Посещений:
Нейрогенез у Взрослых: Нейрональные Стволовые Клетки и Предшественники

Генетический и Эпигенетический Контроль

Genetics and Epigenetics in Adult Neurogenesis
Jenny Hsieh and Jay W. Schneider
Adult Neurogenesis ©2008 Cold Spring Harbor Laboratory Press 978-087969-784-6, P. 321-339, Pt.16



Chromatin remodelling factor Mll1 is essential for neurogenesis from postnatal neural stem cells
Daniel A. Lim, Yin-Cheng Huang, Tomek Swigut, Anika L. Mirick, Jose Manuel Garcia-Verdugo, Joanna Wysocka, Patricia Ernst & Arturo Alvarez-Buylla (abuylla@stemcell.ucsf.edu)
Nature 458,n7237, 529-533 (26 March 2009) | doi:10.1038/nature07726



Рисунки к статье

Эпигенетические механизмы, которые поддерживают нейрогенез в течение всей взрослой жизни изучены плохо1. Продукты генов Trithorax group (trxG) и Polycomb group (PcG) являются частью эволюционно законсервированной системы ремоделирования хроматина, которая активирует или замалчивает экспрессию генов, соотв.2. Хотя PcG член Bmi1, как было показано, необходим для постнатального само-обновления нейральных стволовых клеток3, 4, роль trxG генов остается неизвестной. В работе было показано, что trxG член Mll1 (mixed-lineage leukaemia 1) необходим для нейрогенезав постнатальном головном мозге мышей. Mll1-дефицитные нейральные стволовые клетки из субвентрикулярной зоны выживают. пролиферируют и эффективно дифференцируются в глиальный клон; однако нейрональная дифференцировка тяжело нарушена. В Mll1-дефицитных клетках ранняя пронейральная экспрессия Mash1 (также известен как Ascl1) и глиогенная экспрессия Olig2 сохраняется, но Dlx2, ключевой нижестоящий регулятор нейрогенеза в субвентрикулярной зоне, не экспрессируется. Избыточная экспрессия Dlx2 может восстанавливать нейрогенез в Mll1-дефицитных клетках. Иммунопреципитация хроматина демонстрирует, что Dlx2 является непосредственной мишенью для MLL в клетках субвентрикулярной зоны. В дифференцирующихся клетках дикого типа субвентрикулярной зоны Mash1, Olig2 и Dlx2 локусы обнаруживают высокие уровни гистона 3 триметилированного по lysine 4 (H3K4me3), это согласуется с их транскрипцией. Напротив, в Mll1-дефицитных клетках вентрикулярной зоны хроматин на Dlx2 является бивалентно маркированным с помощью как H3K4me3 так и гистона 3 триметилированного по lysine 27 (H3K27me3), и ген Dlx2 не способен собственно активироваться. Эти данные подтверждают модель, согласно которой Mll1 необходим для устранения ключевых silenced bivalent локусов в постнатальных нейральных предшественниках, чтобы приобрести активно транскрибируемое состояние для индукции нейрогенеза, но не для глиогенеза.
Структура и функция хроматина динамически регулируются в стволовых клетках головного мозга, которые служат важным примером для понимания регуляторных механизмов, которые передают физиологические и патофизиологические сигналы в геном стволовых клеток. У взрослых позвоночных в головном мозге продукция новых нейронов из стволовых клеток (нейрогенез) происходит в дискретных пролиферативных зонах (нишах), таких как subventricular zone (SVZ) боковых желудочков и subgranular zone (SGZ) в dentate gyrus гиппокампа (Gage 2000). Разнообразные сигналы, в пределах от возбуждения, обусловленного локальным высвобождением нейротрансмиттеров, до системных факторов или лекарств, которые пересекают гематоэнцефалический барьер, сходятся на кластерах neuronal stem/progenitor cells (NSCs), располагающихся в этих нишах, которые интимно связаны с мозговой микрососудистой сетью. Сбалансированный контроль само-обновления, дифференцировки и жизнеспособности NSCs продуцирует новые нейроны и глиальные клетки, необходимые для функционального гомеостаза головного мозга, а также играет важную роль в функциях головного мозга, таких как память и обучение. Более того, в качестве потенциальных раковых стволовых клеток NSCs подозреваются как источник озлокачествления в головном мозге, напр., возникновение glioblastoma multiforme. Чтобы стать нейронами, NSCs нуждаются в скоординированных изменениях в паттерне генной экспрессии, прежде всего регулируемом на уровне генной транскрипции. Эпигенетическое ремоделирование хроматина оказалось фундаментальным механизмом высокого порядка для тонко контролируемой и скоординированной генной экспрессии во время нейрогенеза. Важные аспекты функции головного мозга, такие как синаптическая пластичность, также управляются с помощью хроматин-ремоделирующих энзимов, специфичных для типов клеток транскрипционных регуляторов и малых регуляторных не кодирующих РНК. Т.о., передача сигналов в геном посредством разнообразных эпигенетических регуляторных механизмов является критической для нейрогенеза и функции головного мозга во время развития и в течение всей жизни.
Хотя это относительно новая концепция в нейробиологии, важность эпигенетических механизмов была оценена. В самом деле, лекарственные вещества, которые действуют на эпигенетические механизмы, уже находятся на клинических испытаниях при раке. Классический эпигенетический процесс, такой как инактивация Х-хромосом, импринтинг, молчание генов, были изучены на традиционных модельных системах, таких как растения, беспозвоночные и мыши. В настоящее время эпигенетические механизмы рассматриваются столь же важными как и сиквенс-специфические ДНК-связывающие транскрипционных факторы в качестве регуляторов генной экспрессии. Среди наиболее широко распространенных определений эпигенетики являются мейотически и митотически наследуемые изменения в паттернах генной экспрессии, которые не закодированы в самих первичных последовательностях ДНК, важный термин для описания альтераций, которые ведут к новым клеточным фенотипам без изменения генотипа. В этом смысле эпигенетические изменения в организации хроматина и биохимические модификации позволяют генетически идентичным клеткам вести себя фенотипически отлично. Большая часть базового клеточного хроматина и транскрипционный аппарат были выяснены с помощью биохимических под и с использованием простых генетических модельных организмов. Однако, полное понимание сигнальных схем и транскрипционных регуляторных механизмов у сложных организмов, таких как млекопитающие всё ещё остаются отрывочными.

