Посещений:
микро-РНК
Роль в диагностике и терапии
Can microRNA become next-generation tools in molecular diagnostics and therapeutics? A systematic review Vandana Saini, Rajni Dawar, Shilpa Suneja, et al. Egyptian Journal of Medical Human Genetics volume 22, Article number: 4 (2021)
|
|
MicroRNAs (miRNAs) являются однонитчатыми некодирующими молекулами РНК в 21–25 нуклеотидов, которые играют важную роль в регуляции экспрессии генов. После открытия первой miRNA, lin-4, у Caenorhabditis elegans в 1993, ещё несколько miRNAs были открыты после недавнего использования технологии высоко-производительного секвенирования и компьютерных и биоинформационных прогностических методов [1, 2]. miRNAs играют жизненно важные роли в регуляции разных процессов, включая пролиферацию клеток, апоптоз, метаболизм жира, гематопоэтическую дифференцировку и регуляцию иммунной системы [3]. Аномальная экспрессия miRNA оказывает выраженное воздействие на широкий круг болезней людей, таких как шизофрения, диабет, рак и инфекции, а также аутоиммунные болезни 4]. Недавнее исследование пролиферирования экспрессии miRNA показало, что она клинически важна для диагностики, оценки прогрессирования и исходов определенных болезней [5].
Study selection process using PRISMA
Biogenesis and gene regulation
Необходимо прежде всего понять современные концепции механизмов miRNA-обеспечиваемой регуляции генов, чтобы выяснить возможные сайты мишени для молекулярной диагностики и терапии. Предшественники miRNA преимущественно обнаруживаются в кластерах в межгенных регионах и интронах белок-кодирующих генов [8, 9]. Большинство miRNAs транскрибируются с помощью RNA polymerase II, вследствие чего, эти первичные miRNAs (pri-miRNAs) подвергаются преобразованию с помощью микропроцессорного комплекса, состоящего из RNA-связывающего белка DGCR8 и энзима ribonuclease III, Drosha, чтобы сформировать предшественники miRNAs (pre-miRNAs). Их транспорт в цитоплазму осуществляется с помощью комплекса exportin 5/RanGTP для дальнейшего преобразования с помощью цитоплазматической RNase III эндонуклеазы Dicer, чтобы сгенерировать зрелую дуплексную miRNA [10]. Наконец, дуплексная miRNA инкорпорируется в белки семейства Argonaute (Ago) , чтобы создать эффекторный комплекс. Обычно одна нить miRNA (известная как passenger нить) деградирует, тогда ка др. Нить остается связанной с Ago в качестве зрелой miRNA (guide нить). Недавно установлены неканонически пути биогенеза miRNA, которые могут быть сгруппированы в Drosha/DGCR8-независмый и Dicer-независимы пути [11,12,13]. miRNAs взаимодействуют с комплементарными последовательностями, наз. miRNA response elements (MREs), обычно в 3' UTR их мРНК мишени, чтобы индуцировать репрессию или деградацию [14, 15]. Усиление активности некоторых специфических генов может увеличивать загрузку MRE определенной miRNA, тем самым происходит секвестрация, так что miRNA делает отличной от др мРНК [16, 17]. Эта концепция может быть использована также для терапевтических вмешательств. Вследствие воздействия miRNA: происходит взаимодействие с мРНК мишенью, стартует формирование RNA-induced silencing complex (RISC) , сопровождаемое рекрутированием белков семейства GW182 и др. эффекторных белков, сопровождаемое деградацией с помощью exoribonuclease [18]. Большинство исследований сконцентрировано на том, как miRNAs подавляют экспрессию генов, некоторые также сообщают об обусловленной microRNA активации трансляции с вовлечением AGO2 и FXR protein 1 вместо белков семейства GW182 [19]. Биогенез miRNA и обеспечиваемая с помощью miRNA направленная регуляция мРНК мишени представлены на Fig. 2.
