Итак, очевидно, что пропущенные экзоны м. иметь терапевтическое значение, но вопросы остаются: как это м. индуцировать искусственно? Ответ получен при изучении японского пациента с DMD, у котрого в 52-bp frame-disrupting делеция в экзоне 19 обусловливает пропуск экзона 19 в транскрипте dystrophin
. Было предположено, что эта область м. содержать exon-recognition site (ERS) — известный также как exon-splicing enhancer (ESE) — которая является последовательностью богатой пуринами и котора янеобходима для корректного сплайсинга экзонов со слабыми splice-site консенсусными последовательностями
. Небольшой антисмысловой oligodeoxyribonucleotide (ODN) был изучен и был найден блок такой ERS последовательности, что подтверждено точным пропуском экзона 19 после трансфекции этого ODN в лимфобластоидные клетки человека
.
Exon skipping in the mdx mouse model. Возможность использования antisense oligonucleotides (AON) для индукции потенциально терапевтического пропуска экзона в DMD пре-мРНК продемонстрирована на
PRIMARY MUSCLE-CELL CULTURES от
mdx мышей
57. Мыши
mdx являются дефицитными по дистрофину благодаря нонсенс мутации в in-frame экзоне 23 (58; Table 2). В данном исследовании, 2'O-methyl-phosphorothioate AONs не были направлены против exon-internal ERS, а скорее против обоих сплайс-сайтов экзона 23. Пропуск этого экзона д. приводить к обходу нонсенс мутации и генерации in-frame транскриптов с небольшой внутреннеё делецией. Сплайсинг был успешно модулирован, используя AON, который был специфичным к 3' splice сайту интрона 22. Однако экзон 22 оказался сплайсированным вплоть до экзона 30, это указывает на то, что механика сплайсинга м.б. затронута более серьёзно. Такой транскрипт, который также оказался in-frame, обнаруживался на низких уровнях и делал возможным синтез белка дистрофина, который обнаруживался в ~1% трансфицированных
mdx мышечных трубок. В последующих исследованиях структура AONs была нацелена на сплайс-сайты экзона 23 и дала обнадёживающие результаты
59-61. AONs, которые были комплементарны 5' сплайс-сайту интрона 23 (который находится ниже экзона 23) как было установлено, более специфичны и эффективны, с минимальной эффективной дозой
in vitro менее 5 nM
61. При более высоких дозах до 300 nM, возникал паттерн альтернативного сплайсинга, который пропускал экзоны 22 и 23 (an out-of-frame combination). Эта область известна тем, что имеет альтернативные паттерны сплайсинга как в контрольных, так и
mdx клетках
62, a AONs м. усиливать такие локальные паттерны
63. Это м.б. объяснено с помощью AON-индуцированных нарушений локальной конфигурации пре-мРНК, это, в свою очередь, м.останавливать
SPLICEOSOMAL COMPLEX и заставляеть его устранить блокаду за счёт ligating non-sequential сплайс-сайтов. Несмотря на это, пропуск одиночного экзона 23 продуцирует значительные уровни дистрофина в обработанных мышечныхх трубках
mdx. Более того, недавно установлено, что
mdx мыши после внутримышечного введения эффективного для 5' сплайс-сайт AON, даёт почти нормальные уровни дистрофина почти полной длины в большинстве мышечных трубок, это улучшало функцию мышц
64. Хотя этот эффект был оптимальным в течение 2–4 недель, дистрофин всё ещё обнаруживался спустя 3 мес. после инъекции.
