Слой миокарда, примыкающий к перикарду, образует тостый компактный мышечный слой. Некоторые миоциты образуют специализированные структуры, называемые трабекулами. Переходная зона называется губчатым слоем.Папиллярные мышцы соединяют створки атриовентрикулярных клапанов со стенкой желудочков. У мутантных эмбрионов мыши, гомозиготных по нулевому аллелю гена рецептора ретиноевой кислоты RXRα (Gruber et al.,1996) миокард желудочков часто и тяжело поврежден. Помимо гипоплазии компактного слоя и дефекта межжелудочковой перегородки,дефектов в губчатом и трабекулярном слоях миокарда часто (56%) наблюдается дисморфия папиллярных мышц.