Fig. 2
Biogenesis of miRNA and formation of RISC leading to regulation of target mRNA by miRNA
Растут доказательства, подтверждающие, что внеклеточные miRNAs действуют как межклеточные сигнальные молекулы и могут активировать нижестоящие сигнальные события, приводя в конечном итоге к биологическим функциям. miRNAs присутствуют почти во всех жидкостях тела, таких как сыворотка, спинномозговая жидкость, слюна, молоко молочных желез, моча, слезы, молозиво, перитонеальная жидкость, бронхиальный лаваж, семенная жидкость и жидкость овприальных фолликулов. Эти циркулирующие miRNAs ассоциированы с экзосомами, микро-пузырьками и апоптическими телами или связаны с защитными белками, которые обеспечивают им стабильность при комнатной температуре вплоть до 4?дней, и при исключительных состояниях, таких как кипение, многие циклы замораживания-оттаивания и высоком или низком pH. Следовательно, они обладают огромным потенциалом служить в качестве выдающихся биомаркеров для разных болезней [20].
Oncogenic and tumor suppressor miRNAs
В последнюю декаду были распознаны многие miRNAs в качестве нарушителей при многих болезненных состояниях, особенно при раке. Теперь доказано, что аберрантная экспрессия miRNA очень сильно влияет на сигнальные пути, связанные с раковыми опухолями, такие как клеточная пролиферация, контроль клеточного цикла, апоптоз, дифференцировка, миграция и метаболизм [21, 22]. Значительное количество miRNAs было отнесено к категории онкогенов или опухолевых супрессоров. Тем не менее, определение определенного гена miRNA как онкогена или опухолевого супрессора затруднительно, поскольку паттерны их экспрессии являются тканеспецифическими. Более того, одиночная miRNA может регулировать множественные мишени, контролируя разные сигнальные пути [23]. Т.о., функциональный статус miRNA может меняться в зависимости от обстоятельств, как опухолевый супрессор в одной ситуации и онкоген в др.
miR-21 была первой онкогенной miRNA она характеизвовалась универсальной избыточной экспрессией во многих злокачественных опухолях, таких как глиобластома и рак груди, толстого кишечника и рак поджелудочной железы [24]. Недавно было установлено, что miR-21 репрессирует 4 гена опухолевых супрессоров, способствуя трансформации клеток, росту опухоли, инвазии и метастазированию [25-27]. Сходным образом, miR-155 обнаруживает высокую экспрессию в определенного типа B клеточных лимфомах, реке груди, легких, шейки матки и толстой кишки [28-30]. miR-21 и miR-155 исследуются как многообещающие терапевтические мишени для контролирования канцерогенеза [31]. На др. конце спектра находятся потери супрессирующего опухоли действия miR-15a и miR-16-1 при хроническом лимфолейкозе и множественной миеломе и let-7 при раке легких и груди [32]. В этих случаях, miRNA заместительная терапия используется для восстановления функции потерянных miRNAs в болезненных клетках [33].
Атипическая экспрессия miRNA может быть также результатом изменения активности транскрипционных факторов в раковых клетках. Классическим примером является транскрипционный фактор Myc, который соединяется с промотором miRNA и приводит к подавлению miRNAs, таких как let-7, miR-15a/16-1, miR-26a и miR-34 членов семейств, обладающих анти-пролиферативными и про-апоптическими активностями [34, 35]. Транскрипционный фактор p53, обычно известен как защитник генома, но он мутантен в 50% раковых опухолей у людей. Чтобы исчерпать список транскрипционных мишеней для p53 в него следует включить miRNAs, такие как семейство miR-34, miR-107, miR-200, и miR-192, которые ингибируют туморогенез [36, 37]. Это, в свою очередь, ещё больше усиливало роль p53 как опухолевого супрессора.