CHROMATIN STRUCTURE AND HISTONE MODIFICATIONS


Хроматин является нуклеопротеиновым комплексом, состоящим из нуклеосомных повторов из 147 п.н. последовательности ДНК, физически обернутых вокруг двух копий каждого из гистоновых белков, H2A, H2B, H3, and H4 (Luger and Richmond 1998). Одним из наиболее крупных открытий в биологии хроматина в последнее десятилетие стало открытие, amino-терминальные хвосты стержневых гистонов являются предметом для разнообразных ковалентных модификаций, таких как ацетилирование и метилирование и что в ДНК сайт- или домен-специфические модификации гистонов ("the histone code") контролируют активацию или репрессию ассоциированных генов (Jenuwein and Allis 2001). Некоторые гистоновые метки, такие как ацетилирование Lys-9 и Lys-14, di- или trimethylation of Lys-4 и фосфорилирование Ser-10 в гистоне H3, являются сигнатурой активно экспрессируемого хроматина. Др. метки, такие как di- или trimethylation Lys-9 гистона H3 ассоциируют с молчащими доменами хроматина. Гистоновый код специфицируется с помощью хроматин-модифицирующих энзимов, таких как histone acetyltransferases (HATs), histone deacetyiases (HDACs) и histone methyltransferases (HMTs), которые поставляются на специфические локусы хроматина посредством прямой ассоциации с сиквенс-специфическими ДНК-связывающими белками в крупные, мультикомпонентные комплексы. Многие из компонентов этих комплексов, даже сами хроматин-модифицирующие энзимы, являются чувствительными к сигналам в результате возникает сложная регуляторная иерархия для контроля генома.
HATs и HDACs наиболее активно изученные хроматин-модифицирующие энзимы. HATs индуцируют ацетилирование гистонов, это обычно приводит к релаксации нуклеосом и усилению транскрипции, тогда как HDACs катализируют обратную реакцию; в деацетилированном состоянии нуклеосомы наиболее конденсированы, предупреждают доступ транскрипционным активаторам к их сайтам мишеням, это ведет к репрессии транскрипции. В отношении головного мозга глобальные изменения модификаций гистонов наблюдаются в разных регионах, особенно после травматических повреждений головного мозга, электро-конвульсивных судорог или злоупотребления лекарствами, такими как кокаин (Crosio et al. 2003; Tsankova et al. 2004; Kumar et al. 2005; Gao et al. 2006; Sng et al. 2006). Хотя эти находки являются интригующими, роль клеточно-специфических гистон-модифицирующих энзимов в нейральном развитии и функции еще предстоит определить. Один класс ткане-специфических HDACs (class II) выполняет хорошо известную отвечающую на сигнал роль в контроле гипертрофии кардиальных мышечных клеток (Nakagawa et al. 2006); этот класс энзимов также сильно обогащен в развивающемся и взрослом головном мозге (Thiagalingam et al. 2003), но пока мало известно относительно специфической класса II HDACs в нейробиологии. Одним из важных показателей в связи с ролью класса I и II HDACs являются низкомолекулярные ингибиторы HDAC inhibitors (HDACi), такие как trichostatin A или valproic acid (VPA) (Grozinger and Schreiber 2002). HDACi могут индуцировать нейрональную дифференцировку у эмбрионов (Hao et al. 2004) и взрослых клеток нейрональных предшественников (Hsieh et al. 2004). Мы установили, что воздействие VPA на крыс снижает пролиферацию NSC в SGZ (Hsieh et al. 2004), в у животных с судорогами ослабленный аберрантный нейрогенез ассоциирует с судорогами и, что более важно, с улучшением познавательной функции (Jessberger et al. 2007). Эти результаты указывают на то, что фармакологическое ингибирование активности HDAC может оказаться эффективной клинической стратегией для лечения судорожных нарушений и эпилепсии. Более того, базируясь на их нейрозащитных эффектах, HDACi эпигенетические лекарства создают надежду на лечение у людей и у модельных животных болезни Huntington's (Butler and Bates 2006), амиотрофического бокового склероза (Petri et al. 2006), Friedreich's атаксии (Herman et al. 2006), спинально-мышечной атрофии (Hahnen et al. 2006), ишемических вопрежденирй головного мозга (Faraco et al. 2006), судорожных нарушений (Eyal et al. 2004), и даже раковых клеток головного мозга (Komata et al. 2005; van den Boom et al. 2006). Будущее использование HDACi для лечения нарушений ЦНС остается удивительной возможностью, а в комбинации с нашим всё возрастающим пониманием NSCs в головном мозге взрослых, это может оказаться мощным подходом к борьбе с нейрологическими заболеваниями. Эти глобальные исследования гистоновых модификаций и HDACi при нейрологических нарушениях и нарушениях функции головного мозга являются интригующими; однако, необходимы детальны исследования для понимания, как специфические гены регулируются, чтобы контролировать решения судеб нейрональных стволовых клеток.

