Посещений:
РАЗВИТИЕ ПАЛЬЦЕВ

Роль генов Hoxd

A function for all posterior Hoxd genes during digit development?
Saskia Delpretti, Jozsef Zakany, Denis Duboule
Developmental Dynamics Volume 241, Issue 4, pages 792–802, April 2012.

Background: Four posterior Hoxd genes, from Hoxd13 to Hoxd10, are collectively regulated during the development of tetrapod digits. Besides the well-documented role of Hoxd13, the function of the neighboring genes has been difficult to evaluate due to the close genetic linkage and potential regulatory interferences. We used a combination of five small nested deletions in cis, involving from two to four consecutive genes of the Hoxd13 to Hoxd9 loci, in mice, to evaluate their combined functional importance. Results: We show that deletions leading to a gain of function of Hoxd13, via regulatory re-allocation, generate abnormal phenotypes, in agreement with the dominant negative role of this gene. We also show that Hoxd10, Hoxd11, and Hoxd12 all seem to play a genuine role in digit development, though less compelling than that of Hoxd13. In contrast, the nearby Hoxd9 contributed no measurable function in digits. Conclusions: We conclude that a slight and transient deregulation of Hoxd13 expression can readily affect the relative lengths of limb segments and that all posterior Hoxd genes likely contribute to the final limb morphology. We discuss the difficulty to clearly assess the functional share of individual genes within such a gene family, where closely located neighbors, coding for homologous proteins, are regulated by a unique circuitry and all contribute to shape the distal parts of our appendages. Developmental Dynamics 241:792–802, 2012. © 2012 Wiley Periodicals, Inc.



Рисунки и таблицы в оригинале статьи
Развитие конечностей позвоночных активно исследуется последние 20 лет, благодаря доступности этой структуры, даже на ранних стадиях развития, возможности манипулировать с ними вручную и генетически, коллекции спонтанных мутаций и огромной генетической изменчивости, наблюдаемой среди тетрапод, прогрессу в понимании молекулярных механизмов и сигнальных путей (see reviews by, e.g., Allard and Tabin, 2009; Towers and Tickle, 2009; Zeller et al., 2009). Присутствие и роль сигнальных центров (ZPA и AER) в координации закладки передне-задней (AP) проксимо-дистальной (PD) осей в основном описано, также как и молекулы, которые обеспечивают эти функции (e.g., Zeller, 2010).
В частности, образование сегментов вдоль PD оси (от плеча до пальцев), обычно обозначаемое как "формирование проксимо-дистального паттерна," по-видимому, зависит от постоянного присутствия с самых ранних стадий, противоположно действующих сигнальных молекул, комбинация которых инструктирует определенные клетки относительно из судеб вдоль этой оси (Mariani et al., 2008; Cooper et al., 2011; Rosello-Diez et al., 2011), скорее, чем более детерминистический, клеточно-автономный процесс (Dudley et al., 2002; discussed in Tabin and Wolpert, 2007). Эти разные PD сегменты мечены экспрессией специфических гомеобоксных генов, таких как Meis1/2 для стилопод (плечо; Mercader et al., 2009) и двух членов семейства Hox генов, Hoxa11 для zeugopod (предплечье; Nelson et al., 1996) и Hoxa13 для autopod (кисть; Fromental-Ramain et al., 1996b).
Функция Hox генов во время развития конечностей позвоночных давно известна (reviewed in Zakany and Duboule, 2007), в особенности для генов, принадлежащих к HoxA и HoxD кластерам. В то время как Hoxd гены необходимы для собственно образования как AP, так и PD осей (Dolle et al., 1989; Tarchini and Duboule, 2006), Hoxa гены в основном влияют на механизм формирования PD паттерна. Их критическая функция вдоль PD оси продемонстрирована генетически, поскольку комбинации делеций как Hoxa11, так и Hoxd11,как было установлено, устраняют большую часть zeugopod (Davis et al., 1995), тогда как функциональное устранение Hoxa13 и Hoxd13 вызывает агенез autopod, наиболее дистальной части конечностей (Fromental-Ramain et al., 1996b; Kondo et al., 1997).