Scope of miRNA-based diagnostics and therapeutics in human diseases
miRNA важны в области диагностики и терапии. Благодаря регуляторной роли miRNAs в патологических процессах они участвуют в многочисленных болезнях, они постепенно начинают вы как потенциальные мишени в разных областях, таких как раковые опухоли, сердечно-сосудистые заболевания, инсульты и нейрологические нарушения, такие как болезнь Альцгеймера , множественный склероз и вирусные инфекции [38, 39]. Хорошо известен факт, что эти циркулирующие биомаркеры являются довольно стабильными в сыворотке и др. жидкостях тела. Они термодинамически сохраняются при экстремальных условиях и могут быть обнаружены с помощью нескольких техник [40]. Более того, miRNAs вполне сохраняются в тканях, фиксированных формалином. Профилирование их экспрессии более благонадежно, чем профилирование мРНК во время классификации разных типов опухолей, также как идентификации метасатазирующих раков с неизвестным первичным источником [41-44]. Asuragen, пионерская фармацевтическая компания, начала первой производить базирующиеся на miRNA диагностические тесты для дифференцировки между раком поджелудочной железы и панкреатитом [45]. Идут клинические испытания по разработке нацеленных на miRNA лекарств для разных болезней [46].
miRNAs в качестве диагностических и прогностических маркеров болезней человека
Список miRNAs, которые могут быть использованы в качестве потенциальных биомаркеров при разных болезнях неистощим. Исследования подтвердили, что члены семейств miR-30a, miR-126, miR-145, miR-122, miR-221, miR-223 и let-7 могут быть использованв в качестве реальных маркеров для ранней диагностики ишемических инсультов. Более того, miR-124-3p и miR-16 являются потенциальными диагностическими маркерами для дискриминации между геморагическими и ишемическими инсультами [47]. Профиль экспрессии miR-30, как было установлено, также изменяется у пациентов с острым инфарктом миокарда [48]. Повышенные уровни в кровообращении hsa-miR-133b могут указывать, что пациенту необходима безотлагательная реваскуляризация коронарных сосудов [49]. Панель циркулирующих в кровообращении miRNAs (hsa-miR132-3p, -150-5p, and -186-5p) позволит дифференцировать между пациентами со стабильной или нестабильной грудной жабой [50]. Определенные тромбоциты, богатые miRNAs, могут в перспективе быть использованы в качестве биомаркеров при кардиальных аритмиях, особенно при фибрилляции предсердий [51]. Профилирование экспресси и miRNA может предоставлять ценную информацию о эффективности выбранного лекарственного режима, особенно при раке. Высокий уровень экспрессии miR-21 ассоциирует с плохим терапевтическим исходом у пациентов с аденокарциномой толстого кишечника, получающих fluorouracil-based химиотерапию [52]. MicroRNA-181a может служить в качестве нового диагностического и прогностического показателя для мониторинга вовлечения ЦНС у детей с острой лейкемией [53].
miR-132 играет важную тонко контролируемую роль в физиологической регуляции уровня renin и тем самым регулирует гомеостаз электролитов и объема крови [54]. Обнаружена также существенная роль miRNAs в патогенезе многих аллергических болезней, включая астму, эозинофильный эзофагит, аллергический ринит и экзему [55, 56]. Исследования, указывающие на вовлечение microRNAs в mycobacterial инфекции также были обнаружены. MicroRNA сигнатуры туберкулеза в качестве диагностических биомаркеров могут предоставить новые пути для изучения иммунного ответа в этой области [57]. Более того, существенная роль miRNAs была приписана в процессе острого отторжения почечного аллотрансплантата [58]. Несмотря на успехи в области трансплантации аллогенных гематопоэтических стволовых клеток, доступность чувствительных биомаркеров, которые могли бы помочь в раннем обнаружении graft-versus-host disease (GVHD) и мониторингу тяжести сильно ограничены. Недавнее исследование показало, что панель из 4-х циркулирующих miRNAs (miR-423, miR-199-3p, miR-93, and miR-377) , которые могут обнаруживать GVHD у пациентов раньше по сравнению с клиническим диагнозом, что необходимо для раннего вмешательства в таких случаях [59]. Table 1 показывает важные комерчески доступные базирующиеся на miRNA диагностические маркеры.
Table 1 Commercially available miRNA-based diagnostics
miRNA expression detection
Выборки сыворотки и тканей пригодны для профилирования экспрессии miRNA. Имеющиеся техники, используемые для детекции miRNAs, включают Northern blotting (NB), quantitative reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-qPCR), гибридизацию in situ (ISH), микромассивы и секвенирование РНК.