CHROMATIN COMPLEXES CONTROLLING NEURONAL CELL FATE


Одним из наиболее охарактеризованных механизмов регуляции активности HDAC в клетках, является участие в экспорте сигнал-реакция активного класса II энзима из ядра и дерепрессия генной экспрессии (Grozinger and Schreiber 2000; McKinsey et al. 2000). Второй, вообще-то более распространенный механизм участвует в рекрутировании HDACs и мультибелковых хроматин-ремоделирующих комплексов на промоторы специфических генов за счет ассоциации с ДНК-связывающими белками (Grozinger and Schreiber 2002). Во время развития кортекса, NSCs впервые подвергаются ограниченной экспансии благодаря раундам симметричных делений и затем подвергаются нейрогенезу, главным образом благодаря асимметричным делениям (Temple 2001). В конце нейрогенеза кортикальные предшественники возвращаются обратно к симметричным делениям и дают астроциты и олигодендроциты. Спецификация клеточных судеб в направлении нейронального или глиального клона использует реципрокную регуляцию нескольких батарей генов. Напр., гены, ответственные за спецификацию нейрональных клеток, д. быть репрессированы или замалчиваться, когда развивающиеся NSC дивергируют в направлении клеточных судеб астроцитов или олигодендроцитов, и , vice versa, глиогенные гены д.быть ингиброваны во время нейрогенеза. Это координируется посредством как транскрипционных, так и эпигенетических регуляторных механизмов, которые предопределяют потенциал клеток отвечать на внешние сигналы (Fig. 1). Многие элегантные исследования описывают существование транскрипционных кодов, участвующих в пространственной и временной экспрессии клеточно-специфичных транскрипционных активаторов и репрессоров, которые контролируют спецификацию нейрональных субтипов и формирование паттерна развивающейся ЦНС (Bertrand et al. 2002; Ross et al. 2003). Многие из этих факторов были изучены в отношении их регуляции индивидуальных генов мишеней во время нейральной спецификации; однако, унифицированный механизм, который контролирует процесс спецификации



Figure 1. Sequence-specific transcription factors work in concert with the chromatin machinery to direct neuronal stem cells (NSCs) toward neuronal lineage differentiation. In the stem cell state, repressive machinery such as HDACs/DNMTs/MBDs maintain neuronal gene repression (OFF) through one set of epigenetic marks, such as histone H3 Lys-K9 methylation and DNA cytosine methylation. Stimulation by environmental factors and/or stress signals can induce adult neurogenesis by de-repressing or activating neuronal gene expression (ON) through the epigenetic machinery transducing these signals to the genome. (NSC) Neuronal stem cell; (HATs) histone acetyltransferases; (TFs) transcription factors; (HDACs) histone deacetylases; (DNMTs) DNA methyltransferases; (MBDs) methyl-DNA binding proteins.

