Chromatin structure analyses identify miRNA promoters Fatih Ozsolak, Laura L. Poling, Zhengxin Wang, Hui Liu, X. Shirley Liu, Robert G. Roeder, Xinmin Zhang, Jun S. Song and David E. Fisher (dfisher3@partners.org) doi: 10.1101/gad.1706508 Genes & Dev. 2008. 22: 3172-3183
Хотя microRNAs (miRNAs) являются ключевыми регуляторами генной экспрессии при нормальной физиологии и болезнях у человека, регуляция транскрипции miRNAs изучена плохо, т.к. большинство miRNA промоторов ещё не охарактеризованы. Авт. идентифицировали проксимальные промоторы 175 miRNAs человека с помощью комбинированного картирования нуклеосом и хроматиновых сигнатур для промоторов. Наблюдалось, что треть интронных miRNAs обладает регионами инициации транскрипции, независимыми от промоторов своих хозяев и предоставили список оккупируемых RNA polymerase II и III miRNAs. Нуклеосомное картирование и анализ линкерных последовательностей в miRNA промоторах сделал возможным аккуратное предсказание транскрипционных факторов, регулирующих экспрессию miRNA, т.о. идентифицированы 9 miRNAs, регулируемых с помощью MITF transcription factor/oncoprotein в клетках меланомы. Более того, ДНК последовательности, кодирующие зрелые miRNAs, были найдены как преимущественно занимаемые positioned-nucleosomes, а 3' концевые сайты известных генов обнаруживали истощение нуклеосом. Высокопроизводительная идентификация промоторных и энхансерных регуляторных элементов miRNA проливает свет на эволюцию транскрипции miRNA и делает возможной быструю идентификацию транскрипционных сетей miRNAs. | |