Посещений:
НЕРВНЫЙ ГРЕБЕНЬ
Генетический контроль
|
Dynamic and Differential Regulation of Stem Cell Factor FoxD3 in the Neural Crest Is Encrypted in the Genome Marcos S. Simхes-Costa, Sonja J. McKeown, Joanne Tan-Cabugao, Tatjana Sauka-Spengler, Marianne E. BronnerPLoS Genet 8(12): e1003142. doi:10.1371/journal.pgen.1003142 |
The critical stem cell transcription factor FoxD3 is expressed by the premigratory and migrating neural crest, an embryonic stem cell population that forms diverse derivatives. Despite its important role in development and stem cell biology, little is known about what mediates FoxD3 activity in these cells. We have uncovered two FoxD3 enhancers, NC1 and NC2, that drive reporter expression in spatially and temporally distinct manners. Whereas NC1 activity recapitulates initial FoxD3 expression in the cranial neural crest, NC2 activity recapitulates initial FoxD3 expression at vagal/trunk levels while appearing only later in migrating cranial crest. Detailed mutational analysis, in vivo chromatin immunoprecipitation, and morpholino knock-downs reveal that transcription factors Pax7 and Msx1/2 cooperate with the neural crest specifier gene, Ets1, to bind to the cranial NC1 regulatory element. However, at vagal/trunk levels, they function together with the neural plate border gene, Zic1, which directly binds to the NC2 enhancer. These results reveal dynamic and differential regulation of FoxD3 in distinct neural crest subpopulations, suggesting that heterogeneity is encrypted at the regulatory level. Isolation of neural crest enhancers not only allows establishment of direct regulatory connections underlying neural crest formation, but also provides valuable tools for tissue specific manipulation and investigation of neural crest cell identity in amniotes
Рисунки к статье
|
Нервный гребень (NC) это временная популяция клеток, которая мигрирует по всему эмбриону и формирует множество различных типов клеток, включая нейроны и глию периферической и энтерической нервной системы, кости и хрящи черепно-лицевого скелета и меланоциты [1], [2]. Индукция нервного гребня нуждается в участии рада ростовых факторов, включая Wnts и BMPs, которые устанавливают пограничный регион нервной пластинки, который содержит проспективный нервный гребень. Этот регион характеризуется коллективной экспрессией ряда транскрипционных факторов, включая Msx1/2, Pax3/7 и Zic1, наз. генами границы нервной пластинки [3]. Впоследствии по мере нейруляции дополнительные транскрипционные факторы экспрессируются предшественниками нервного гребня, располагающихся внутри нервных складок и и в дорсальной части нервной трубки. Эти транскрипционные факторы наз. генами спецификаторами нервного гребня, они включают Sox9, FoxD3, Ets1, Snail1/2 и Sox10 среди прочих [2]. Регуляторные взаимодействия между генами границ нервной пластинки, генами спецификаторами нервного гребня генерируют сложную регуляторную сеть генов gene regulatory network (GRN), которая контролирует важные ступени онтогенеза нервного гребня, включая эмиграцию из нервной трубки, миграцию в соответ. места и дифференцировку во многие разные типы клеток.
Важной задачей является установление непосредственных связей внутри GRN нервного гребня. Напр., маркер границы нервной пластинки, Pax7, важен для экспрессии ряда разных генов спецификаторов нервного гребня [4], так что потеря его функции ведет к соотв. потере Sox10 и Snail2 в краниальном нервном гребне. Т.о., эти гены действуют ниже Pax7, благодаря непосредственным или косвенным взаимодействиям. В случае Sox10, регуляторный анализ выявил прямое влияние со стороны Sox9, Ets1 и Myb, но не Pax7 [5], указывая тем самым, что эффект потери Pax7 на экспрессию Sox10, скорее всего, непрямой. Возникает вопров, какие гены могут быть прямыми мишенями генов, подобных Pax7.