судеб нейрональных клеток в ходе созревания, не найден. На роль главного регулятора нейрогенеза и глиогенеза претендует транскрипционный регулятор NRSF (neuron-restrictive silencing factor, also called REST) (Chong et al. 1995; Schoenherr and Anderson 1995). Первоначально описанный как репрессор нейрональных генов в не-нейрональных клетках, NRSF является белком цинковые пальчики, которые связывает законсервированный в 21-23-bp мотив, известный как NRSE (neuron-restrictive silencing element, also called REl). Последовательность NRSE обнаруживается разбросанной по всему геному, большинство в регуляторных регионах нейрон-специфических генов, включая нейрональные факторы роста, ионные каналы, рецепторы нейротрансмиттеров, и молекулы наведения и миграции среди др. важных нейрогенных генов. Точный механизм, с помощью которого NRSF обеспечивает транскрипционную регуляцию генов мишеней, остается неизвестным; в определенных генетических контекстах, NRSF действует как репрессор, тогда как в др. контекстах, он действует как активатор генной транскрипции. Имеющиеся доказательства подтверждают NRSF функции за счет рекрутирования др. ко-репрессорных комплексов, таких как mSin3A/B (Naruse et al. 1999), N-CoR (Jepsen et al. 2000), CtBP (Garriga-Canut et al. 2006) или CoREST (Ballas et al. 2001), чтобы специфицировать сайты REl в геноме. Важно, что эти регуляторные комплексы рекрутируют также хроматин-модифицирующий класс I HDAC энзимов в геном. Недавно, Nakagawa et aL (2006) продемонстрировали прямое взаимодействие между NRSF и классом II HDACs в мышечных клетках желудочков сердца in vivo и in vitro (Nakagawa et al. 2006). Биоинформационный анализ позволил идентифицировать от сотен до тысяч сайтов NRSE по всему геному млекопитающих (Bruce et al. 2004), подтверждая идею, сто NRSF действует как главный регулятор экспрессии нейрональных генов в NSCs , а также в зрелых нейронах (Sun et al. 2005; Greenway et al. 2006). Недавно было показано, что NRSF важен для запуска нейрогенеза во взрослом гиппокампе из NSCs в результате его действия как активатора экспрессии нейрональных генов (Kuwabara et al. 2004). Механизм действия NRSF во взрослых NSCs, по-видимому, связан с новой не кодирующей двунитчатой РНК (discussed in another section). Чтобы усилить интригу, NRSF функция участвует также в различных патологических состояниях в головном мозге, а также вне его, в таких как разного тип нейрональные и нейроэндокринные раковые клетки (Coulson 2005), болезнь Huntington's (Zuccato et al. 2003), ишемические инсульты (Calderone et al. 2003), эпилепсия (Garriga-Canut et al. 2006) и сердечно-сосудистые заболевания (Cheong et al. 2005).
Помимо регуляции нейрональных генов с помощью NRSF и рекрутирования гистон-модифицирующих энзимов, недавние доказательства указывают на то, что члены SWI/SNF и Polycomb семейств хроматин-ремоделирующих комплексов, играют важные роли в нейрональном развитии и биологии раковых и стволовых клеток (Cui et al. 2006; Lee et al. 2006). Хроматин-ремоделирующие комплексы, такие как SWI/SNF используют гидролиз АТФ, чтобы разорвать ассоциации ДНК-гистон и содержат различные комбинации белков, которые включают как консервативные, так и неконсервативные компоненты (Becker and Horz 2002). Они также взаимодействуют с HATs или HDACs и/или с сиквенс-специфическими транскрипционными факторами, чтобы активировать или репрессировать гены мишени. Обычно, SWI/SNF комплексы содержат или ATPase Brahma (Brm) или Brahma-related protein 1 (Brg-1). Хромодоменовые белки, которые обладают ATPase доменом, найденые в SWI/SNF белках, также рекрутируются с помощью Polycomb репрессоров и участвуют в молчании гомеозисных генов, чтобы контролировать формирование паттерна тканей. Недавно, было показано, что Brm, Brg-1 и Polycomb репрессорный белок Bmi-1участвуют в определенных аспектах нейрального развития и функции. SRY-related HMG-box-содержащий белок (Sox-2) является ключевым транскрипционным фактором в NSCs, а рекрутирование Brm для его собственной транскрипционной регуляции, по-видимому, связано с его ролью в поддержании стволовых клеток (Kondo and Raff 2004). Brg-1 также необходим для нейрогенеза Xenopus; потеря Brg-1 коррелирует с повышенной пролиферацией нейрональных предшественников и экспансией Sox2-позитивных клеток у эмбрионов на более поздних стадиях нейрогенеза. Brg-1 функция, по-видимому, связана с регуляцией двух пронейральных basic helix-loop-helix (bHLH) белков: Neurogenin (Ngn)-related 1 и NeuroD (Seo et al. 2005). Более того, белки группы Polycomb по-видимому, обладают фундаментальной ролью в поддержании стволовых и раковых клеток. Bmi-1 необходим для самообновления стволовых клеток в ЦНС и ПНС; мыши, лишенные Bmi-1, обладают нейрологическими дефектами, по-видимому, обусловленными постнатальным истощением их NSCs (van der Lugt et al. 1994; Molofsky et al. 2003, 2005). Итак, эти данные показывают важную роль хроматин-ремоделирующих факторов в развитии и функции головного мозга.

