, которое происходит целиком из ES клеточного генотипа. Это вместе со способностью генетических манипуляций с геномом ES клеток с помощью гомологичной рекомбинации (приводящей к нокауту генов), революционизировало мышиную генетику и сделало мышей предпочтительной генетической моделью из млекопитающих.
ES клетки обладают общими свойствами с ICM/epiblast клетками, но существуют также и существенные различия, делающие их предпочтительными по-видимому, сравнению с "synthetic" типами клеток, которые не существуют у нормальных эмбрионов (это верно и для др. линий плюрипотентных клеток) (Smith 2001). Напр., в то время как самообновление мышиных ES клеток

 | Figure 6. Derivation of ES and TS Cells from the Blastocyst ES cells are derived from inner cell mass (ICM) cells and can be kept in culture without differentiating. They can be genetically manipulated while in culture. ES cells can be reintroduced into blastocysts and can then colonize all tissues in the embryo, including the germ line, but excluding the trophoblast cells of the placenta. TS cells can be established similarly into culture from the trophectoderm cells of the blastocyst, and when reintroduced into blastocysts, contribute to placental cell types.

нуждается в Lif/gp 130/Stat3 сигнальном пути, эмбрионы с мутациями компонентов этого пути всё ещё дают нормальную ICM (Smith 2001). Очевидно. что происходят эпигенетические изменения и они необходимы для происхождения и поддержания ES клеток из ICM клеток. Разрастания ICM клеток в культуре быстро теряют экспрессию Oct4, и единственная линия мышей, из которых относительно легко получать ES клетки, называемая 129Sv, сохраняет некоторые Oct4-экспрессирующие клетки после культивирования (Buehr et al. 2003). Эпигенетические изменения были также описаны в импринтированных генах у мышей и макак резус в ES клетках, и у мышей это может приводить к аберрантному развитию клеток, если они повторно вносятся в химеры (Dean et aL 1998; Humpherys et al. 2001; Fujimoto et al. 2005).

4.2 Epigenetic Properties of Multipotent lol Cell Urns


ES клетки могут быть дифференцироваться in vitro в ряд различных клеточных линий (Fig. 7). До какой степени эпигенетические механизмы поддерживают клетки недифференцированными или в дифференцированном состоянии? Очевидно, что имеются эпигеномные различия между недифференцированными ES клетками и соматическими клетками, когда плюрипотенциальные клетки в частности характеризуются гипердинамической пластичностью хроматина (Meshorer et aL 2006). Делеция в ES клетках Parp (poly-ADP ribosylase), которая участвует в контроле альтераций гистоновых меток, ведет к низкой частоте трансдифференцировки в клетки трофобласта, подтверждая, что dial эпигенетические метки в ES cells необходимы для поддержания их качественных особенностей (Hemberger et aL 2003). Метилирование ДНК может также вносить вклад в это,

 | Figure 7. DtfferentiatJon of ES Ce"s Into Different Cell Types In Vitro ES cells can be differentiated in vitro under suitable culture conditions into many different cell types, such as neurons, muscle cells, and even germ cells (oocytes). The inset image shows neuroglial cells derived from ES cells in culture.