Из генов спецификаторов нервного гребня, FoxD3 является одним из первых маркеров премиграторного нервного гребня у большинства видов позвоночных, включая мышей, кур, Xenopus и рыбок данио [6]-[12]. Его инициальной экспрессии в нервной трубке предшествует экспрессия Sox10 и некоторые данные указывают на то, что FoxD3 является критическим для инициации каскада генов нервного гребня, который контролирует миграцию из нервной трубки. Напр., эктопическая экспрессия FoxD3 в нервной трубке кур индуцирует экспрессию маркеров нервного гребня и усиливает эмиграцию из нервной трубки [13]. Сходным образом эктопическая экспрессия у Xenopus на ст. 8 клеток увеличивает экспрессию маркеров нервного гребня, тогда как экспрессия доминантно-негативного FoxD3 снижает экспрессию генов, таких как Snail2, Twist и Ets1 [11] и уменьшает некоторые производные нервного гребня [9], [11], [14], [15].
Несмотря на его важную роль в стволовых и клетках нервного гребня, неизвестны регуляторные элементы, контролирующие начало экспрессии FoxD3. Чтобы определить связи и оценить непосредственные регуляторные взаимодействия в сети регуляторных генов нервного гребня с упором на возможные мишени для Pax7, мы попытались выявить цис-регуляторные регионы, критического гена нервного гребня, FoxD3. Принимая во внимание компактность генома кур и способность исследовать предполагаемые регуляторные регионы с помощью электропортации, мы идентифицировали два энхансера NC1 и NC2, которые обеспечивают экспрессию репортера различными пространственным и временным способами у эмбрионов кур, а в комбинации очень близко воспроизводят эндогенную экспрессию FoxD3. Детальный регуляторный анализ показывает, что инициальная экспрессия FoxD3 как в краниальном, так и туловищном нервном гребне нуждается в непосредственном импульсе от пограничных генов нервной пластики, Pax7 и Msx1/2. Эти факторы функционируют в комбинации с геном спецификатором в нервном гребне, Ets1, чтобы соединиться с краниальным NC1 регуляторным элементом. Однако на уровнях vagal/trunk, они действуют вместе с пограничным геном нервной пластинки Zic1, чтобы активировать энхансер NC2. Эти результаты не только выявляют активность регион-специфичного энхансера в нервном гребне, но и также расширяют GRN нервного гребня и информируют о непосредственных взаимодействиях внутри неё. Законсервированные у мышей и кур эти энхансеры представляют собой замечательные инструменты для исследования регуляции и манипуляций генов нервного гребня у амниот.
Discussion
Как было предположено для предполагаемой сети регуляторных генов [3], FoxD3 , по-видимому, является нижестоящим относительно генов спецификаторов нервной пластинки, таких как Msx1/2, Pax3/7 и Zic1. Косвенные подтверждения этому регуляторному соединению получены ранее. Мыши, нулевые по Pax3, лишены экспрессии FoxD3 в нервном гребне [13]. Нокдаун некоторых генов у Xenopus, включая Msx1, Pax3 и Zic1 ведет к потере экспрессии FoxD3 в нервном гребне [20]-[22]. Сходным образом нокдаун этих генов и других, экспрессируемых на границе нервной пластинки, у миног, приводит к потере экспрессии FoxD3 [23]. Напротив, неправильная экспрессия этих генов может индуцировать экспрессию FoxD3 и др. маркеров нервного гребня у Xenopus [20]-[22]. Однако мало известно о прямом соединении этих потенциальных вышестоящих транскрипционных факторов с регуляторной областью FoxD3, или о прямом помещении этих генов относительно FoxD3 внутри сети регуляторных генов нервного гребня. Важно учитывать, что FoxD3 может дифференциально регулироваться на разных осевых уровнях.