Эта последняя функция группы 13 Hox генов развитии пальцев была исследована особенно тщательно и было предположено, что она тесно связана с появлением autopods (в частности, пальцев) в ходе эволюции тетрапод (Sordino et al., 1995). Сравнительно недавно исследования экспрессии Hox генов у не модельных видов, выявили новые элементы и разные точки зрения на этот вопрос (see Wagner and Vargas, 2008; Shubin et al., 2009; Woltering and Duboule, 2010). С др. стороны, исследования регуляторных механизмов, лежащих в основе транскрипции Hoxd13 выявили его ключевую функцию в морфогенезе (и, следовательно, в идентификации) пальцев (Montavon et al., 2008; Wagner and Vargas, 2008). Эти исследования также подчеркнули существование сильного количественного компонента в этой системе (Montavon et al., 2008, 2011).
Экспрессия Hoxd13 во время раннего развития autopod сопровождается почти идентичным паттерном транскрипции для трех др. соседних Hox генов (Hoxd12, Hoxd11 и Hoxd10). Совместная экспрессия этих 4-х генов в одном и том же презумптивном домене пальцев, за исключением будущего большого пальца, где экспрессируется только ген Hoxd13, обусловлена специфической регуляторной модальностью, которая ведет к разделению функции удаленных энхансеров с помощью четырех смежных промоторов (Montavon et al., 2008), со снижением интенсивности от Hoxd13 к Hoxd10. Однако, довольно трудно оценить, выполняют или нет эти три соседних гена какую-либо функцию (сходную или отличную от таковой Hoxd13) во время развития пальцев, в точности обусловленную как их близостью к "регуляторному кластеру" , так и существованием перекрывающихся или компенсаторных механизмов в работе этого семейства генов. Т.к. классическая инактивация Hoxd13 проявляется в виде четких фенотипических отклонений в пальцах (Dolle et al., 1993; Davis and Capecchi, 1996), инактивация или Hoxd12 (Davis and Capecchi, 1996; Kondo et al., 1996) или Hoxd11 обнаруживает только минорные морфологические изменения в пальцах. С др. стороны, потеря функции Hoxd10 не обнаруживает видимого влияния на морфологию пальцев (Davis and Capecchi, 1994; Carpenter et al., 1997). Во всех этих случаях, однако, селекционная кассета покидала своё место внутри эндогенного локуса, что может мешать тонкой настройке регуляции (e.g., Olson et al., 1996).
Используя разные подходы, комбинированная инактивация в цис-положении показала, что Hoxd12 и Hoxd11 могут оказывать влияние на морфологию пальцев, поскольку тройная делеция в цис-положении от Hoxd13 до Hoxd11 транскрипционных единиц давала фенотип существенно более сильный, чем при инактивации Hoxd13 (Zakany and Duboule, 1996). Однако, впоследствии было показано, что удаленные гены скорее, чем инактивировать их с помощью инсерции ДНК, д. приводить к регуляторному перемещению, делая функциональные взаимодействия затруднительными. Напр., делеция гена Hoxd13 не вызывает строгих фенотипических отклонений в отличие от её инактивации за счет инсерционного мутагенеза, феномен, обусловленный конкурентной активацией Hoxd12, в делетированном домене, который и устраняет фенотипические отклонения (Kmita et al., 2002a). Следовательно, в отсутствие Hoxd13, ген Hoxd12 способен функционально его заместить. Однако, в том же исследовании избыточная экспрессия Hoxd11 не устраняла этот фенотип, вызыванный делецией как как Hoxd13, так и Hoxd12 (Kmita et al., 2002a).
Дополнительным параметром в этом контексте является то, что продукт Hoxd13 действует как доминантный негативный по отношению к соседним с ним генами, как показывают, напр., мутантные мыши Ulnaless, у которых избыточная функция Hoxd13 в предплечье фенокопирует эффект потери функции генов группы 11 (Davis et al., 1995; Herault et al., 1997). Следовательно, любое нарушение регуляции Hoxd13, или индуцируемое с помощью регуляторных re-allocations или за счет присутствия селектируемых маркеров в кластере генов, может приводить к фенотипу не связанному непосредственно с генетической модификацией, а обусловленное комбинированной потерей функции др. Hox генов.