т.к тяжелая деплеция метилирования ДНК приводит к частичному блоку способности ES клеток дифференцироваться, и к появлению маркеров дифференцировки трофэктодермы (Jackson et al. 2004).
Поддержание плюрипотентности ES клеток зависит от транскрипционных факторов Oct4, Nanog, и Sox2. Они соединяются по-видимому, отдельности или в комбинации с многими генными локусами в ES клетках, которые необходимы или активными или молчащими для поддержания плюрипотентности (Boyer et al. 2005; Loh et al. 2006). Дифференцировка ES клеток in vitro характеризуется с помощью транскрипционного молчания генов плюрипотентности, которые затем остаются репрессированными во всех соматических тканях. Эпигенетические механизмы в самом деле важны для их молчания: промотор Oct4, напр., накапливает гистоновые модификации и метилирование ДНК во время дифференцировки (Feldmann et al. 2006). Потеря метилирования ДНК, напр., используя нокаутных по Dnmtl эмбрионов, ведет к реэкспрессии Oct4 при дифференцировке (Feldman et al. 2006).
ES клетки и их дифференцированные производные могут служить также в качестве модели эпигенетической регуляции инактивации Х хромосомы. ICM и ES клетки самок имеют подавленный ген Xist и две активные Х хромосомы. После дифференцировки in vitro, Xist активируется на одной их Х хромосом, Xist РНК начинает "покрывать" эту хромосому в cis-положении, а молчание генов на Х совпадает с накоплением репрессивных гистоновых модификаций и вытекающем из этого метилировании ДНК (Heard 2004).
Др. типы плюрипотентных клеток могут сходным образом поддерживаться в культуре, но их эпигенетические характеристики хуже охарактеризованы, чем таковые у ES клеток. Однако, известно из эпигенетических исследований Х инактивации, что у самок ЕS клетки с отцовской инактивированной Х хромосомой содержат репрессивные гистоновые метки (Huynh and Lee 2003). XEN клетки самок также имеют отцовскую Х хромосому, которая инактивирована (Kunath et aL 2005).
Линии плюрипотентных клеток также могут возникать из primordial germ cells (PGCs) или во время периода их миграции в эмбрионе (E8-E10.5) или когда они проникают в эмбриональные гонады (E11.5-E13.5) (Fig. 8) (Matsui et al. 1992). PGCs, на ст. E8.5-12.5 подвергаются экстенсивному эпигенетическому репрограммированию, индуцируя деметилирование ДНК импринтированных генов и др. последовательностей генома (Hajkova et al. 2002; Lee et al. 2002). В самом деле, большинство EG клеток подвергается устранению деметилирования ДНК с импринтированных генов и др. последовательностей и это изменяет из потенциал развития, как это демонстрируется внесением их в химеры (Tada et al. 1998). Пока неясно, существуют ли эпигенетические

 | Figure 8. Link between Germ-Line Development and Pluripotency The oocyte and zygote are totipotent (the oocyte has restrictions imposed by parental imprinting) and so are morula cells up to a certain stage. Pluripotent cells can be derived into culture from the inner cell mass (ICM) cells, primordial germ cells (PGCs), and spermatogonia stem (SS) cells in the neonatal and adult testis. There is thus an intimate link between germ-line cells throughout their development, and pluripotency.

различия между эндогенными PGCs и in vitro культивируемыми EG клетками, сходно с тем, предположительно существует между ICM и ES клетками.

4.3 Reprogramming Capacity of Stem Cells


Продолжающееся состояние плюрипотентности в культуре без клеточного старения нуждается в непрерывном эпигенетическом репрограммировании стволовых клеток. То, что эти клетки на самом деле обладают репрограммирующими активностями было продемонстрировано в экспериментах

в которых EG или ES клетки были слиты с дифференцированными соматическими клетками (Tada et al. 1997,2001; Cowan et al. 2005). В линии тетраплоидных клеток, возникших в результате слияния, соматический эпигенотип репрограммируется (Fig. 9). В слитых EG-соматические клетки соматический геном теряет метилирование ДНК импринтированных генов, а также др. последовательностей генома (Tada et al. 1997). В слитых ES-соматических клетках, напротив, метилирование ДНК импринтированных генов сохраняется, но неактивная Х хромосома (в женских клетках) реактивируется, а промотор гена Oct4 становится ДНК деметилированным, приводя в результате к реэкспрессии Oct4 (Tada et al. 2001; Cowan et al. 2005; Surani 2005).
Качественные особенности любого из репрограммирующих факторов, затрагивающих метилирование ДНК или модификации гистонов в этих клеточных гибридах, пока неизвестны. Неизвестно, напр., нуждается ли деметилирование в EG или ES клеточных гибридах в DNA demethylase активности, и происходит ли репликация ДНК в отсутствие Dnmtl, приводя в результате к пассивному деметилированию. Тем не менее, ES и EG клетки д. рассматриваться как важный рессурс для изоляции и характеристики факторов эпигенетического репрограммирования.

 | Figure 9. Pluripotent Cells Have the Capacity to Reprogram Somatic Cells ES or EG cells can be fused with somatic cells, resulting in tetraploid hybrids. This leads to epigenetic reprogramming of the somatic nucleus, with changes, for example, in 5meC, H3ac, H4ac, and H3K4me. The tetraploid cells resulting from this fusion and reprogramming also have a pluripotent phenotype: When injected into blastocysts they can contribute to many different cell types in the embryo.



5. Perspective


The next few years will see decisive and exciting advances in our understanding of the genetic and epigenetic factors that are critical for totipotency and pluripotency of germ cells and stem cells. High throughput and sensitive methods for determining the various layers of epigenetic informati