Exon skipping in human DMD muscle cells. Первые доказательства терапевтического эффекта пропуска экзона в мышечных клетках от пациентов с DMD получены в исследовании, направленном на экзон 46 (65). Делеция одиночного экзона 45 составляет ( ~7%) среди наиболее частых мутаций, вызывающих DMD согласно базе данных по DMD (см. Leiden muscular dystrophy pages in online links box). Специфический AON-индуцированный пропуск экзона 46 достигнут в мышечных клетках от двух пацииентов с делецией экзона 45, с помощью таргетинга exon-internal ESE-подобных последовательностей, которые были pre-selected с помощью
in vitro binding assay. При эффективности пропуска только в ~15%, рамка считывания восстанавливалась и инлдуцировался синтез дистрофина в более чем 75% трансфицированных мышечных трубок. Более того, существенные уровни дистрофина проявлялись в накоплениии белка. Т.к. пациенты с BMD с делецией экзонов 45–46 имеют довольо слабый фенотип, то такой белок д. обнаруживать терапевтический жффект на пациентов DMD с делециями экзона 45.
После выявления рада мутаций, вызывающих DMD становится ясным, что пропуск любого данного ээкзона м. оказаться эффективной генотерапией для многих различающихся мутаций (Table 3). Напр., пропуск экзона 51 д. восстанавливать рамку считывания у пациентов, которые несут делецию в экзонах 45–50, 47–50, 48–50, 49–50, 50, 52 или 52–63, которые в целом составляют до 17.5% от всех DMD пациентов. В самом деле пропуск только 12 различных экзонов м. бы теоретически скорректировать почти 75% из всех делеций (Table 3). В последующих исследованиях мы воздействовали на 21 DMD экзоны, которые были выбраны благодаря своей способности корретировать большинрство известных DMD делеций
63 (J.C.T.D., unpublished data). Два AONs были разработаны для экзона — все направлены на exon-internal последовательности (но не обязательно все были ESE-подобными) — которые как предполагалось имеют частично открытую вторичную РНК структру при 37°C. Их соединение с последовательностями-мишенями
per se как предполагалось будет менять вторичную exon pre-mRNA структуру, достаточную для предупреждения выбора экзона для его включения. Пилотные эксперименты на нормальных мышечных клетках человека выявлили набор AONs, которые эффективно обеспечивали пропуск 20 из 21 экзона-цели: экзоны 2, 8, 17, 19, 29, 40–46, 48–53, 55 и 59. Это указывает на то, что большинство экзонов в гене dystrophin является 'skippable', и что пропуск экзона м. б. применён к большинству мутаций (>75%), включая делеции, дупликации и нонсенс мутации in-frame экзонов.
Широкий терапевтический потенциал AONs продемонстрирован на культуре мышечных клеток от DMD пациентов, котоые имели разные делеции
66 (напр., экзоны 45–54) (Рис. 2). Во всех случаях, экзоны-цели специфически пропускались и на довольно высоком уровне до ~90% (как на Рис. 3a), при этом индуцировался синтез существенных уровней дистрофина в более чем 75% обработанных клеток (Рис. 3b,c). Эти дистрофины локализовались в соответствующей сарколемме и восстанавливали dystrophin–glycoprotein комплексы, это строго подтверждало восстановление функции.
В параллельном исследовании, которое было нацелено на сплайс-сайт экзона 51, было достигнуто более постоянное обхождение делеции экзонов 48–50
67. В этом случае антисмысловые последовательности были клонированы в small nuclear RNAs (snRNAs), которые вводили в культививруемые мышечные клетки с помощью рекомбинантных ретровирусов. Малы интегрированные 'factories' были внесены, которые затем стабильно и эффективно продуцировали антисмысловые последовательности. Конструкция, нацеленая на оба сплайс-сайта экзона 51, была особенно эффективна в индукции пропуска более чем в 60% клеток, в которые вносился синтез нового укороченного дистрофина.
Perspectives. Хотя пропуск экзонов является мутация-специфической терапией, важным внутренним преимуществом по сравнениюю с обычной генотерапией является то, что одновременно корректируются все изоформы дистрофина. Он также сохраняет исходную ткане-специфичную регуляцию генов. Более того, AONs являются малыми сиквенс-специфическми и синтетическими и поэтому относительно безопасны. Хотя имеющиеся результаты указывают на кратковременный терапевтический потенциал, некоторые параметры необходимо оптимизировать для клинического использования.