В данной работе мы использовали набор делеций внутри кластера HoxD, чтобы попытаться оценить выполняют или нет задние Hoxd гены, помимо Hoxd13 функцию во время развития пальцев при физиологических условиях. Мы использовали делеции, где локус Hoxd13всегда оставался на своем месте, так что избегание фенотипических альтераций обусловливалось строгими регуляторными re-allocations др. генов (Kmita et al., 2002a; Montavon et al., 2008). Мы описали аномальные фенотипы у взрослых, используя проксимальные части конечностей и увязывали их с ранней избыточной функцией Hoxd13, даже если эта избыточная функция была временной и проявлялась очень рано. Аномалии пальцев однако возникали даже в отсутствие изменчивости транскрипции Hoxd13, указывая тем самым на истинную функцию задних Hoxd генов во время развития пальцев, даже для Hoxd10, чья инактивация с помощью инсерции ранее не выявляла подобного эффекта.

DISCUSSION


Из четырех Hoxd генов, экспрессирующихся скоординированным образом во время развития аутопода (Hoxd10-Hoxd13), только Hoxd13,как было установлено, выполняет существенно важную функцию, поскольку его инактивация c помощью инсерционной стратегии генерирует сильные фенотипические отклонения пальцев (Dolle et al., 1993; Davis and Capecchi, 1996). Мутации потери функции или Hoxd12 или Hoxd11 лишь слегка затрагивают окончания конечностей (Davis and Capecchi, 1996; Kondo et al., 1996). Кроме того, присутствие во всех этих аллелях селекционной кассеты вместе с их промотором приводит к определенному функциональному заключению о трудности обнаружения, связанного с потенциальными взаимодействиями, напр., с Hoxd13. Однако комбинированная инактивация в цис-положении Hoxd13, Hoxd12 и Hoxd11 делает дистальные фенотипические отклонения более тяжелыми, чем только инактивация Hoxd13 (Zakany and Duboule, 1996), указывая тем самым на существенную функцию или Hoxd12, Hoxd11 или обоих на продукции пальцев. Это заключение были повторно исследовано на фенотипах мышей, лишенных всего кластера генов HoxD (Spitz et al., 2001), которые, как и ожидалось, слегка более тяжелые, чем у мышей без только Hoxd13 - Hoxd11.
Однако классические мутации потери функции в этих "задних" Hoxd генов (инсерционные мутации, напр.) генерируют фенотипические эффекты, отличающиеся от тех, которые были получены после полной делеции того же самого локуса (Kmita et al., 2002a). Этот кажущийся парадокс был объясненни тем фактом, что делеция генов из кластера HoxD иногда ведет к перезамещению регуляции и следовательно, к избыточной функции соседних генов. Напр., делеция локуса Hoxd13 вызывает сильную избыточную активацию экспрессии Hoxd12 в развивающихся пальцах, который способен почти полностью компенсировать потерю функции Hoxd13 (Kmita et al., 2002a). Напротив, сходная избыточная функция Hoxd11 оказывает повреждающий эффект на морфологию пальцев, поскольку она запускает добавочные хондрогенные конденсаты. Кроме того, делеция всего кластера HoxD также включает такие гены, участвующие в формообразовании более проксимальных частей конечностей и поэтому она может вмешиваться в раннюю фазу экспрессии генов Hoxd (Tarchini et al., 2006), с потенциалом последующего воздействия на морфологию пальцев вне какой-либо связи со специфическими функциями генов Hoxd13-Hoxd10.
Мы наблюдали такие делеции задних Hoxd генов, которые не сопровождались избыточностью функции какого-либо соседнего гена, в частности, Hoxd13, поскольку последний,как было установлено, во многих примерах вызывает доминантный негативный эффект на функции др. Hoxd генов ("posterior prevalence"; Duboule and Morata, 1994). Соотв. клетки, экспрессирующие строго Hoxd13 , как было установлено ранее, теряют функцию, напр., группы 11 Hox генов (van der Hoeven et al., 1996), даже в присутствии нормальных количеств транскриптов Hox группы 11.
