Посещений:
СТРАТЕГИИ ЦЕЛЕНАПРАВЛЕННОГО ВОЗДЕЙСТВИЯ НА РНК




Значение для генотерапии глазных болезней

RNA-targeting strategies as a platform for ocular gene therapy
Satheesh Kumar, Lewis E. Fry, Jiang-Hui Wang, et al.
Progress in Retinal and Eye Research Volume 92, January 2023, 101110

Genetic medicine is offering hope as new therapies are emerging for many previously untreatable diseases. The eye is at the forefront of these advances, as exemplified by the approval of Luxturna® by the United States Food and Drug Administration (US FDA) in 2017 for the treatment of one form of Leber Congenital Amaurosis (LCA), an inherited blindness. Luxturna® was also the first in vivo human gene therapy to gain US FDA approval. Numerous gene therapy clinical trials are ongoing for other eye diseases, and novel delivery systems, discovery of new drug targets and emerging technologies are currently driving the field forward. Targeting RNA, in particular, is an attractive therapeutic strategy for genetic disease that may have safety advantages over alternative approaches by avoiding permanent changes in the genome. In this regard, antisense oligonucleotides (ASO) and RNA interference (RNAi) are the currently popular strategies for developing RNA-targeted therapeutics. Enthusiasm has been further fuelled by the emergence of clustered regularly interspersed short palindromic repeats (CRISPR)-CRISPR associated (Cas) systems that allow targeted manipulation of nucleic acids. RNA-targeting CRISPR-Cas systems now provide a novel way to develop RNA-targeted therapeutics and may provide superior efficiency and specificity to existing technologies. In addition, RNA base editing technologies using CRISPR-Cas and other modalities also enable precise alteration of single nucleotides. In this review, we showcase advances made by RNA-targeting systems for ocular disease, discuss applications of ASO and RNAi technologies, highlight emerging CRISPR-Cas systems and consider the implications of RNA-targeting therapeutics in the development of future drugs to treat eye disease.

