Комбинационный Код

Pique', M., Lo'pez, J. M., Foissac, S., Guigo', R. & Me'ndez, R. A combinatorial code for CPE-mediated translational control. Cell 132, 434–448 (2008) Article
	Трансляция мРНК эукариот зависит от полиаденилирования, но что предопределяет в точности где и на каком уровне д. транслироваться индивидуальные мРНК? Новое исследование показало, как считывается код из последовательностей элементов в 3' UTR, которая контролирует трансляцию. Активация трансляции с помощью цитоплазматического полиаденилирования зависит от двух элементов в 3' UTR: от hexanucleotide AAUAAA site (Hex) и cytoplasmic polyadenylation element (CPE), который часто присутствует в нескольких копиях и является также необходимым для репрессии трансляции. Pumilio-binding element (PBE) также, как полагают, играет роль в репрессии. Авт. использовали cyclin B мРНК Xenopus laevis, чтобы решить, как различное расположение этих элементов детерминирует, будет ли мРНК репрессирована или активирована и будет ли она активирована рано или поздно в ходе клеточного цикла. С помощью присоединения 3' UTRs от пяти cyclin B мРНК (B1-B5), вместе с различными мутантными производными, к репортерной конструкции и затем измерения трансляции и потребности в транс-активирующих факторах, они показали, что, по крайней мере, две CPEs необходимы для репрессии, с 10-12 нуклеотидами в качестве оптимального расстояния между ними. Напротив, активация нуждается только в одном CPE, а его эффективность определяется с помощью расстояния между CPE и Hex, с 25 нуклеотидами как оптимальными. Вклад PBE более тонкий, затрагивающий эффективность активации только некоторых CPEs. Время активации зависит от степени перекрывания между Hex и одним из CPEs. Чтобы протестировать код. который авт. выявили в результате этих исследований, они сканировали 3' UTRs в геноме X. laevis, мышей и людей в отношении разного расположения элементов и случайно отобрали 27 законсервированных 3' UTRs для оценки. Приблизительно в 90% случаев поведение активации и репрессии соответствовало предполагаемому коду. Результаты этих предсказаний показывают, что свыше 20% генома может быть предметом подобного типа регуляции. Усовершенствование кода в отношении дополнительных элементов и тестирование кода в разных геномах позвоночных д. б. следующей ступенью.

Трансляция мРНК эукариот зависит от полиаденилирования, но что предопределяет в точности где и на каком уровне д. транслироваться индивидуальные мРНК? Новое исследование показало, как считывается код из последовательностей элементов в 3' UTR, которая контролирует трансляцию.

Активация трансляции с помощью цитоплазматического полиаденилирования зависит от двух элементов в 3' UTR: от hexanucleotide AAUAAA site (Hex) и cytoplasmic polyadenylation element (CPE), который часто присутствует в нескольких копиях и является также необходимым для репрессии трансляции. Pumilio-binding element (PBE) также, как полагают, играет роль в репрессии.

Авт. использовали cyclin B мРНК Xenopus laevis, чтобы решить, как различное расположение этих элементов детерминирует, будет ли мРНК репрессирована или активирована и будет ли она активирована рано или поздно в ходе клеточного цикла. С помощью присоединения 3' UTRs от пяти cyclin B мРНК (B1-B5), вместе с различными мутантными производными, к репортерной конструкции и затем измерения трансляции и потребности в транс-активирующих факторах, они показали, что, по крайней мере, две CPEs необходимы для репрессии, с 10-12 нуклеотидами в качестве оптимального расстояния между ними. Напротив, активация нуждается только в одном CPE, а его эффективность определяется с помощью расстояния между CPE и Hex, с 25 нуклеотидами как оптимальными. Вклад PBE более тонкий, затрагивающий эффективность активации только некоторых CPEs. Время активации зависит от степени перекрывания между Hex и одним из CPEs.

Чтобы протестировать код. который авт. выявили в результате этих исследований, они сканировали 3' UTRs в геноме X. laevis, мышей и людей в отношении разного расположения элементов и случайно отобрали 27 законсервированных 3' UTRs для оценки. Приблизительно в 90% случаев поведение активации и репрессии соответствовало предполагаемому коду. Результаты этих предсказаний показывают, что свыше 20% генома может быть предметом подобного типа регуляции. Усовершенствование кода в отношении дополнительных элементов и тестирование кода в разных геномах позвоночных д. б. следующей ступенью.