В месте своего возникновения перегородка венозного синуса формирует septal структуру между отверстием правой hepatic вена (hepatic часть нижней полой вены), предшественником нижней полой вены, и отверстием левого рога венозного синуса, предшественника коронарного венозного синуса. Перед включением венозного синуса в правое предсердие, она имеет положение intra-sinusal, и простирается между основаниями левого и правого клапанов венозного синуса. В процессе включения венозного синуса в правое предсердие перегородка венозного синуса получает положение intra-atrial, и позиционные отношения клапанов венозного синуса, и отверстий соответствующих вен остаются неизменными (см.56 день эмбриогенеза) . Из-за связи между перегородкой венозного синуса и правым клапаном венозного синуса, после завершения объединения венозного синуса с правым предсердием, верхняя часть правого клапана венозного синуса разветвляется y-подобно в боковую ножку, (то есть первоначальную нижнюю часть) и в среднюю ножку, (то есть перегородку синуса).