CHROMATIN REMODELING AND ADULT NEUROGENESIS


Помимо развития транскрипционные коактиваторы и хроматин-ремоделирующие факторы, по-видимому, также важны для нейрогенеза у взрослых. Querkopf (Qkf)-дефицитные мыши, MYST family histone acetyltransferase, имеют мало NSCs и мало мигрирующих нейробластов в ростральном миграторном потоке во взрослой SVZ (Merson et al. 2006). Более того, нейросферы, происходящие от Qkf мутантных мышей, содержат мало клеток с потенциалом, генерировать вторичные нейросферы и формируют мало нейронов, указывая тем самым, что Qkf мутантные стволовые клетки имеют дефект в самообновлении и клональнрой спецификации in vitro. В сходных условиях nuclear corepressor (N-CoR) также необходим, чтобы супрессировать дифференцировку астроцитов и способствовать нейрональной дифференцировке (Hermanson et al. 2002), указывая тем самым на общность в транскрипционном аппарате, регулирующем дифференцировку нейронального клона. Многие из HDAC белков сами по себе были охарактеризованы исключительно в отношении функции сердца; действительно ничего неизвестно относительно их роли в головном мозге, особенно во время нейрогенеза у взрослых. Интересно, что изучение профилей генной экспрессии, ассоциированных с SVZ нейрогенезом, выявило позитивную регуляцию модификаторов хроматина, принадлежащих к белкам семейств SWI/SNF и Polycomb/Trithorax (Lim et al. 2006), это открывает возможность, что ремоделирование хроматина может быть важным для поддержания состояния стволовых клеток путем удержания репрессированными гены клональной спецификации, но готовых к получению специфических внешних сигналов. Др. важная эпигенетическая модификация, участвующая в нейрогенезе у взрослых, это метилирование CpG динуклеотидов (discussed in the next section).

THE ROLE OF DNA METHYLATION IN THE BRAIN


Классически изученной эпигенетической модификацией является метилирование ДНК, при которой ДНК млекопитающих может быть ковалентно модифицирована посредством метилирования углерода в пятой позиции пиримидинового кольца остатка цитозина, который обычно находится в симметричных CpG динуклеотидах. метилирование ДНК является главным эпигенетическим механизмом для установления специфических для родителей импринтов во время гаметогенеза и молчания генов инактивированной Х хромосомы и ретротранспозонов (Jaenisch and Bird 2003). Метилирование ДНК обеспечивается с помощью клеточных methyltransferases, Dnmt3a и Dnmt3b, которые добавляют метильные группы de novo к неметилированной ДНК. Когда клетки делятся, то methyltransferase Dnmt1 преимущественно распознает полуметилированную ДНК и поддерживает метилирование ДНК. Интересно, что оба класса methyltransferases, как было установлено, участвуют в разных стадиях приобретения нейрональной судьбы и нейрогенеза. Во время инициальной спецификации нейронов и глии (Feng et al. 2005), также как и во время более поздних стадий созревания и функции нейронов (Levenson et al. 2006), Dnmt3a и Dnmt3b являются важными. Dnmt1 также очень важна в головном мозге и участвует в передаче сигналов JAK-STAT, чтобы контролировать время, когда клетки предшественники переключаются с нейрогенеза на глиогенез во время развития (Fan et al. 2001, 2005). Сайт-специфическое метилирование ДНК, как было показано, sdf;yj для дифференцировки астроцитов и активации промотора glial fibrillary acidic protein (GFAP). Активация промотора GFAP нуждается в связывании signal transducer and activator of transcription 3 (STAT3) в ответ на передачу сигналов leukemia inhibitory factor (LIF) (Ross et al. 2003). Ранние кортикальные предшественники устойчивы к приобретению судьбы астроцитов, даже в присутствие активации LIF и STAT3 , скорее всего в результате метилирования сайта связывания STAT3, что предупреждает связывание STAT3 с промотором GFAP (Takizawa et al. 2001). На поздних стадиях эти сайты становятся деметилированными и происходит глиогенез. Сходный случай наблюдается в STAT3-связывающем сайте промотора S100β , calcium-связывающего белка, экспрессирующегося в астроцитах (Namihira et al. 2004). Это прямо указывает на роль специфической эпигенетической метки в спецификации судбьбы нейрональных клеток. Помимо метилирования ДНК, метилирование гистонов также являются важным для регуляции гена GFAP в кортикальных предшественниках. Используя метод chromatin immunoprecipitation (ChIP), Song and Ghosh (2004) показали, что имеется повышенное Lys-9 метилирование гистона H3, метки, ассоциированной с молчанием генов, в сайте связывания STAT3 в GFAP на стадии предшественников, когда GFAP репрессирован. Стимуляция с помощью basic fibroblast growth factor-2 (FGF-2) усиливает способность CNTF (ciliary neurotrophic factor) индуцировать дифференцировку астроцитов. Поразительно, что индукция FGF-2 ведет к деметилированию Lys-9, но Lys-4, активная метка, становится гиперметилированной, приводя в результате к связыванию STAT3 и активации GFAP. Напротив, взрослые нейроны обладают низкими уровнями метилирования как Lys-9, так и Lys-4. Всё ещё остается вопрос, как GFAP или гены астроцитов репрессируются в нейронах и существуют ли факторы, которые активно способствуют глиогенезу, без необходимости блокирования нейрогенеза. Фактически недавнее исследование идентифицировало два белка ядерных факторов (NF1A и NF1B) для инициальной спецификации глиогенеза (Deneen et al. 2006). Это исследование подчеркивает разные транскрипционные и эпигенетические механизмы. которые контролируют клон-специфическую экспрессию генов для генерации различных нейрональных типов клеток во время развития и у взрослых.
Мир эпигенетики и гистоновых модификаций становится всё более сложным и интересным. Недавно метилирование аргинина гистона, как было установлено, регулирует плюрипотентное состояние клеток внутренней клеточной массы и, что удивительно, может быть среди первого набора "меток", которые вносят вклад в плюрипотентное состояние (Torres-Padilla et al. 2007).