Multiple enhancers regulate dynamic FoxD3 expression in the neural crest
Наши результаты подтверждают, что экспрессия FoxD3регулируется в нервном гребне птиц с помощью , по крайней мере, двух энхансеров, которые управляют экспрессией в основном в разных пространственно-временных доменах (голова п противоположность vagal/trunk регионам), а также в разных субпопуляциях краниального нервного гребня. Энхансер NC1 активен в премиграторных и некоторых миграторных частях караниального нервного гребня, ростральнее R3, тогда как активность энхансера NC2 инициируется в виде одиночной непрерывной волны каудальнее ромбомера 4, включая область вагуса и туловищный регионы, но также позднее в субпопуляции клеток мигрирующего краниального нервного гребня. В нашем анализе консервативных регионов внутри локуса FoxD3 только эти два региона были способны обеспечивать паттерны экспрессии репортера, отражающие распределение в нервном гребне. Близость энхансеров NC1 и NC2 к кодирующей области FoxD3, воспроизведение эндогенного паттерна экспрессии FoxD3 с помощью комбинированной активности энхансеров и эффект манипуляций с вышестоящими регуляторами как на энхансеры, таке и эндогенную экспрессию FoxD3, строго подтверждают, что NC1 и NC2 действуют как энхансеры, регулирующие эндогенную экспрессию FoxD3 в нервном гребне.
Сравнение активности этих двух энхансеров с краниальным Sox10 энхансером Sox10E2 [5] впервые продемонстрировало, что существует динамическая регуляция множественных энхансеров в популяции клеток краниального нервного гребня. Мы наблюдали активность краниального NC1 энхансера первоначально ограниченную клетками дорсальной части нервной трубки; только позднее он активировался de novo в активно мигрирующих клетках нервного гребня, где его активность предшествовала таковой Sox10E2. NC2 активен только в немногих отсоединяющихся и эмигрирующих клеток краниального нервного гребня, но в большей части популяции мигрирующих клеток нервного гребня. Интересно, что отмечается лишь небольшое перекрывание активности NC1 и NC2 в краниальном нервном гребне, тогда как оба перекрываются с Sox10E2, который, по-видимому, активен во всех мигрирующих клетках краниального гребня.
Минимальное перекрывание активности NC1 с NC2 в популяциях клеток краниального нервного гребня открывает интересную возможность, что возможно регуляторное переключение энхансеров с NC1 на NC2 в эндогенном промоторе FoxD3, когда клетки располагаются внутри дорсальной части нервной трубки и/или эмигрируют. Такая конкуренция за промотор может происходить только если одиночный энхансер может быть функциональным в каждый данный момент времени на промоторе FoxD3. Если это так, то очень немногие клетки с двойным мечением, экспрессирующие NC1- и NC2-управляемый репортер, могут представлять собой perdurance eGFP белка скорее, чем действительные уровни активности энхансера. Обнаружение, что NC1 и NC2 энхансеры активны в общем-то в отдельных популяциях краниального нервного гребня, подтверждают, что краниальный нервный гребень представляет собой гетерогенную популяцию, даже когда клетки вычленяются из нервной трубки и эта гетерогенность может быть скрыта на регуляторном уровне.
Интересно предположить, что дифференциальная активность NC1 и NC2 в самостоятельных субпопуляциях может отражать дифференциальные клеточные судьбы и статус детерминации будущих производных нервного гребня. В соответствии с этой возможностью то, что активность NC1 и NC2 может отражать детерминацию в разные клоны, NC2 позднее активен в дорсальных корешках, происходящих из нервного гребня, и ганглии тройничного нерва, тогда как NC1 временно активен в бранхиальных дугах, но не в периферических ганглиях.
Активность NC2 в vagal и туловищном нервном гребне воспроизводит экспрессию эндогенного FoxD3 в премиграторных и миграторных клетках нервного гребня. Кроме того, FoxD3 сохраняется субнабором производных из нервного гребня [16]. В соответствии с этим обусловленный нокаут FoxD3 в клетках нервного гребня с использованием линии Wnt1-Cre, подтверждает, что FoxD3 необходим для поддержания предшественников нервного гребня и что его потеря склоняет их производные в направлении мезенхимной судьбы за счет нейральных производных [24]. Т.о., он, по-видимому, регулирует переключение между клонами neural/glia и меланоцитов [16].