Одним из таких параметров является выбор последовательности-мишени. Т.к. экзон м.б. включен в мРНК только, которые и являются мишенями для AONs. Однако
mdx исследования показали, что структура AONs, которые находят сплайс-сайты, д.б. критической. Напротив, стратегии, которые нацелены на последовательности внутри, взаимодействуют с выбором экзона для включения до сплайсинга: процесс, который ещё недостаточно изучен. Подтверждено, что вторичная структура экзона в пре-мРНК играет критическую роль для того, чтобы экзон был включен. Накапливаются доказательства, что жкзонные сигналы иные, чем ESEs участвуют в сплайсинге
55. Если эта теория верна, то нацеленные на внутренние последователности AONs м. менять этот структурный сигнал для включени на ранней стадии, не нарушая действительный процесс сплайсинга. Эффективность большинства из AONs, которые были предназначены для 20 разных экзонов указывает на то, что таргетинг частично открытых структур в экзонах даёт больший выбор для создания AONs, с небольшими ограничениями по длине и составу оснований. Таргетинг внутренних последовательностей экзонов м. также обеспечивать более высокий уровень специфичности, чем консенсусные последовательности сплайс-сайтов, и м. уменьшать риск аберраций неспецифического сплайсинга. Более того в недавнем сравнительном исследовании ESE в экзоне 19 было показано существование более чувстительной мишени для AON-индуцированного пропуска экзона, чем фланкирующие сплайс-сайты
68. Низкие концентрации AON, необходимые для индукции пропуска экзонов, также снижают этот риск.
Др. параметром является создание антисмыслового лекарства. В больширнстве упомянутчх исследований используются 2'O-methyl-phosphorothioate oligoribonucleotides. Химические модификации антисмысловых молекул обеспечивают их резистентностью к клеточным endonuclease и неспособностью индуцировать
RNaseH-активность. Однако phosphorothioate модификации фосфатнного костяка м. вызывать токсические и/или не-антисмысловые побочные эффекты в клетках
69,70. Недавние успехи в технологии создания AONs включают и модификации сахаров или остова, что м. улучшить их сиквенс-специфичность, резистентность е эндонуклеазам, сродство к РНК-мишеням, клточному потреблению и
PHARMACOKINETIC PROFILE. Итак, альтернативно модифицированные AON аналоги, такие как locked nucleic acids (LNAs)
71, peptide nucleic acids (PNAs)
72 и morpholinos phosphorodiamidate oligomers
73 сейчас оцениваются
74.
Третий параметр это создание надежной и эффективной системы доставки. Это зависит от химических характеристик избранных антисмысловых лекарств. Proof-of-principle исследования, такие как у Lu и др.
64, первоначально использовани внутримышечные инъекции AONs. Однако для клинического использования предпочтительней менее инвазивная система. Изучение системной доставки AONs у мышей показало, что только 5% оригинальной дозы достигает мышечной ткани
75,76. Итак, высокие дозы или мышце-специфическое введение.
New strategies: utrophin upregulation
Dystrophin имеет гомолог, наз. utrophin
77. Ген utrophin (
UTRN) картирован на хромосоме 6q24 и содержит 74 экзона, которые занимают свыше ~1 Mb
78. Хотя общая геномная длина гена utrophin составляет лишь треть от таковой гена dystrophin, его транскрипт (в 13 kb) почти столь же велик (Рис. 1). Dystrophin и utrophin очень сходны и возможно происходят из одного источника в результате удвоения
79. Одинаково с dystrophin, utrophin состоит из actin-связывающего N-терминального домена, центрального суперскрученного палочковидного домена и C-терминального домена, который взаимодействует с dystrophin–glycoprotein комплексом
80 (Рис. 1). Наиболее существенным различием является в том, что у него отсуствуют spectrin-подобные повторы 15 и 19,и две шарнирные области dystrophin
81.