EPIGENETICS AND NEURODEVELOPMENTAL DISORDERS


Имеется множество примеров как эпигенетическая регуляция контролирует клон-специфическую экспрессию генов во время развития в время нейрогенеза у взрослых; Однако, эпигенетические контролирующие механизмы также выполняют важную роль в зрелых постмитотических нейронах в головном мозге. Как сообщалось выше, метилирование ДНК может обеспечивать молчание за счет помех в связывании транскрипционных факторов с генами мишенями за счет метилирования CpG сайтов. Др. механизм, с помощью которого метилирование дНК ведет к транскрипционному молчанию генов, это связывание methyl-CpGs с помощью methyl-CpG-binding proteins (MBDs), которые затем рекрутируют HDAC репрессорные комплексы, приводящие к образованию репрессивного хроматина. MBDs представляют семейство белков, два из которых (MeCP2 и MBD1), а возможно и больше, в свою очередь играют важные роли в нервной системе. MeCP2 обнаруживается на высоком уровне в постмитотических нейронах (Zoghbi 2003), а мутации в MeCP2 сцеплены с нейрологическим нарушением Rett синдромом (Guy et al. 2001; Jung et al. 2003). Rett синдром характеризуется нормальным развитием до 1 года, наиболее часто встречается у женщин и сопровождается быстрой деградацией, с потерей речи и моторных навыков, микроцефалией, судорогами, аутизмом, атаксией и стереотипическими wringing рук (Rett 1966). Хотя точная роль MeCp2 в нейронах неясна, но растут указания, что MeCP2 является ключевым регулятором важных белков головного мозга, brain-derived neurotrophic factor (BDNF) (West et al. 2002), но может регулировать значительно больше генов мишеней, пока ещё не установленных. Интересно, что обработка нейронов повышенными уровнями внеклеточного калия ведет к фосфорилированию MeCP2 и дерепрессии транскрипции промотора BDNF (Chen et al. 2003; Martinowich et al 2003). Фосфорилирование MeCP2 по специфическому аминокислотному остатку, S421, как недавно было показано, происходит избирательно в нервной системе и является важным для регуляции роста дендритов и созревания шипов (spine) и для объяснения, по крайней мере частично, нейрон-специфической патологии при синдроме Rett (Zhou et al. 2006). Др. MBD также могут играть роль в головном мозге, в частности во время нейрогенеза у взрослых. MBD1 нокаутные мыши обнаруживают уменьшенный нейрогенез в гиппокампе, дефекты пространственного обучения и снижение долговременной потенциации в зубчатом гирусе гиппокампа (Zhao et al. 2003).
Др. широко распространенный наследственный синдром умственной отсталости это синдром Fragile X. Пациенты обнаруживают экспансию CGG последовательности от 5'UTR (untranslated region) в гене Fmr1 , это ведет к замалчиванию транскрипции гена. Когда число повторов превосходит 200, то область гиперметилируется, предупреждая связывание транскрипционного аппарата. Воздействие лекарствами, деметилирующими ДНК, ведет к снижению метилирования гистона H3 по остатку Lys-9, увеличению ацетилирования H3 и H4и к снижению метилирования гистона H3 по Lys-4, это ведет к активации Fmr1 (Tabolacci et al. 2005). Эта находка строго подтверждает роль ремоделирования хроматина в замалчивании Fmr1. Очевидно, что MeCP2 и Brm могут ассоциировать и совместно вызывать молчание гена Fmr1. RNA interference (RNAi) нокдаун MeCP2 и Brm ведет к усилению транскрипции мРНК Fmr1. Это указывает на то, что эпигенетические факторы вносят вклад в нейрологические нарушения, такие как синдром Rett и Fragile X умственная отсталость и открывают новый путь к терапевтическим мишеням.