NB является довольно доступной техникой для анализа miRNA. Она обладает преимуществами для обнаружения как предшественников miRNA, так и зрелых miRNAs; однако, она дорогая и трудоёмкая, требует больших временных затрат и низко-производительна. Более того, NB обычно используется только для полу-количественного анализа [60, 61]. RT-qPCR является золотым стандартом для детекции и количественной экспрессии miRNA [62]. Эта техника чрезвычайно чувствительна и специфична; тем не менее, она всё ещё обладает недостатком низкой производительности при профилировании miRNA [63]. Далее, она очень взыскательна к подготовке PCR праймеров из-за слишком малого размера, поскольку типичные размеры miRNA составляют только 21–24 пары [62].
Параллельный анализ больших количеств miRNAs может быть достигнута с помощью метода miRNA microarray. Здесь необходимы достаточные количества высокого качества выборки РНК. Чтобы преодолеть это препятствие необходима система microfluidic, требующая очень небольших количеств исходного материала и делающая возможным профилирование miRNA одиноных клеток [64]. Несколько технических вариантов, таких как методы иммобилизационной химии и microarray chip signal detection были разработаны в последнюю декаду, чтобы облегчить и ускорить идентификацию miRNA [65, 66]. Относительный уровень экспрессии интересующей miRNA в разных тканевых компартментах может быть лего установлен с помощью гибридизации in situ даже без выделения РНК. Microfluidic устройства для автоматического FISH использования также были разработаны [67-69].
Появление технологии секвенирования следующего поколения (NGS) предоставило подходящую платфтрму для изучения и облегчило открытие новых циркулирующих miRNAs, тем самым стало возможным секвенирование множественных выборок одновременно. По сравнению с microarray технологией, NGS оказалась более чувствительной и специфичной и не страдала от фоновых шумов и перекрестной гибридизации; тем не менее, высокие затраты стали узким горлышком для её широкого использования в обычных лаб. [70]. Существуют также продвинутые чувствительные технологии, такие как silicon miRNA биосенсоры и гибриды карбоновых нанотрубок, которые были разработаны для обнаружения miRNA [71-74].
miRNA target prediction tools
Известно, что огромное количество мишеней существует для каждой данной miRNA. Вычислительные методы облегчают процесс сужения потенциальных мест мишеней для индивидуальной miRNA. Имеется исчерпывающийся список инструментов для предсказания мишеней для miRNA, каждый с отличающимся подходом к предсказанию мишеней для miRNA. Некоторые популярные online инструменты предсказания мишеней: miRanda-mirSVR, TargetScan, DIANA-micro T-CDS, TargetMiner, SVMicrO и RNAhybrid [75]. Эти программные инструменты обладают необычайной способностью, легки в использовании и периодически обновляются и поддеживаются.
Однако, примечательно, что эти online инструменты не могут с уверенностью оценить актуальность мишеней miRNA. Это связано с тем, что, помимо совпадения базовой последовательности и связывания комплементарных цепей РНК, факторы, которые влияют на мишени конкретной miRNA, включают структурную доступность 3'UTR мРНК, эпигенетические модификации, предотвращающие связывание miRNA, и присутствие конкурирующих эндогенных РНК [76]. Современные ограничения инструментов в предсказании miRNA мишеней будут безсомнения преодолены по мере углубления нашего понимания процессов регуляции генов.
miRNA in point of care diagnostics
Диагностика point-of-care (POC) это всё расширяющаяся область, нацеленная на достижение лучших исходов у пациентов на базе ранней диагностики. Разработка систем POC для детекции miRNA широко расправляет свои крылья к горизонту. Современные стратегии количественно оценки miRNA, такие как NB, ISH, RT-qPCR, microarrays и NGS имеют свои ограничения при тестировании уровня POC; поэтому новые технологии постоянно разрабатываются для детекции miRNA.
