Недавние исследования на дрозофиле показали, что определенные компоненты генома выполняют важные клеточные функции и несут существенные гены/ Идентифицировано около 450 генов в гетерохроматине дрозофилы, это указывает на то, что количество активных генов в нем выше, чем предполагалось. Большинство генов всё ещё неизвестны на молекулярном уровне. Проведение функционалного анализа предполагаемых генов затруднено из-за отсутствия мутантных аллелей. Гетерохроматиновые гены обнаружены также у Saccharomyces cerevisiae, Schizosaccharomyces pombe, Oryza sativa, Arbidopsis thaliana и у людей. Присутствие экспрессирующихся генов в гетерохроматине кажется парадоксальным. В будущем генетические, функциональные геномные и и протеомные исследования предоставят новые подходы для изучения функции гетерохроматиновых генов и для выяснения механизмов, управляющих их экспрессией.