Протеосомы 26S представлены 20S протеолитической core particle (CP) и 19S regulatory particle (RP), которая состоит из lid субкомплекса и базового субкомплекса. В то время как механизмы, лежащие в основе сборки CP хорошо известны, мало известно о том, как формируются RP. Несколько групп сообщают, что сборка RP у дрожжей и млекопитающих нуждается в множественных шаперонах, которые облегчают формирование специфических предварительных сборок , которые затем собираются в виде основы протеосом и в RP.
Масс-спектрометрический анализ иммуноочищенных протеосомных комплексов от почкующихся дрожжей, проведенный Funakoshi, Saeki, Roelofs с коллегами, выявил четыре proteasome-interacting proteins (PIPs) - Nas6 (gankyrin или p28 у млекопитающих), Rpn14 (PAAF1 у млекопитающих), Hsm3 (S5B у млекопитающих) и, в первых двух исследованиях, Nas2 (p27 у млекопитающих). Эти PIPs соединяются специфически со свободными RP или RP базовыми субкомплексами, но отсутствуют в зрелых 26S протеосомах. Каждый из этих белков соединяется с определенной субъединицей основы, это указывает на то, что они могут быть base-специфическими шаперонами.
Фенотипический анализ разных мутантных линий показывает, что PIPs выполняют перекрывающиеся роли в функционировании 26S протеосом и три группы показали, что двойные, тройные и четверные мутанты дефектны по сборке 26S протеосом in vivo. Избыток свободных lid, CP и base субкомплексов выявлен в специфических множественных мутантных линиях, но RP и полные 26S протеосомы были истощены. Это указывает на дефекты сборки основания и подтверждает, что PIPs являются base-специфическими шаперонами.
Группы далее показали, что каждый шаперон формирует специфические предварительные ансамбли (subassemblies), как показывает native gels и mass spectrometry анализ и что эти субансамбли, по-видимому, ассоциируют упорядоченным образом, чтобы сформировать базовый субкомплекс. Сходные находки описаны Kaneko et al., которые изучали сборку базовых субкомплексов у млекопитающих. Итак, была продемонстрирована удивительная эволюционная консервация пути сборки.
Как же сборка базового субкомплекса связана со сборкой RP и 26S протеосом? Base-специфические шапероны присоединяются вблизи С-терминаьных доменов специфических базовых субъединиц. Эти субъединицы, Rpt1-6, формируют ATФазное кольцо на CP с её C окончаниями, вставляемыми в связывающие карманы в CP. Park et al. показали, что мутанты, которые лишены C-терминальных остатков Rpt субъединиц, накапливают свободные CP и свободные lid, как и в случае мутантов шаперонов. Эти и др. находки показали, что сборка основания зависит от взаимодействия с CP. Механическая связь между шаперонами и С окончаниями Rpt субъединиц показана Roelofs et al., которые показали, что base-специфические шапероны могут ограничивать доступ Rpt C окончаний к CP и что конкуренция между CP и шаперонами может объяснить высвобождение шаперонов из зрелых 26S протеосом.