Первой интересной техникой POC стала изотермальная амплификация, которая может быстро и эффективно умножить небольшие нуклеиновые кислоты без точного контроля температурного цикла в простых условиях. Ряд техник изотермальной амплификации был разработан позднее, таких как branched rolling circle amplification (BRCA), exponential amplification reaction (EXPAR), hybridization chain reaction (HCR), catalytic hairpin assembly (CHA), strand-displacement amplification (SDA), duplex-specific nuclease signal amplification (DSNSA) и loop-mediated isothermal amplification (LAMP) [77]. Устройства, базирующиеся на lateral flow assay (LFA) POC, являются наиболее подходящими системами, используемыми для детекции мишеней для miRNA. Этими устройствами легко оперировать, у них разумная цена и специфичность, обусловленная минимумом посторонних вмешательств [78, 79]. Lateral flow nucleic acid биосенсоры для детекции miRNA-21 и miRNA-224 были разработаны недавно [80, 81]. Чувствительный к pH метод амплификации miRNA был разработан Feng et al. Для количественного определения miRNA-21 в раковых клетках [82], и результаты оказались сравнимиыми с теми, что получены при RT-qPCR анализе. Oligonucleotide template reactions были успешно применены для широкого круга химических веществ. Процедура является изотермальной, высоко рентабельной, и не нуждается в какой-либо ступени амплификации. Этот метод позволяет количественно оценивать циркулирующие miRNA биомаркеры, такие как miR-375, miR-141 и miR-132, в выборках крови [83, 84].
Нано бусинки и электрохимические и microfluidic chip-based системы также подходят POC диагностики, при этом miRNA могут быть обнаружены непосредственно в клинических образцах без амплификации [85, 86]. Несмотря на это разработка POC джля детекции miRNA всё ещё находится на ранней стадии и нуждается в дальнейших исследованиях и разработках.
miRNA in therapeutics
Недавнее понимание роли miRNAs в патогенезе некоторых болезней предполагает, что miRNAs будут следующим важным классом терапевтических молекул. Существует две стартегии, посредством которых miRNAs могут быть использованы в разработке новой терапии. Во-первых, антагонисты miRNA могут обладать благоприятным терапевтическим действием, понижая экспрессию активированных эндогенных miRNA и тем самым приводя к регуляции генов мишеней в в больных тканях [87, 88]. Одним из классических примеров является печень-специфическая miR-122, которая играет важную роль в репликации вируса гепатита C (HCV) и обнаруживает усиленную активность у HCV-позитивных пациентов [89-91]. Miravirsen, заблокированная модифицированная нуклеиновая кислота (LNA), агонист miRNA, находится на клиническом испытании, она является экспериментальным лекарством для лечения таких пациентов. Она действует путем секвестрирования и подавления связывания miR-122 с геномом HCV, предупреждая тем самым его мультипликацию [92]. Эти выдающиеся результаты подтвердили потенциал LNA-ассоциированных miRNA в лечении и др. устойчивых болезней, таких как рак. Peptide nucleic acids (PNA) также являются аналогами с высокой стабильностью и специфичностью и нейтральным зарядом, поэтому легко переносятся в биологические системы. Успешным примером является то, что голая PNA-based анти-смысловая miR-155, которая вызывает специфическое подавление популяции B клеток в культуре и у модельных мышей [93, 94]. Это лекарство рассматривается как подходящий кандидат для терапевтического вмешательства для лечения разных признаков лейкемии.
Вторая линия терапии связана с замещением miRNA, таких как miR-34a и let-7, используется для восстановления потерянной функции miRNAs в специфических клетках [33, 95, 96]. Сходным образом, кластер miR-143/145, как было установлено, теряется в разных раковых опухолях и восстановление экспрессии с помощью имитирующих miRNA рассматривается как обещающий способ терапии [97]. Известно, что системное применение липосомами обеспечиваемой экспрессии вектора с miR-143/145 приводит к снижению роста рака поджелудочной железы [98]. Table 2 представляет некоторые осуществляемые проекты по базирующейся на miRNA терапии. Базирующиеся на miRNA кандидаты на роль лекарств всё ещё в фазе разработки и ни одно пока не разрешено для использования в клинике. .