С помощью различных делеционных линий мы оценивали в данном исследовании некоторые, ведущие к ранней избыточной функции Hoxd13. Механизм, вызывающий эти избыточные функции, однако твердо следует определенной ясно очерченной логике; напр., del(9-12) вызывает сильную избыточную функцию Hoxd13, тогда как делеция del(10-12) не оказывает эффекта. Можно сделать вывод, что нечто ассоциирует в точками разрывов вблизи Hoxd10, предупреждая Hoxd13 от преждевременной активации (see Fig. 1). Однако, избыточная функция Hoxd12 при обеих делециях del(9-11) и del(10-11), подтверждает,что в данном случае точка разрыва Hoxd10 не влияет на избыточность функции каким-либо образом. Также все точки разрывов, расположенные непосредственно ниже Hoxd12, по-видимому, влияют негативно на транскрипцию этого последнего гена, подтверждая, что последовательности. участвующие в этом процессе д. быть расположены далее к теломере в кластере генов.
Теперь независимо от того как и где возникает преждевременная активация Hoxd13, она не поддерживается впоследствии. Это согласуется с наблюдением и с концепцией заднего превалирования, эта временная избыточная функциия транслируется в легкое укорочение длинных костей, преимущественно плечевых. Огромное большинство таких клеток, присутствующих в ранних зачатках конечностей у эмбрионов, начиная со ст. E9.5, в самом деле рассматривается, как детерминированное стать частью stylopod, т.e., проксимальных частей конечностей, из которых конденсируется и развивается плечо (see references in Tabin and Wolpert, 2007). Раннее пульсовое воздействие Hoxd13 может т.о., преимущественно затрагивать такие клетки и генерировать аномальный фенотип в отношении длины плеча. Соотв. при рождении радиальная и локтевая кости оказывались менее затронутыми, чем плечевая кость, лишь с незначительным, но достоверным уменьшением длины. Однако взрослые конечности обнаруживали сходное укорочение zeugopod, указывая тем самым, что рост и развитие костей конечностей может не следовать одной и той же динамике в разных частях конечностей. Было также показано, фенотипы костей при рождении могут не полностью отражать их состояние у взрослых. Поскольку не совсем ясно, как задние HOXD белки могут влиять на длину костей, их участие в формировании длинных костей посредством кортикальной оссификации хорошо изучено, также ка и их экспрессия в ростовой пластинке (Zakany and Duboule, 1996; Villavicencio-Lorini et al., 2010).
Интересно, что фенотипы, наблюдаемые при рождении, т.е. после аномальной транскрипции или Hoxd13 или Hoxd12 завершались, указывая на то, что негативный эффект этих белков не может быть скомпенсирован или скорректирован во время остальной части беременности. Точно также, если в результате чего-нибудь фенотипическое отклонение оказывалось усиленным у взрослых, по сравнению с новорожденными, скорее, чем ослабленным. Следовательно, короткий транскрипционный взрыв Hoxd13, происходящий на 9.5 день развития, будет влиять на клетки зачатка конечности способом, который будет поддерживаться в течение всего развития, вплоть до взрослой стадии. Одна из возможностей среди прочих заключается в том, что размер пула клеток, доступных для развития мезенхимных конденсатов, предшественников zeugopod, был редуцирован доминантно-негативным эффектом этого белка в противовес др. HOX белкам, необходимым для поддержания роста и возобновления пула. Во всяком случае, тот факт, что короткий взрыв эктопической экспрессии Hoxd13 может приводить к таким фенотипическим эффектам у взрослых, демонстрирует абсолютную необходимость в предупреждении его экспрессии в проксимальных частях развивающихся зачатков конечностей, по крайней мере, у тех тетрапод, у которых длинные zeugopod обнаруживают адаптивную ценность. С д. стороны, незначительная неправильная регуляция этого гена может быстро приводит к редукции zeugopod, морфологии, которая обнаруживается у многих тетрапод, напр., у тюленей.
Из всех трех делеций, использованных в данной работе, только del(10-12) не обнаруживала каких-либо следов преждевременной активации Hoxd13 в ранних зачатках конечностей. Соотв. размер плеча у взрослых был нормальным. Напротив, легкое укорочение наблюдалось для костей zeugopod (радиальной и локтевой), которые были очень близки к норме при рождении (98% от нормальной длины) и всё ещё достоверно короче у взрослых (96% от дикого типа). Это, скорее всего, обусловлено потерей функции и Hoxd10 и Hoxd11 в растущих конечностях. Функциональная инактивация каждого из генов в отдельности не вызывает какой-либо сильной редукции в размере радиальной и локтевой кости (Davis and Capecchi, 1994; Carpenter et al., 1997). Однако комбинированная инактивация Hoxd11 и Hoxa11 ведет к почти полной потере этих двух костей, указывая тем самым, что ключевой функциональный вклад вносит группа 11 Hox генов в построение zeugopod (Davis et al., 1995). Как и в большинстве др. проанализированных случаев эффекты, наблюдаемые в костях задних конечностях были сравнимы, хотя в целом и были менее выраженными.