NC2 не только активен в нейрональных производных, но и также управляет активностью клеток нервного гребня, мигрирующих вдоль дорсолатеральных путей, по которым мигрируют предшественники меланоцитов 24 ч спустя после миграции вентролатеральной популяции в ганглии. Клетки дорсолатеральной популяции обычно не экспрессируют FoxD3 [7]. Т.о., NC2, скорее всего, отсутствует в репрессорной области для пигментного клона, который присутствует в эндогенном регуляторном регионе. Фактически, эктопическая экспрессия FoxD3 в меланобластах ингибирует их миграцию по дорсолатеральному пути, тогда как подавление FoxD3 ведет к преждевременной дорсолатеральной миграции и усилению дифференцировки меланоцитов в культивируемом нервном гребне [7]. FoxD3 репрессирует транскрипцию Mitf, ключевого транскрипционного фактора, необходимого для развития меланоцитов [16], [25]. Наша находка активного энхансера в меланобластах подтверждает, что FoxD3 обычно репрессирован в меланобластах и эта репрессия не происходит в NC2 регионе. У рыбок данио мутанты по histone deacetylase 1 (hdac1), обнаруживаемая тяжелая потеря mitfa позитивных меланофор, может быть устранена за счет частичного уменьшения FoxD3; указывая тем самым. что hdac1 необходима для репрессии FoxD3 в меланофорах [25]. Пока неясно, является ли эта репрессия прямой или косвенной и если так, то законсервирована ли у др. видов.
At cranial levels, FoxD3 is regulated by Pax7 and Msx1/2 and Ets1, while trunk expression is dependent on Zic1
Современные результаты впервые установили прямую регуляторную связь между генами границ нервной пластинки, Pax7 и Msx1/2, и FoxD3, подтвердив, что он является непосредственной нижестоящей мишенью. Это подтверждает и обосновывает ранее полученне косвенные доказательства на Xenopus, миногах и мышах, и предоставляет дальнейшее подтверждение консервативной сети регуляторных генов в нервном гребне. Pax7 и Pax3 являются близко родственными паралогами, которые обнаруживают перекрывающуюся экспрессию и функцию [26]. Pax3 и Pax7 связывают идентичные связывающие домены ДНК и т.к. они обладают одинаковым сродством связывания paired домена, Pax7 обнаруживает более высокое сродство к гомеобоксному домену [27]. И Pax3 и Pax7 экспрессируются в развивающемся нервном гребне, но в перекрывающихся и отдельных регионах нервного грбеня и эти паттерны отличаются у разных видов. У мышей и Xenopus, Pax3 экспрессируется в премиграторном нервном гребне вдоль нейральной оси, а Pax7 ограничивается краниальным уровнем (и очень слаб у Xenopus) [13], [28], [29]. У кул и рыбок данио, Pax7 экспрессируется по всему развивающемуся гребню, тогда как экспрессия Pax3 в нервном гребне ограничена уровнями туловища у кур, и обнаруживается также на краниальных уровнях рыбок данио [4], [30], [31]. Доказательства, полученные на Xenopus, мышах и миноге подтверждают, что Pax3 и/или Pax7 необходимы для экспрессии FoxD3 и спецификации нервного гребня [13], [22]. У кур, Pax7, но не нокдаун Pax3 на стадии гаструлы снижает экспрессию спецификаторов нервного гребня [4]. Мышиные мутанты Pax3имеют фенотипические отклонения в нервном гребне и лишены экспрессии FoxD3 в нервном гребне туловища. Однако на краниальных уровнях, где экспрессируется Pax7 , экспрессируется также FoxD3 [13]. Pax7 мутантные мыши обнаруживают некоторые черепно-лицевые аномалии, но выживают [28], а воздействие Pax3/Pax7 комбинированного нокаута на нервный гребень не описано. Замена Pax3 на Pax7 восстанавливает развитие нервного гребня [26], подтверждая, что существует частичное перекрывание между Pax3 и Pax7 в нервном гребне мышей. У Xenopus, Pax3 необходим для экспрессии FoxD3 [22],а у миноги Pax3/7 ген сходным образом необходим для экспрессии FoxD3 гомолога FoxD-A [23].