EPIGENETIC CONTROL OF NEURAL PLASTICITY, LEARNING, AND MEMORY


Эпигенетические механизмы были также предположены, как лежащие в основе определенных форм памяти и нейральной пластичности, особенно после стрессовых сигналов, некоторые из которых физиологические, а остальные патологические (Fig. 2). Экспериментальные доказательства указывают на гистоновые модификации и хроматин-ремоделирующие факторы у животных моделей с пагубной привычкой к лекарствам, а также при определенных типах обучения (Colvis et al. 2005). Т.к. лекарственное привыкание имеет



Figure 2. Signaling to the genome through diverse epigenetic regulatory mechanisms is critical to neurogenesis and brain function. Environmental or behavioral stimulation, both physiological (such as voluntary exercise) and pathological (such as seizure induction or drugs of addiction), can lead to global changes in histone modifications and chromatin remodeling of target genes controlling the neuronal genome. These context-dependent alterations in chromatin structure and transcriptional activity could produce acute changes in neuronal stem cell proliferation, differentiation, and survival of cells (neurogenesis), as well as cause a long term sustained effect. The epigenetic machinery could then serve as a key mediator acting at the cellular and molecular levels, sensing perturbations in the environment and triggering long-lasting changes in gene expression associated with various disease or pathological states.

долговременно удерживаемый эффект, то доказательства ведут к альтерациям в структуре хроматина клеток головного мозга как возможного механизма, обусловливающего долговременные изменения в экспрессии генов, ассоциируемых с состоянием лекарственного привыкания, c-fos и AFosB, членами семейства Fos транскрипционных факторов, участвующими в поведенческих реакциях и синаптической пластичности, индуцируемых неправильно эксплуатируемыми лекарствами. Интересно, что кокаин может индуцировать ацетилирование H4 и фосфоацетилирование H3 в промоторе гена c-fos в striatum после острого применения, но это десенсибилизируется после повторного воздействия кокаина (Kumar et al. 2005). Как и в случае FosB промотора, H3 ацетилирование всё ещё наблюдается после хронического воздействия кокаина. AFosB, продукт гена fosH , также, как известно, накапливается при хроническом воздействии кокаина, увеличивая связывание Brg-1 (a компонента комплекса SWI-SNF, упомянутого ранее) с cyclin-dependent kinase 5, геном, участвующим в нейрогенезе, синаптической пластичности, обучении и памяти (Nikolic et al. 1996; Angelo et al. 2006). Эти доказательства указывают на то, что AFosB может рекрутировать хроматин-ремоделирующие факторы, такие как HATs и Brg-1-содержащие комплексы, на их нижестоящие мишени, регулируя тем самым экспрессию ключевых генов, участвующих в поддержании долговременных эффектов злоупотребления лекарствами.
Эпигенетические модификации связаны также с изменениями в нейральной пластичности и долговременной памяти (Kandel 2001). Недавно две разные мышиные модели для синдрома Rubinstein-Taybi (RTS), хорошо охарактеризованного врожденного синдрома, состоящего из умственной отсталости, недостаточного постнатального роста, микроцефалии, специфических лицевых характеристик, широких больших пальцев рук и ног (Rubinstein and Taybi 1963), который генетически сцеплен с CREB-binding protein (CBP) HAT (Petrij et al. 1995), были использованы для демонстрации, что ацетилирование гистонов необходимо для долговременной потенциации, обучения и памяти (Alarcon et al. 2004; Korzus et al. 2004). CBP гетерозиготы имеют нормальные уровни кратковременной памяти; однако их долговременная память, определяемая как контекстуальная и нацеленная на устранение страха (fear conditioning) и задачи распознавания новых объектов object recognition tasks, была очень аномальна. Интересно, что когда HDAC ингибитор suberoylanilide hydroxamic acid вводился внутрь желудочков CBP гетерозигот, то мыши обнаруживали улучшение contextual fear conditioning. Во второй мышиной модели, несущей гиппокамповую CA1- и dentate-gyrus-специфическую индуцибельную форму мутантного CBP, лишенного активности HAT, то отмечался дефицит долговременной памяти, хотя кратковременная память оставалась неизменной. Сходным образом, когда был использован HDAC ингибитор trichostatin A или когда трансген оказывался выключенным, то дефицит памяти мог быть устранен, указывая тем самым. что фармакологические манипуляции с активностью HAT могут быть потенциальным терапевтическим подходом для лечение RTS. Вообще-то более важны находки, что гены, такие как CBP и MeCP2, которые обладают такими глобальными эффектами на экспрессию генов, могут иметь такие специфические фенотипические последствия в головном мозге, указывают на то, что эпигенетические механизмы могут представлять неисследованную область для понимания и лечения когнитивных нарушений (Hong et al. 2005).