Utrophin экспрессируется повсеместно в большинстве тканей — наиболее выражен в лёгких, кровеносных сосудах и нервной системе. В мышцах его локальная экспрессиия зависит от созревания: в мышцах плода он первоначально диспергирован по всей
SARCOLEMMA, в ходе развития он постепенно замещается дистрофином
82 , а в зрелых мышцах он локализуется только в нейромышечных и мычечносухожильных соединениях
83. В постсинаптической мембране нейромышечных соединений utrophin ко-локализуется с
ACETYLCHOLINE рецепторами и как полагают, выполняет структурную и функциональную роль в дифференцировке и поддержании доменов постсинаптических мембран
84,85. Напротив, в регенерирующих мышцах DMD пациентов,
mdx мышей aи dystrophin-дефицитных кошек utrophin обнаруживается активированным и перераспределенным в сарколемме
86-88. Это наблюдение ведет к гипотезе, согласно которой utrophin м. иметь комплементаруню, а также защитную роль в дистрофических мышцах. Подтверждение этой гипотезы получено от мышей, дефицитных по utrophin–dystrophin, у которых обнаруживается тяжелая прогрессирующая мышечная слоабость, аномалии нейромышечных и мышечносухожильных соединений и преждевременная гибель
89, 90. Фактически это лучшая модель для DMD изучения генотерапии, чем мыши
mdxкоторые физически менее затронуты.
Utrophin to treat dystrophin deficiency. Исследования на
mdx мышах показали, что возможность активирования utrophin для лечения DMD. Высокая экспрессия укороченного трансгена utrophin в сарколемме заметно уменьшает дистрофическую патологию внутриклеточный гомеостаз кальция и улучшает механические свойства мышц
901,92. Более того, аденовирусная доставка мини-utrophin восстанавливает dystrophin–glycoprotein комплексы, уменьшает количество фибрилл с центрально расположенными ядрами и тем самым нормализует дистрофический фенотип у трёх животных моделей DMD
93-97. Эмкспрессия мРНК полной длины utrophin у трансгенных
mdxмышей дает ещё лучшие, несмотря на то, что уровень экспрессии составлял 50% от нормального эндогенного уровняs
98,99. В купе с данными, которые показали, что неспецифическая избыточная экспрессия utrophin полной длины не обладает токсическим эффектом в широких кругах тканей
100,эти результаты указывают на то, что активация utrophin не нуждается в строгом контроле и тканевой специфичности.
Targeting the utrophin promoters. Два промотора (A и B) контролируют экспрессию
101-103 полной длины utrophin A и B, соотв. (Рис. 4). Вышестоящий промотор A расположен в
CpG ISLAND на 5' конце гена и содержит несколько предполагаемых сайтов связывания для транскрипционных факторов Sp1, Sp3 и Ap2, которые управляют конституитивной транскрпицией с этого промотора
101,102. Он содержит также E-box, который связывает миогенные факторы, такие как MyoD, MyoG и MRF4 (104,105), которые регулируют utrophin мышце-специфическим способом. manner.
Др. важным элементом в промоторе A является N-box. В соответствии с его функцией в acetylcholine субъединице и гене esterase этот мотив ответственен за синапс-специфическую экспрессию utrophin
106,107. Транскрипция с промотора A регулируется путём взаимодействия этого N-box с nerve-derived транскрипционным и ростовым факторами
108-111. В самом деле, обработка культивируемых мышечных трубок agrin, L-arginine, nitric oxide (NO) или hydroxyurea, и
in vitro и
in vivo, увеличивает уровни utrophinв сарколемме
18,112 (Рис. 4). Сходным образом избыточная экспрессия ростового фактора heregulin или Ets-родственного транскрипционного фактора GA-binding protein (GABPα/β) в культивируемых мышечных трубках обусловливает N-box-зависимое увеличение экспрессии utrophin
109,110.
