Геномные вставки, дупликации и вставки/делеции (indels), на которые приходится ~14% патогенных мутаций человека, не могут быть точно и эффективно исправлены существующими методами редактирования генов, особенно те, которые включают более крупные изменения (более 100 пар оснований (п.о.)). Здесь мы оптимизируем инструменты прайм-редактирования (PE) для создания точных геномных делеций и прямой замены фрагмента генома размером от ~1 килобаз (kb) до ~10 kb на желаемую последовательность (до 60 bp) в отсутствие экзогенного шаблона ДНК. Конъюгируя нуклеазу Cas9 с обратной транскриптазой (PE-Cas9) и объединяя ее с двумя PE guide RNAs (pegRNAs), нацеленными на комплементарные нити ДНК, мы добиваемся точного и специфического удаления и восстановления целевых последовательностей с помощью метода удаления и восстановления на основе PE-Cas9 (PEDAR). PEDAR превосходит другие методы редактирования генома в репортерной системе и в эндогенных локусах, эффективно создавая крупные и точные геномные изменения. В мышиной модели тирозинемии PEDAR удалил патогенную вставку размером 1,38 кб в гене Fah и точно восстановил делеционный переход для восстановления экспрессии FAH в печени.