Генетическая медицина (или генотерапия) - это терапевтическое использование или манипулирование генами и их экспрессией для облегчения или излечения генетических заболеваний. Разработка лекарственных препаратов, направленных на борьбу с генетическими заболеваниями, уже давно находится в центре внимания ученых. В частности, глаз является ведущим органом для разработки генных терапий, поскольку он физически отделен, легко доступен, имеет привилегированный иммунитет и является постмитотическим органом. Небольшой размер глаза, его разделенная структура также означает ограниченное распространение в другие органы, а низкие дозы могут быть достаточными для терапевтического эффекта. Кроме того, для изучения структуры и функции глаза существует несколько не-инвазивных методов, таких как оптическая когерентная томография (OCT), адаптивная оптическая визуализация, микропериметрия и электроретинограмма (ERG).
Глазная генотерапия началась с создания антисмыслового олигонуклеотида (ASO) fomivirsen для лечения cytomegalovirus (CMV) ретинита и дошла до недавнего одобрения Управлением по контролю качества пищевых продуктов и лекарственных препаратов США (FDA) первого окулярного генного препарата voretigene neparvovec-rzyl (Luxturna®) для лечения одной из форм врожденного амавроза Лебера (LCA), доставляемого адено-ассоциированным вирусом (AAV). AAV представляют собой еще одно значительное достижение в области генотерапии и остаются наиболее предпочтительными векторами для разработки терапевтических препаратов благодаря своему профилю безопасности и возможностям трансдукции. Следует отметить и новые технологии доставки, такие как липидные наночастицы, которые в настоящее время расширяют возможности доставки генов в глаза.
В последнее время РНК привлекает большое внимание общественности. Помимо богатой истории, раскрывающей множество функций (рис. 1), эта молекула стала особенно известна благодаря своей нестабильности и преходящей структуре. Поэтому РНК-таргетная терапия оказывается привлекательной альтернативой традиционным геномным методам лечения и предоставляет уникальные возможности и вызовы для развития терапии (Damase et al., 2021).
В разработке лекарственных препаратов все большее распространение получают РНК-мишени, позволяющие осуществлять специфические и обратимые генетические манипуляции, не зависящие от ДНК. Это позволяет избежать необратимых изменений в организме хозяина (Pickar-Oliver and Gersbach, 2019). Хотя стратегии таргетной терапии белков, таких как моноклональные антитела, являются популярным терапевтическим подходом, обладающим аналогичными преимуществами, белковая терапия ограничена "лекарственными" мишенями: только 1,5% генома человека кодирует белок, а 70% - некодирующие РНК (ncRNAs). Таким образом, нацеливание на РНК значительно расширяет терапевтические мишени (Warner et al., 2018). Кроме того, для определения мишени достаточно знать последовательность РНК-мишени. Учитывая эти преимущества, недавно было сообщено, что РНК-инженерия является перспективным кандидатом на то, чтобы стать одним из наиболее значимых достижений науки в XXI веке (Thavarajah et al., 2021).
ASO и РНК-интерференция (RNAi) - это две стратегии, которые были использованы в клинической практике для создания РНК-мишеней. На основе этих стратегий к настоящему времени разработано и одобрено 12 препаратов для лечения различных генетических заболеваний (табл. 1) (Winkle et al., 2021). Несмотря на многообещающие перспективы, производство лекарственных препаратов на основе этих стратегий остается сложным, а при использовании ASO- и RNAi-стратегий по-прежнему требуется осторожный подход, поскольку вне-целевые эффекты могут затрагивать другие важные пути. Доставка также затруднена из-за плохой клеточной трансдукции и цитотоксичности, что требует использования белков-носителей или химических модификаций для разработки терапии (Roberts et al., 2020).
В 2012 году описание программируемой платформы для редактирования генов изменило биотехнологию (Jinek et al., 2012). Технология, известная как кластеризованные регулярно перемежающиеся короткие палиндромные повторы (CRISPR)-CRISPR-ассоциированные (Cas), позволила конструировать нити РНК, нацеленные на разрезание определенных последовательностей ДНК. Последующие исследования привели к открытию исключительно нацеленных на РНК систем CRISPR-Cas, таких как CRISPR-Cas13. Хотя ASO пока экспериментально не сравнивались с системами CRISPR-Cas13 (Palaz et al., 2021), эти системы демонстрируют повышенную эффективность и специфичность по сравнению с RNAi (Abudayyeh et al., 2019; Cox et al., 2017; Zhang et al., 2021b). К настоящему времени системы CRISPR-Cas13 продемонстрировали возможность применения для нокдауна, мультиплексного таргетирования, редактирования оснований и деметилирования при генетических и инфекционных заболеваниях (Chuang et al., 2021b; Cox et al., 2017; Xie et al., 2021). Важно отметить, что системы CRISPR-Cas13 позволяют реализовать все эти возможности с помощью одного вектора-AAV.
В данном обзоре мы описываем появление существующих стратегий целенаправленного воздействия (таргетинга) на РНК, их применение при глазных заболеваниях и существующие проблемы. Затем мы обсуждаем появление CRISPR-Cas и новейших CRISPR-Cas систем, их потенциал в борьбе с глазными заболеваниями и предлагаемые ими решения. Наконец, мы рассматриваем вопросы разработки и коммерциализации новых терапевтических средств, которые будут использованы в будущих работах по генотерапии глазных заболеваний.
Для общего обзора малых молекул, генов и клеток для лечения глазных заболеваний мы отсылаем читателя к недавним прекрасным обзорам по терапии приобретенных глазных заболеваний (Gagliardi et al., 2019; Lin et al., 2020; Tan et al., 2021) и наследственных глазных заболеваний (Britten-Jones et al., 2022; Fenner et al., 2022; Schneider et al., 2021).
Фрагменты разделов
Краткая история РНК и ее многочисленных функций