Разнообразные эффекты этих делеций на морфологию пальцев служат примером уменьшения размеров как метакарпальной кости пальца II, так и первой фаланги (P1) пальца II (Table 1), которые повреждены у всех трех Hoxd11, Hoxd12, и Hoxd13 "обычных" мутантных мышей (Dolle et al., 1993; Davis and Capecchi, 1996). В этом случае, потенциальная избыточность функции Hoxd13 не должна вмешиваться, т.к. autopod , по крайней мере, частично тем самым местом, де этот ген обычно экспрессируется. Кроме того, изменчивость транскриптов Hoxd13 в некоторых из этих делеций едва заметно, если была вообще (Montavon et al., 2008). Сравнение между делециями del(10-12) и del(11-12) показало, что Hoxd10 , скорее всего, играет роль в присутствии Hoxd13 поскольку его эффект на на длину костей был при этом достоверно ухудшался. Сходным образом, сравнение между del(9-11) и del(9-12) подтвердило, что Hoxd12, в самом деле, участвует в росте пястных костей (на 10% короче, когда отсутствует Hoxd12). Поскольку Hoxd11, как было установлено, также влияет на развитие пальцев (Davis and Capecchi, 1994), то напрашивается вывод, что все четыре Hoxd гена повторно экспрессируются во время развития аутопода, участвуя в формировании финального паттерна.
Однако, как упоминалось выше, Hoxd10 не обнаруживает сопоставимого фенотипа, когда все остальные гены остаются функциональными (Carpenter et al., 1997), а потеря функции Hoxd12 вызывает минорные дефекты в пальцах II и V (Davis and Capecchi, 1996; Kondo et al., 1996). Это может быть обусловлено компенсаторным эффектом соседних генов, связанное с регуляторными re-allocations (Kmita et al., 2002a; Montavon et al., 2008). В этом случае, Hoxd10 и Hoxd12, в дополнение к Hoxd11, должны, в самом деле, обладать существенной функцией во время развития пальцев. Альтернативно, эти функциональные потребности могут быть выявлены только тогда, когда используются в искусственном, опосредованном физиологически, контексте. Др. словами, тот факт, что в наших мутантных условиях делеции как Hoxd11, так и Hoxd12 в цис-положении вызывают аномальные фенотипы пальцев даже в присутствии Hoxd13, не обязательно означает, что инактивация обоих генов в цис-положении (напр., путем внесения стоп кодона) будет давать тот же самый фенотип. Пока эти результаты дополняют те, что получаются, когда Hoxd13 делетирован вместе с соседними генами (e.g., Zakany and Duboule, 1996) это означает, что, скорее всего, все Hoxd12, Hoxd11 и Hoxd10 гены экспрессируются совместно в дистальных частях зачатка во время развития пальцев, участвуя в финальной морфологии, чтобы дополнить выдающуюся функцию Hoxd13.
Hoxd9, с др. стороны, который является последним геном серии, экспрессируемой во время развития пальцев, по-видимому, не играет роли в этом. Скорее всего, подобно дю. генам группы 9 Hox, он организует более проксимальные структуры, включая часть поля конечности (Xu and Wellik, 2011). Сравнение пар делеций с или без Hoxd9, таких как del(9-12) с del(10-12), или del(9-11) с del(10-11), не выявило каких-либо достоверных модификаций морфологии пальцев, что согласуется с отсутствием родственного фенотипа у мышей, мутантных по этому гену, даже при комбинации с аллелем Hoxa9 (Fromental-Ramain et al., 1996a). Это не удивительно, учитывая очень небольшое количество мРНК Hoxd9, обнаруживаемое во время развития пальцев, если сравнивать с мРНК Hoxd13, Hoxd12 или Hoxd11 (Montavon et al., 2008).