Msx1 , как полагают, находится выше Pax3, FoxD3 и Snail2 во время индукции нервного гребня у Xenopus [21]. Потеря Msx1 или Msx2 вызывает черепно-лицевые аномалии [32], [33], тогда как комбинированная потеря вызывает крупные дефекты производных краниального нервного гребня, включая неправильное формирование паттерна и снижение размеров краниальных ганглиев, потерю, гипопластичность или уродства краниальных костей и конотрункальные аномалии [34]. Устранение FoxD3 в нервном гребне мышей с использованием Wnt-cre вызывает сходные фенотипические отклонения на краниальных уровнях; потеря или уменьшение многих черепно-лицевых структур, уменьшение размеров краниальных ганглиев, умеренные дефекты кардиального нервного гребня и также уменьшение размеров ганглиев дорсальных корешков и потеря энтерического нервного гребня [24]. Клетки краниального нервного гребня всё ещё способны подвергаться миграции в отсутствие FoxD3 или Msx1/2, но многие подвергаются апоптозу; у FoxD3 мутантов апоптоз обнаруживается в нервной трубке или во время миграции [24], а у Msx1/2 мутантов в ганглиях тройничного нерва и бранхиальных дуг[34]. Пока паттерн экспрессии FoxD3 у Msx1/2 мутантных мышей неизвестен ; однако значительное сходство между мутантами FoxD3 и Msx1/2 на уровне черепа подтверждает идею, что Msx1/2 находятся непосредственно выше FoxD3 в краниальном нервной гребне. Различия на краниальных уровнях между мутантными мышами могут отражать др. роли Msx генов, такие как развите нервной трубки и костей. Др. отличия между фенотипами подтверждают, что у мышей Msx1/2 не является критическим для развития нервного гребня на уровне туловища, в отличие от FoxD3. Хотя Msx транскрипционные факторы впервые были описаны как репрессоры транскрипции [35], всё увеличиваются доказательства их роли как активаторов транскрипции также [36], [37]. Наши результаты демонстрируют, что во время спецификации краниального нервного гребня птиц Msx1/2 действуют как коактиваторы транскрипции FoxD3.
Наши данные также показали, что Ets1 необходим для инициальной экспрессии FoxD3, поскольку электропортация Ets1 morpholinos во время гаструляции (на ст. HH5) снижает экспрессию FoxD3на ст. HH9. Напротив, доминантно-негативный Ets1 ингибирует миграцию нервного гребня, но не вызывает снижения экспрессии FoxD3 [38]. Изучение экспрессии FoxD3 и Ets1 с помощью гибридизации in situ показало, что Ets1 иFoxD3 экспрессируются одновременно в краниальном нервном гребне. Различия в результатах между этими двумя исследованиями, скорее всего, зависят от стадий, на которых нокдаун реагенты были эффективны, при этом результаты обнаруживают более раннюю роль Ets1.
Недавняя работа с Sox10E2 энхансером показала, что экспрессия Sox10 в краниальном нервном гребне контролируется Ets1, Sox9 и cMyb [5], [39]. Находка, что Ets1 участвует в активации как FoxD3 , так и Sox10 на краниальном уровне подкрепляет его потенциальную критическую роль в регуляции в краниальном нервном гребне в качестве фактора, который инициирует модуль спецификации сети регуляторных генов в нервном гребне. Интерсно, что эктопическая экспрессия Ets1 на уровне туловища продуцирует характеристики, сходные с краниальным нервным гребнем в клетках нервной трубки на уровне туловища; а именно, увеличивает вычленение нервного гребня независимо от фазы клеточного цикла [38]. Это указывает на то, что он играет критическую роль в возникновении различий в нервном гребне между головй и туловищем. Однако, консервация этой регуляции среди позвоночных ещё предстоит установить. Ets1 экспрессируется премиграторными и миграторными клетками краниального нервного гребня у мышей [40] и Xenopus [41]. Мыши, нулевые по Ets1, имеют дефекты в краниальном нервном гребне [40], [42]. Происходит ли компенсация Ets1 в краниальном нервном гребне за счет др. членов семейства, предстоит установить. Ets1 экспрессия в нервном гребне кур ограничена краниальными уровнями; R4 и более ростральными регионами [38], [43]. Интересно, что NC1 энхансер для FoxD3 не активен в R4, тогда как энхансер Sox10E2 активен в R6 [5], а Ets1 активен в R4, но не более каудально [38].