Исследования, подбные этим, не только вносят вклад в понимание регуляторных механизмов, которые контролируют временную и пространственную экспрессию utrophin, но и идентифицируют также потенциальные мишени для (малых) фармакологических соединений, чтобы увеличить экспрессию utrophin. Искользуя конструкции utrophin promoter–репортерный ген, Davies и др. скринировали библиотеки, чтобы идентифицировать соедирнения, которые м. существенно усилвать экспрессию utrophin-A, посредством ещё неизвестных путей. Однако несмотря на многолетние усилия, эти исследования не выявили какого-либо кандидата-лекаарства. Напротив, недавно было показано, что glucocorticoids вызывают повышение уровней белка utrophin
113.
Более дистальный промотор B расположен в большом втором инитроне гена
103 (Рис. 4). Он не сожержит N-box, a , следовательно, не контролируется синаптическим факторами. Utrophin промотор B, как полагают, ответственен за присутствие внесинаптических utrophin транскриптов, которые обнаруживаются в мышцах
114. Фактически использование антител, которые специфичны для utrophin A и B (открывает снова их уникальные N-концы), так недавно было показано, что utrophin B экспрессируется во всех различных тканях специфически в сосудистых эндотелиальных клетоках
115. Эти исследованания показывают также, что utrophin A (который экспрессирутся в нейромышечных соединениях, хороидном сплетении, pia mater и почечных гломерулах), но не utrophin B, объясняет увеличение уровней utrophin в dystrophin-дефицитных мышцах
115. Utrophin B регулируется с помощью др. механизма по сравнению с utrophin A, a использование разных регуляторных элементов м. обеспечивать альтернативные мишени. Промоторная область содержит предполагаемые связывающие сайты для различных транскрпиционных факторов и одинаково с др. эндотелиальными генами он трансактивируется с помощью Ap1, Ets и GATA-2 (116, 117). Однако необходимо установить, м. ли utrophin B замещать dystrophin в дистрофичных мышцах, т.к. все исследования на
mdx мышах проводились с трансгеном utrophin A.
Perspectives. Идея замещения отсутствующего или дисфункционального дистрофина утрофином, как функционально, так и локально, уникальна и открывает многообщающие терапевтические возможности для DMD. Усиление экспрессии utrophin имеет несколько преимуществ по сравнению dystrophin-based терапией. Т.к. utrophin не является neo-антигеном он вряд ли будет индуцировать иммунное отторжение. Более того, первые исследования показали, что отсутсвие кратковременных повреждающих эффектов от избыточной экспрессии подной длины, это указывает на то, что сторогий контроль за терапевтическим эффектом необязателен. 2-3-кратное усиление экспрессии utrophin оказывает достаточный терапевтический эффект, чтобы уменьшить патологию дистрофических мышц. Наконец, усиление активности utrophin фармакологическими соединениями д.б. довольно безопасным и делает возможным более прямое системное лечение, которое достигает всех мышц. Т.к. utrophin A, но не B, замещает dystrophin в скелетных мышцах, то вышестоящая промоторная область, по-видимому, является более пригодной мишенью для усиления активности. Хотя и охарактеризованы некоторые ростовые и транскрипционные факторы как эффективные активаторы промотора A, всё ещё остаётся задача по идентификции лакарств, которые окажутся достаточно utrophin-специфичными, чтобы устранять вооозможные побочные эффекты. В будущем возможно будут идентифицированы дальнейшие регуляторные элементы в гене в качестве потенциальных мишеней для этой стратегии
118.
The future of DMD therapy
As with other monogenic diseases, the initial high hopes that identifying the gene responsible for DMD would rapidly bring rational therapy have been dampened. However, steady progress in understanding the gene and its function has pointed to several innovative therapeutic strategies. It now seems reasonable to expect that the next decade will see great advances in this field. Considering its efficiency and relative simplicity, the antisense approach seems the next candidate (and probably the most promising so far) for clinical trials. Indeed, would it not be fitting if the unique characteristics of DMD — the large size of the gene, the complexity of its processing and the intriguing milder BMD — were also to lead to an initial version of its therapy?