REGULATORY SMALL RNAs IN THE BRAIN


Открытие малых не кодирующих РНК революционизировало наше понимание механизмов, которые регулируют экспрессию генов во всех клетках (Novina and Sharp 2004), включая и клетки головного мозга млекопитающих (Cao et al. 2006). Их малые размеры и комплементарность последовательностей делает возможным чрезвычайное разнообразие мишеней мРНК для репрессии или активации экспрессии генов или модификации структуры хроматина генов мишеней. Двунитчатые РНК первоначально были обнаружены в молчащих генах благодаря направлению ими мРНК промежуточных образований на деградацию, но в последние годы дальнейшие механизмы действия малых РНК были открыты и выявлены потенциальные новые классы таких РНК. Малые РНК распадаются, по крайней мере, на четыре класса. Small interfering RNAs (siRNAs) и microRNAs (miRNAs) , обе замалчивают экспрессию генов; siRNAs обычно направляют мРНК на деградацию за счет комплементраности последовательностей одиночного сайта, тогда как miRNAs распознают многочисленные частично комплементарные сайты связывания, которые действуют синергично внутри мишеней мРНК, они широко распространены в постнатальном головном мозге, указывая тем самым, что они выполняют важные роли в функции нейронов. Из приблизительно 250 miRNAs у млекопитающих, кажется, что по крайней мере 125 miRNAs экспрессируется в головном мозге на разных уровнях (Krichevsky et al. 2003; Sempere et al. 2004). Некоторые из этих miRNAs, обнаруженных в головном мозге, это miR9, miR29, miR124, miR125a, miR125b, miRl27, miR128, miR132, miR137, miR138 и miR139, среди все увеличивающегося списка. Недавно CREB-индуцированная miRNA (miR132) , как было установлено, регулирует морфогенез нейронов в культивируемых кортикальных нейронах (Vo et al. 2005). Др. miRNA , участвующая в функционировании в головном мозге, это miR134, которая локализуется в дендритах и участвует в контроле размеров шипов (spine) (Schratt et al. 2006).
Недавно было продемонстрировано. что класс малых РНК может участвовать в хроматин-ремоделирующих факторах, чтобы регулировать взрослые NSCs из гиппокампа грызунов. В этом исследовании, малые не кодирующие РНК конкурируют за связывание последовательностей NRSF, упомянутых выше, называемых NRSE small modulatory RNA (или smRNA), они могут эффективно запускать нейрогенез (Kuwabara et al. 2004). Эта smRNA по-видимому, обеспечивает свою функцию совершенно новым способом, отличным от siRNAs или miRNAs: она взаимодействует с NRSF белком и индуцирует нейрон-специфическую экспрессию. Ясно, что пока это только начало, учитывая большое количество малых РНК в головном мозге в норме и при болезнях.

CONCLUSIONS


The genome is no longer considered a static and privileged storage depot of genetic information; rather, it is now recognized to be a highly dynamic entity that undergoes profound structural and functional changes in response to extrinsic signals. Epigenetic and transcriptional regulation of the neuronal genome during adult neurogenesis has emerged as one of the best and most useful paradigms to study the role of chromatin modification in cell-fate specification. After cell-fate decisions are triggered, the next step is to determine how master regulators of the neuronal genome interact with their cognate binding partners at sequence-specific binding sites in a context-dependent manner to regulate downstream events controlling neuronal differentiation, maturation, and synaptic plasticity in an ever-changing environment. The fact that many epigenetic processes in the cell can act in a reversible and gene-specific manner allows the precise control of gene expression that is critical for brain development and function. Moreover, epigenetic processes in developing and mature neuronal cells appear to be targeted by a number of pathophysiological stimuli, including seizure activity and drugs such as cocaine. Although these studies are good starting points for studying epigenetic and transcriptional regulation of neuronal target genes, much work is still needed to fully understand the role of master regulators of the neuronal genome such as NRSF. Indeed, small chemical compounds and/or ribonucleic acids would provide excellent tools to begin gaining insight into these regulatory mechanisms and could be the starting points for novel neurological drugs.
Сайт создан в системе uCoz