Table 2 Ongoing projects on miRNA-based therapeutics
Доставка miRNA в ткань мишень важна. Это не только предупреждает побочные эффекты лекарств или генов на др. Ткани, но и также будет возможно действовать более эффективно благодаря воздействию на специфическую ткань мишень в максимальной концентрации miRNA. Однако, miRNA заместительная терапия может быть затруднена такими факторами как быстрая деградация с помощью RNase, запуск иммунной реакции, недостаточность потребления клетками и возможно цитотоксичность. Как вирусные, так и не вирусные векторы доступны для доставки miRNA; однако, главным препятствием использования вирусных векторов является стимуляция иммунной системы. Поэтому не вирусные векторы и синтетические переносчики более предпочтительны. Такие переносчики могут быть классифицированы как базирующиеся на липидах, низкого молекулярного веса базирующиеся на polyethyleneimine наночастицы, dendrimer-based, poly lactide-co-glycolide (PLGA) частицы и др. Не вирусные переносчики miRNA [99, 100]. Внутри-носовая локальная доставка miRNA mimics/antagonists в легкие может быть в принципе использована для лечения аллергических болезней [101]. Несмотря на это всё ещё существует узкое горлышко в ткане-специфической доставке и целенаправленном воздействии этих малых терапевтических молекул.
Future prospectives
Ожидается, что вскоре miRNAs и их функции будут использованы вместе с бурно развивающимися технологиями секвенированим. Кроме того, будет получено больше информации по использованию в диагностике и о механизмах регуляции miRNA . Т.к. некоторые miRNAs нацелены на несколько генов мишеней, то неизбежно будут решены многие вопросы взаимоотношений между многими членами семейства генов miRNA многими генами мишенями. Исследования компартментализации miRNAs в жидкостях тела является одной из наиболее интересных областей будущих исследований.
Новой областью исследований miRNAs, скорее всего, станут многие преклинические проекты. Будут выведены miRNAs из лаб. в фрмацевтическую индустрию с обнадеживающими результатами. Использование внеклеточных miRNAs в качестве молекулярных биомаркеров при разных болезнях очень привлекательная и обнадеживающая концепция. Кроме того, они могут отражать специфические клеточные патофизиологические альтерации. Они могут также использоваться для ранней диагностики и идентификации рискоыв ещё до действительного проявления болезни.
Имеется всё ещё ряд ограничений. Сильная изменчивость, наблюдаемая для miRNAs внутри одной и той же популяции может делать диагностику очень затруднительной. Необходимы дальнейшие исследования, чтобы с уверенностью различать “нормальные” и “измененные” уровни экспрессии miRNA, специфичные для определенной ткани. Они могут также хорошо оценены в зависимости от расы, пола и возраста. На сегодня обнаруживаются технические трудности и изменчивость при высоко-производительном профилировании в разных лаб. И при использовании разных платформ. Стандартизация уникальных процедур, таких как сбор выборок, экстракция, хранение, техника профилирования и статистические сравнения разных техник одновременно со строгим контролем проложит путь к индукции профилирования экспрессии miRNA для рутинной диагностики.
Необходима разработка альтернативных методологических подходов для измерения циркулирующих miRNAs, которые будут надежными, быстрыми и более дешевыми. Неинвазивные источники жидкостей тела, такие как слюна и моча для измерения экспрессии miRNA, всё ещё остаются не используемыми в значительной степени. В развивающейся области РНК терапии основным затруднением является целенаправденная доставка имитаторов или антагонистов miRNA в больные клетки in vivo. Более того, выбор наиболее подходящей технологии для модуляции экспресси и miRNA также является трудной целью. Имитаторы miRNA могут использоваться в качестве эффективных терапевтических методов при раках и др. болезнях в ближайшем будущем.
Conclusions
The field of miRNAs is like a rising star which has gradually advanced from an infant stage to the level where miRNAs are rapidly entering the clinic as important diagnostic and promising therapeutic tools. This review provides an overview of a multitude of technologies that have been developed for miRNA quantitation, profiling, and target detection, and suggests relevant evidence for future research directions on applied aspects of miRNA in clinical settings. A study of specific miRNA expression profiles may lead to crucial advancements for diagnosis, facilitating disease classification, monitoring prognosis, and treatment. The development of miRNA-targeted drugs is an arduous task, and more trials are must in the area of RNA therapeutics.
|