РНК была открыта в 1890-х годах и отличалась от ДНК тем, что локализовалась в цитоплазме и содержала рибозные сахара (Allen, 1941). Считалось, что она функционирует только в рибосомах для трансляции белков в виде рибосомальных РНК (рРНК). Это представление изменилось после описания нестабильного промежуточного звена РНК, способствующего синтезу белка, которое сейчас известно как мессенджер РНК (мРНК) (Brenner et al., 1961; Gros et al., 1961). В это время были открыты также...
Антисмысловые олигонуклеотиды (ASO)


ASOs это короткие (12–24 nt) однонитячатые нуклеиновые кислоты (DNA или RNA) , запрограммированные, чтобы соединяться со специфическими комплементарными мРНК мишенями посредством Watson-Crick спаривания оснований для модуляции экспрессии генов. ASOs действуют посредством ингибирования естественных процессов экспрессии генов, которые были переориентированы для терапевтического использования. В 1977 было установлено, что их активность подавляется посредством гибридизации с комплементарной ДНК в бесклеточных системах (Paterson et al., 1977)...
РНК-интерференция (RNAi)


Пути RNAi регулируют экспрессию генов путем модуляции стабильности и трансляции мРНК в клетках с помощью специфических для каждой последовательности двуцепочечных РНК. Механизмы пост-трансляционного замалчивания (сайленсинга) генов были описаны у червей нематод (Caenorhabditis elegans) в 1998 году, когда введение dsRNA привело к сайленсингу эндогенного гена (Fire et al., 1998), и процесс получил название RNAi. Вскоре RNAi превратилась в один из самых разносторонних инструментов (Elbashir et al., 2001), обеспечивающих замалчивание генов...
CRISPR-Cas редактирование генов


Хотя программируемое редактирование генов с помощью CRISPR-Cas было описано менее десяти лет назад (Jinek et al., 2012), CRISPR является древним адаптивным иммунным механизмом, развившимся у бактерий и архей. В 1987 году были обнаружены уникальные "спейсерные" последовательности, фланкирующие последовательности повторов (Ishino et al., 1987). Признание этих спейсеров идентичными вирусным последовательностям показало, что бактерии получают эти спейсеры непосредственно от инфицирующих их вирусов для создания "вакцинальных карт" против последующей инфекции (Bolotin et al...
Нокдаун РНК с помощью CRISPR-Cas13


Хотя исследования CRISPR-Cas13 против глазных заболеваний ограничены, они перспективны для разработки терапии глаукомы и неоваскулярных заболеваний.
Недавно мы описали методы проведения экспериментов по нокдауну на основе CRISPR-CasRx (RfxCas13d) и продемонстрировали нокдаун мРНК VEGFA in vitro с использованием одной векторной системы (Chuang et al., 2021b). Кроме того, мы продемонстрировали эффективный нокдаун in vitro благодаря доставке pre-sgRNAs в виде gBlocks™, что устраняет необходимость в клонировании...
РНК как терапевтическая мишень


Использование РНК в качестве мишени имеет ряд преимуществ для разработки терапевтических средств (табл. S4). Поскольку большинство стратегий, таких как ASOs, RNAi и CRISPR-Cas13 , взаимодействуют со своими мишенями через сопряжение оснований Уотсона-Крика, разработка этих стратегий относительно проста. Если известны последовательности РНК-мишеней, то можно рационально конструировать gRNAs или ASO, предсказывая и уменьшая число потенциальных сайтов вне мишени. Это также позволяет разрабатывать индивидуальные терапевтические препараты, нацеленные на специфические последовательности пациента...
Перспективные направления и выводы


В настоящее время технология редактирования генов разрабатывается для лечения смертельных или истощающих заболеваний как у взрослых, так и у детей (McCaughey et al., 2016; Wang et al., 2017), и можно предположить множество вариантов ее применения в глазу. В свете потенциальных постоянных вне-целевых эффектов, возникающих при таргетировании ДНК...