Хотя опубликовано мало информации относительно молекулярных игроков, участвующих в становлении более каудальных популяций нервного гребня, представленные результаты указывают на спецификатор границы нервной пластинки, Zic1, как на критический фактор в контроле экспрессии FoxD3 на уровнях вагуса и туловища. Zic1, как было установлено, необходим для экспрессии FoxD3 a в нервном гребне Xenopus [21], [22], где он, скорее всего, является партнером Pax3 в спецификации нервного гребня. Напротив избыточная экспрессия Zic1 вызывает экспансию доменов экспрессии FoxD3 и Snail2 [22], хотя неясно, происходит ли это в результате прямых или вторичных взаимодействий. Роль Zic1, как специфического активатора туловищного FoxD3, подтверждается данными по экспрессии (Simхes-Costa M., unpublished observations), указывая на более высокие уровни транскриптов Zic1 в vagal/trunk нейральных складках птиц, чем на уровнях черепа в начале экспрессии FoxD3. Наши результаты согласуются с комплементарными функциями Zic1 в спецификации туловищного и Ets1 краниального нервного гребня у эмбрионов птиц.
Yfcnjzott исследование расширяет количество известных регуляторных взаимодействий в регуляторной сети в краниальном нервном гребне, подтверждая непосредственную регуляцию FoxD3 с помощью Ets1. Мы также идентифицировали Zic1 в качестве ключевого игрока в закладке домена экспрессии FoxD3 в нервном гребне туловища. Некоторые др. гены, такие как Hairy2, Sox10 и Sox5, как полагают, регулируют экспрессию FoxD3 [44]-[46]; однако, остается определить, является ли регуляция этой экспрессии прямой или косвенной.
Differential control of head versus trunk neural crest
Хорошо известно, что онтогенетический потенциал клеток нервного гребня варьирует вдоль разных уровней нейральной оси. Химеры перепел/курица демонстрируют, что как пути миграции так и производные отличаются в зависимости от аксиального уровня, с которого эмигрировали клетки нервного гребня [47]. Напр., клетки краниального, но не туловищного нервного гребня обычно вносят вклад в кости и хрящи. Сходным образом клетки vagal нервного гребня вносят вклад в энтерическую нервную систему, тогда как др. популяции нервного гребня обычно не вносят [48].
Наши данные показывают, что входящие сигналы для FoxD3 в vagal/trunk регионе отличаются от таковых, действующих не краниальном уровне, подтверждая модель регион-специфической экспрессии FoxD3 (Figure 7). В то время как спецификатор границы нервной пластинки Zic1, по-видимому, является критическим входящим сигналом для активности NC2 в туловище, Ets1 является критическим для активации NC1 на краниальных уровнях. Как Zic1, так и Ets1 транскрипционные факторы, по-видимому, действуют сочетанно с Pax7 и Msx1/2, которые экспрессируются вдоль всей нейральной оси. Кстати, не найдено транскрипционных факторов, селективно экспрессирующихся в определенных регионах премиграторнрого нервного гребня. Однако, открытие специфических для черепа энхансеров для FoxD3 (this study) и Sox10 [5] четко указывает, что эти различия наследуемы на регуляторном уровне. Существование этих энхансеров подтверждает идею, что как пространственная, так и временная информация закодированы в геноме.
Figure 7. Model for differential regulation of FoxD3 in cranial and trunk neural crest cell populations.
FoxD3 expression is controlled by distinct inputs and enhancers at different axial levels. Ets1 is critical for activating NC1 at cranial levels, while the neural plate border specifier, Zic1, is required for NC2 activity in the trunk. Both Zic1 and Ets1 transcription factors appear to act in concert with Pax7 and Msx1/2 that are expressed along the entire neural axis.
doi:10.1371/journal.pgen.1003142.g007
|
Сайт создан в системе
uCoz